Előzmények 2020 januárjáig visszamenőleg itt (l. a listát a vonatkozó bejegyzés elején) és itt (a legutóbbi).

Bevezetés. Fontos tanulmány kínai kutatóktól az omikron variánsról. Elég sok embernek sok munkája van benne, megkockáztatom, hogy a megnevezett szerzők mellett/mögött még sokaké, és látszik, hogy gyorsan akartak eredményeket, melyek már meg is jelentek a Journal of Genomics and Genetics folyóiratban (és ehhez a belső kínai cenzúrán is át kellett vitorlázniuk, ami 2020 eleje óta szűr minden tudományos publikációt a SARS-CoV-2-vel kapcsolatban). Kiemelek és kommentálok is alább.

• Az omikron nagy biztonsággal megállapíthatóan egerekről került vissza emberekre (valamilyen körülmények között — úgy, hogy még egy 2020-as SARS-CoV-2-variáns volt ehhez a gazdaváltást megelőzően az előd).
• Az emberi járvány kitörése előtti (az említett elődhöz képest értelmezett) mutációk spektruma nagyban eltérő az emberi járvány Gautengben észlelt kitörését követő mutációkétól.
• ... és amellett nagyban eltér a SARS-CoV-2 emberi mainstream mutációs spektrumától is, méghozzá kifejezetten olyan módon, ami emberi sejtekben jelentkező hatásoktól való mentességet jelez, így pl. mentességet a reaktív oxigénfajtáknak (ROS) való kitettségtől, mely az emberi sejtekben G>U cserélődéseket valószínűsít a vírus RNS-ében.
• A tanulmányból mellékesen az is látszik, hogy rekombinációk már az omikronnal is történtek a gautengi kitörés óta, és hogy az emberi szervezetben gyorsan változni fog az omikron képe újra. Talán visszaváltozások is elképzelhetők. (Például érdekes, hogy mi történik a TMPRSS-2/FCS-független, endocitózisos, katepszinfüggő sejtbe jutással.)
• Érdekes kérdés, hogy mi magyarázza az omikron esetében a mutációk nagy fokú koncentrációját a tüskefehérjében, illetve azon belül is az RBD-szakaszban (receptorkötő domén). A SARS-CoV-2 emberi mainstreamen belül nem tér el ilyen mértékben a nem a tüskefehérjét érintő mutációk aránya a tüskefehérjét érintőktől.
• Hasonló kérdéseket vet fel a nem-csendes mutációk szokatlan nagy aránya a csendes mutációkhoz képest (26 vs. 1).
• = Ha mindez természetes módon állt elő, az egerek mACE2 receptorához adaptálódás részeként, akkor egyrészt meg kell keresni az állati rezervoárt odakinn, másrészt feltételeznünk kell, hogy hasonló "inverz zoonózisok" bekövetkezhetnek a jövőben is. Állati rezervoár hiányában viszont el kell gondolkodni, hol találhatók még (meg)fertőzött egerek. "Kicsit" belerondít sajnos a képbe, hogy mostanra az emberiség világszerte pottyant omikron-vírus-RNS-t, és közte talán replikációkompetens vírust is, a szennyvízbe. To rat populations: WE APOLOGISE FOR THE INCONVENIENCE.
• Kieg.: mint arról kommentben már @Girardelli is szót ejtett, az omikronnál joggal vetődik fel, hogy külön alfajként tekintsünk rá, és a betegséget egyesek már COVID-21-ként emlegetik (jan. 4-i állás szerint még nem konszenzusosan), hogy világosan megkülönböztessék.

Sok minden történik jelenleg a világban, egészen vagy részben, közvetlenül vagy áttételesen a járványhoz kapcsolódóan. Annyit biztosan ki merek jelenteni, hogy 2022 is meglepetések éve lesz. Újabb inverz zoonózisok? Szignifikáns rekombinációk? Laborbaleset (amilyen pl. a tajvani is volt tavaly)? Újabb sikeres variánsok felbukkanása a SARS-CoV-2 emberi mainstream delta ágának tovább-evolválódásából a már látott módon? Vagy felbukkanhatnak akár más kórokozók is 2022 folyamán? És mit tesznek majd hozzá a természet felforgatóképességéhez az emberek? Lesznek meglepetések, az biztos. Ha a felsoroltak közül egyik sem történne meg, az lenne a legnagyobb meglepetés.

2022.01.03-2022.01.09.

• Oltások és fertőzések — idővel csak összeraknak a kórházi kezelés szükségétől óvó védelmet sokaknál, a T-sejtes immunitáson keresztül, az újabb variánsokkal szemben is, még az omikronnal szemben is (tanulmány).
• Kiváló cikk arról, honnan eredt a "5-micron particles contained by 3-to-6-feet physical distancing" alapfeltételezés, ami miatt a "cseppfertőzést" (és a kézmosást és nálunk pl. a másfél méteres távolságtartást) erőltette jó pár szakmai autoritás (a WHO-tól az NNK-ig), szemben az aeroszolos terjedés tényének elismerésével. Persze ennek oka volt az aeroszolokból következő intézkedések kerülése is.
• A SARS-CoV-2-vel kapcsolatban mindenki a halálozáson keresztül számolja a betegségterhet (és az elvesztett életéveket), pedig a long COVID figyelembe vétele még rózsaszínű számítások mellett is hasonló nagyságrendű tételt dob oda minőségiéletév-veszteség tekintetében, mely a nőket érinti különösen.
• Már utaltam erre a variánsra korábban (B.1.640.2), kameruninak, másutt kongóinak mondott eredettel, Dél-Franciaországból. Az észlelése felment. 46 mutáció, de hogy evolúciósan sikeres lesz-e, az egy másik kérdés, ahogy ezt az ukrán AY.122-esnél is elmondtuk. De érdekes azért, hogy ennek az észlelése dec. 13. és jan. 1 között állítólag 323-ról 952-re nőtt. A forrásban egyelőre kételkednék, mert francia virológusok mondják, hogy nekik nincs ilyen jó adatuk. A deltával mindenesetre kompetitívnek tűnik.
• Ausztrália (NSW) is eljutott arra a szintre, hogy víruspozitívan dolgoznak ápolók, jobb híján.
• Immunkompromittáltak kohorszvizsgálata, JAMA. (Kondíciók bevonva, pl.: HIV, szklerózis multiplex, reumatoid artritisz, szervátültetés után). Az oltások segítenek nekik, de ezzel együtt is az áttöréses fertőzések náluk gyakoribbak és több a súlyos eset (itt 3,3% körül); az áttöréses fertőzés a szervátültetetteknél különösen gyakori volt.
• Amikor elkezdenek özönleni a betegek, és fogalmunk nincs, ki deltás és ki omikronos, fogalmunk sincs, kit kell kezelni COVID-19, kit COVID-21 protokoll szerint. Utóbbiba pl. nem tartozhat bele a mAb-kezelés, mert értelmetlen. Emlékeztetőül: Bidenék COVID-stratégiája az elnökválasztási kampányból, a tudományos-fantasztikus irodalom jelentős alkotása.
• Az átlagos médiamunkásoknak üzenek ezen a ponton, ha van értelme így. Ha továbbra is azt mondjátok, hogy "az omikron esetében enyhébbek a tünetek", anélkül, hogy hozzátennétek valami olyasmit legalább, hogy "átlagban enyhébbek a tünetek", ha már (két év után...) zéró fogalmatok van egy szisztémás betegség mibenlétéről, vagy hogy a halottak nem enyhén halottak, felelősök lesztek azért, ami jön. A tesztkapacitások kimerülése (nagyon gyorsan), kórházak megtelése, az eü. személyzet lefertőződése, a nem-COVID eü. ellátás leállása, gyerekek minden korábbinál nagyobb számban a kórházban stb. És, mint az amerikai esetben, fentebb, itt sem lesz róla fogalmunk, hogy ki deltás és ki omikronos. Ez a nagy "enyheség" jön ide is, hamarosan.
• Kínából szinte biztosan hamis esetszámok jönnek. Xianban összeomlott a polgárok fertőzöttségi státusát követő digitális rendszer, újabb városokban jelennek meg lezárások.
• Közben 2021 decemberében még mindig "Redacted" bejegyzésekkel hoznak csak nyilvánosságra dokumentumokat egy járvánnyal kapcsolatban egy egészségügyi szervnél. Mi ez, ha nem annak beismerése, hogy nagyon gáz dolgok zajlottak Wuhanban és másutt is? (És ebből következik, hogy valószínűleg zajlanak is, továbbra is.)
• Emlékeztetőül: a COVID miatt vetélések is történnek. (G.a.h.: +3901185+1068+879+n.)

Intenzív osztályok telítettségének alakulása az Egyesült Államokban. Közben még komoly emberek is azt feszegetik, hogy de az itt szereplők COVID miatt vagy COVID-dal kerültek-e a kórházba. Érdemes észrevenni, hogy ha ez szempont, akkor ez nyilván a múltban is számítana, nem csak most + hogy igen érdekes jelenség lenne, felettébb valószínűtlen, ha az emberek pont járványhullámgörbe-alakzatban kerülnének az intenzív osztályra egyéni életük különálló eseményei miatt. 

• Egy nagyon csúnya long COVID eset. Sajnos tudni lehet már, hogy a központi idegrendszer maradandó érintettsége is lehet az ilyen problémák forrása. És innen jutunk el egy másik, még csúnyább esethez, aki 13 hónap után feladta. És még egyhez. Kieg.: és itt van egy újabb eset. (G.a.h.: +3901185+1068+879+3+n.)
• Auto-antitestek nőknél és férfiaknál, eltérő mintázatok, akármilyen lefolyású COVID után.
• Egy új-zélandi miokarditiszes haláleset Pfizer után. (G.a.h.: +3901185+1069+879+3+n.)
• A francia Bogdanoff fivérek néhány napon belül mindketten elhunytak COVID-ban. Mérés szerint 190 feletti IQ-juk volt, és azon kívül oltatlanok voltak. Többek között erről az ügyről ismertek, ahol, ha minden igaz, nem szándékosan, bemutatták, mennyit ér a "standard peer review process" pl. a kvantumfizika területén.
• Ugyanerre a sorsra jutott egy aktív oltásellenes politikát folytató kaliforniai republikánus politikus, 46 évesen.
• Bulgáriánál 0,8% többlethalálozást jelez az Economist (mármint hogy a populáció 0,8%-át teszi ki a többlet!), utánanézek. A bolgár káeshá "természetesen" hülyén számít: 2021-et 2016-2020-hoz hasonlítja, hogy 2020 csökkentse a különbözetet. Itt van táblázat nemhülye módszerrel (2020 és 2021 is 2016-2019-hez képest nézve) az Eurostattól. Eszerint 2020. július-december volt kritikus időszak, gyanús réssel 2021. januárban, miután 2021. februártól ismét végig jelentős többletek jöttek.
• Xianban nem lehet bejutni teszt nélkül kórházba, és emiatt kint rekedhetnek életveszélyben lévők. Jelentések egy szívmegállásról és egy vetélésről ezzel kapcsolatban. (G.a.h.: +3901186+1069+880+3+n.)
• Izraelben a várakozásoktól elmaradó eredmények a második booster után. Ötszörösre emelkedő, majd eredeti szintre visszaálló antitest-szint (és az antitest az ugyebár nem mind nAb (neutralizáló), ami az omikronnál fokozott jelentőséggel bíró megfontolás).
• Erről a cikkről korábban lemaradtam, a COVID és vetélés kockázata, review.
• 115 ezer amerikai kórházban január 6-ára. 
• Miután másfél hónapon át zajlott a néphülyítés, hogy az omikron "enyhe", a WHO végre állást foglalt ez ellen. Közben viszont máris sikerült összehozni egy kisebb tömegkatasztrófát, és lesz ez még nagyobb is. "Talán" nem volt egészen megalapozott a dél-afrikai szintű adatszolgáltatás minőségére alapozni a prognózisokat. Lásd ezt a tweetemet is.
• Közben lehet már hallani, hogy az omikronnál a D-dimer szintje magasabbra megy, mint az eddigi fertőzéseknél. Természetesen ugyanúgy szisztémás a betegség, mint eddig. És oltatlanokat küld kórházba és a temetőbe főleg továbbra is (akikkel az enyhébb lefolyással fertőzött oltottak helyzete elhitethette mostanra, hogy nincsenek veszélyben). És gyerekek nagyon-nagyon sokan kórházba kerülnek. 
• A veszettség elleni oltást visszautasítók halálozási aránya 100%-os, továbbra is. Valahol ezek a szerencsétlen emberek is a mostani járvány áldozatai, hacsak nem még korábban főzte meg az agyukat az antivaxer propaganda.
• Indiában számoltam eddig 1674044 fő addicionális halálozást (a hivatalos adat ötszöröseként, még tavaly nyáron). Csakhogy eszerint a tanulmány szerint a helyes szorzó hatszoros-hétszeres, és a teljes járványhalálozás mostanra 3,1 és 3,4 millió közöttire tehető. Konzervatívan maradok az ötös szorzónál, és az utolsó figyelembe vett állástól a 2021 végéig hivatalosan meghaltak számát (481770-418511) szorzom ezzel, hogy kiegészítsek (63259x5=316295). (G.a.h.: +4217481+1069+880+3+n.)
• Önterjesztő vakcinavírusok kutatása felpörgőben. Még ez kellett, hogy a virológiától igazán biztonságban érezhessük magunkat.
• Franciaországban az omikroncunami a delta mellett van jelen, nem helyette. Tanulságos. Így néz ki: a piros az omikron, a delta a szürke (és a abban a szanaszét mutálódott dél-franciaországi szörny is benne van).
• 
• Az omikron immunszökő képessége gyönyörűen kimutatva egy dán tanulmányban, mely az egy háztartáson belül élő kontaktok között mutatta ki, hogy "Unvaccinated potential secondary cases experienced similar attack rates in households with the Omicron VOC and the Delta VOC (29% and 28%, respectively), while fully vaccinated individuals experienced secondary attack rates of 32% in household with the Omicron VOC and 19% in households with the Delta VOC." És ebből az is következik, hogy "the rapid spread of the Omicron VOC primarily can be ascribed to the immune evasiveness rather than an inherent increase in the basic transmissibility." Komment: emellett persze a generációs időnek is nagy jelentősége van: rövidebb inkubációs idő, hamarabb fertőzővé válás, és így tovább.)
• Amíg a SARS-CoV-2 nem mutálódik sokkal tovább, a rengeteg fenntartások nélkülien sajnálatos áldozat mellett garantáltan elintéz (fenntartásokkal sajnálatosan) pár megélhetési néphülyítőt is, íme, még egy eset.
• Az elmúlt három hónapban nagy számban haltak meg fókák Dél-Afrikában :( A nyilvánvalóan felvetődő lehetőségek miatt két forrás: egy felületesebb latolgatás a fókák fertőzhetőségéről; és egy komolyabb tanulmány az ACE2 receptor profiljáról számos faj áttekintésében, ahol sajnos a fókák nem jelennek meg, ezért csak rendszertanilag lehet spekulálni, hogy a fertőzésük nem lehetetlen, de nem is a legvalószínűbb.
• Figyelemre méltó részlet az aktuális brit jelentésből: "antibody prevalence among blood donors aged 17 years and older in England was 22.7% (95% CI 22.0% - 23.5%) using the Roche N assay and 98.4% (95% CI 98.1% - 98.6%) using the Roche S assay for the period 4 October to 28 November". Vagyis szeropozitivitás nukleokapszid elleni antitestekre 22,7%, tüske elleniekre 98,4% a brit populációban. Két fontos dolog látható ebből: (1) a jelen körülmények között az eredeti wuhaninál gonoszabb vírus is enyhébbnek tűnik, mivel nem immun-naiv populációval találkozik; (2) N elleni antitestje azoknak van, akik a fertőzésen estek csak át, és egyébként oltatlanok (hacsak nem pl. Sinopharm-vakcinát kaptak, mint egy Dubajba repdeső britek). Ha ez csak 22,7% (aminél hanyatló immunitásra, és a potenciálisan hiányzó antitest-reakcióra tekintettel a csak a fertőzésen átesettek aránya persze lehet magasabb is), akkor lehet számolgatni, mi lett volna a nyájimmunitás korlátlan kergetésének az ára a vakcináció megkezdése előtt.
• Ciprusi variáns? Deltakronként emlegeti helyi forrás. Monitorozzuk. Itt van róla egy másik forrás is. Beszélnek delta/omikron koinfekciókról is, szóval kissé zavarosak ezek a hírek.
• 133 ezren kórházban az USA-ban.
• Omikronnal fertőzöttek fertőzőségének megítéléséhez (Japánból): "The amount of viral RNA was highest on 3-6 days after diagnosis or 3-6 days after symptom onset, and then gradually decreased over time, with a marked decrease after 10 days."

2022.01.10-2022.01.16.

• A Sotrovimab még egész jól működhet a mAb-kezelések közül. Neutralizál in vitro (háromszoros adagban), persze klinikailag is tesztelni kell még.
• Boston, NY, Chicago. A halálesetek számának a trendje követi az esetszámok trendjét, a szokásos háromhetes késéssel, menetrend szerint.

• Sajnos a boosterek nem ígérkeznek tartósan hatásosnak az omikron általi fertőződés ellen — bár ezt nem szabad összekeverni a kórházba kerülés és egyebek kockázatával, amit a felerősített sejtes immunválasz is csökkenthet, ennél jelentősebben. A kritikus rész: "Boosters were 55% to 70% effective at preventing infection at weeks five to nine, and 40% to 50% effective 10 weeks after receiving the shot".
• New Jersey-ben tegnap két gyerek halt meg COVID-ban.
• Az Egyesült Államokban többen vannak kórházban jelenleg, mint a járvány során eddig bármikor (140000+ fő). Az amerikai CDC közben kanadai utazástól óvja az amerikaikat, de abban nem biztos, hogy N95-ös maszkokat kellene javasolni mindenkinek. Egyre nehezebb mindezt balesetként értelmezni, de aztán eszembe jut, hogy az emberi hülyeség határtalan — így annak hivatali megnyilvánulása is.
• Mielinvesztés, az agyban, akár enyhe lefolyás után is.
• Repubék az amerikai Kongresszusban kiadtak pár dokumentumot Fauciék és más tudósok 2020. februári konzultációiról. Ezekből is látszik, hogy többeknek a laborbaleset volt az első gondolata.
• Egy immunológiai tanulmány, mely az újrafertőzés elleni védelemben a humorális (antitestes) választ találja fontosabbnak fő konklúzióként. Namármost ennek nagy jelentősége lenne, de a tanulmány egyes eredményei ellentmondásosak. Pl.: van olyan eredmény is, miszerint "cellular immunity is sufficient for viral clearance in the setting of acute infection", és olyan is, miszerint "either humoral or cellular adaptive immunity on its own is sufficient for viral clearance during a primary infection". Ráadásul ezek összefüggő dolgok. A CD4+ és a CD8+ T-sejtekneknek is van jelentősége a tüske ellen generált antitestek titerének szempontjából. Imjunálödzsi iz hárd, illetve el fogom én olvasni ezt a cikket még rendesebben is.
• Gyerekeknél is emelkedett a diabétesz kockázata COVID után.
• A COVID zsírmájhoz is vezethet, legalább a kórházat megjártaknál, annak kifejezetten poszt-COVID válfajaként ("specific PACS-cluster phenotype").
• Január 13-ára 150 ezer amerikai kórházban.
• Magyar részvétellel új denevérhang-adatbázisról publikáció. Itt lehet hallgatni magukat a denevéreket, ez az adatbázis. Persze jó fülek kellenek hozzá ;)
• Egyes spanyol szociopaták közben olyan új COVID-monitorozásról álmodoznak, ahol már nem is monitorozunk, mert minek. Csak zavarba ejt minket az a sok halott. Halkan megjegyzem, hogy már csak a long COVID miatt sem vállalható erkölcsileg a tesztelés elengedése. Orvosi vagy közegészségügyi indokoltsága a tesztelés elengedésének nincsen, ez kizárólag arról szó, hogy ez elhalálozók csendben halálozzanak el, hírverés nélkül.
• Dél-Afrikában december 5. óta 12439 fő halálozástöbblet volt, ennek a felét konzervatívan is felszámíthatjuk járványhalálozásként. (G.a.h.: +4223700+1069+880+3+n.)
• Közben a napnál is világosabb, hogy a dél-afrikai omikronos kitörés Eastern Cape tartományban kezdődött, és erre bizony én mutattam rá a világon először. Ha ez valakit érdekel. Ábrához fűzött magyarázó jelzések by me. Utóbbiakra copyright. Ami kell.

• Long COVID esetében 8 hónap után is fennálló immunzavar. "Patients with LC ... lacked naive T and B cells".
• A COVID a biológiai életkort is előrepörgetheti, a génexpressziót szabályozó CpG-szigetek szekvenálása és telomérrövidülés kimutatása alapján.
• Miután a CDC jelentette tavaly novemberben, hogy COVID miatt négyszeres a vetélési kockázat nőknél, egy vizsgálat most érintett nők esetében a vérből és a méhlepényből is kimutatta a vírust.
• Újabb eredmények arról, hogy sok szklerózis multiplexes eset hátterében szükséges, de önmagában valószínűleg nem elégséges okként EBV-fertőzés állhat (Epstein-Barr vírus). Mindez azért is sok figyelmet kap, mert van nem kevés aggodalom a SARS-CoV-2 hosszú távú neurológiai hatásait illetően. Én pedig hozzáteszem korábbi elméletemet, hogy a SARS-CoV-2, pláne, ha kiüt egy csomó immunsejtet, aktiválhat perszisztáló EBV-fertőzést különféle kihatásokkal.
• Lengyel forrás szerint a lengyel járványhalálozás duplája lehet a hivatalosnak. Tavaly év végén Varsóban, egy konferencián hallottam ottani kutatótól, hogy az is problémájuk, hogy országos szinten nincs igazán működő rendszere az adatok összesítésének. Ha valaki nyers összehasonlítást csinál a hivatalos adatok alapján, náluk 2,5-ször annyian haltak meg, pedig 3,2-ször annyi esetük volt, mint nálunk. Ha megnézzük a halálozástöbbletet az elmúlt 18 hónapban, ott 139086 fő adódik. A kétszerezés nekem mindenképpen túlzásnak tűnik, de ismerve a lengyel problémákat, a többlet felével lehet számolni konzervatívan addicionális halálozást. Eddig figyelembe vettem már tőlük 34754 főt hasonló alapon, úgyhogy többlet/2-ből ezt levonom (=34789). (G.a.h.: +4258489+1069+880+3+n.)
• Beígértem, hogy utánanézek a bolgár halálozástöbbletnek is. 49150 fő a halálozástöbblet ebből az ábrából (a bolgár KSH-tól) konzervatívan számolva. Addicionális járványhalálozásként ebből 24575 főt számítok. Abból pedig lejön a már figyelembe vett 9348 fő (+15227). (G.a.h.: +4273716+1069+880+3+n.)
• A sokszorosan átfertőzött Iránban is meghaltak az első szekvenáltan omikronos betegek, hárman.
• Lengyelországban sem csupa öröm járványügyi tanácsadó testületnek lenni, lemondtak.

2022.01.17.-2022.01.23.

• Kínában az állami propaganda szokás szerint külföldről eredezteti a vírust, importált gyümölcsből, vagy éppen a kanadai postából. Namármost én elég öreg vagyok, hogy emlékezzek a kanadai postás poénokra a South Parkból. Azok tényleg veszélyesek.
• Az Egyesült Államokból ma láttam az első említést kórházon kívül elhalálozó infarktusos betegről, nem jutott be. És közben Izrael is megérkezett az eü. rendszer összeomlásának szélére. DON'T LOOK UP.
• Komoly kérdések a triázs körül az USA-ban. Az oltatlan, dohányzó, túlsúlyos 24 éves kapja a szűkös gyógyszereket, helyet a kórházban stb., vagy az oltott 84 éves?
• A Moody's szerint a kínai eliminációs stratégia veszélyezteti a beszállítói láncokat. Vajon abba belegondoltak, hogy ha Kína eleresztené az omikront, az mit jelentene ilyen szempontból? Pekingben amúgy eszkalálódik a helyzet ezzel együtt is.
• Mi mutathatná Hongkong politikai helyzetét jobban, mint hogy most már onnét is jön ilyesmi... Importhörcsögöktől paráznak éppen.
• Közben már megint pörögnek az események orosz-ukrán vonalon, az oroszok Belaruszban gyakorlatoznak, és így már két határszakaszon is felvonulnak.
• Az omikron igazából egy népes család rengeteg variánssal, és a BA.2-es (21L) vonal láthatóan jön felfelé — akárha transzmissziós előnye lenne, olybá tűnhet. Egy rakás eltérő aminosav-cserélődés jellemzi (38 közös az omikron BA.1/21K-val, 27 saját azon felül; a legtöbb újítás az ORF1ab génben), ugyanakkor hiányzik itt az S-célgénbuktát előidéző Δ69-70 törlődés, és így nem lehet relatíve olcsón kiszúrni sima PCR-teszt révén. Így néz ki az evolúciós/filogenetikai fa. Nem is tudom, miért ne nevezzük ezt helyből új variánsnak úgy, ahogy van. Ez nem egy alvonal. Az egerekhez alkalmazkodott vírus a reverz zoonózis után olyan gyorsan mutálódott a vissza-alkalmazkodás jegyében, ahogyan arra számítani is lehetett, mint az alábbi ábra mutatja.
• 
• A BA.2-est nálunk egyelőre nem fogják kiszúrni, mert Müller Cecíliáék úgy mondják az NNK részéről, hogy "előszűrést végeznek, PCR-technikával, és azok a minták, amelyek gyanúsak az omikron változatra, beküldésre kerülnek a Nemzeti Népegészségügyi Központ vírusreferencia laboratóriumába, ahol a vírus teljes genomjának a vizsgálata történik". Megfejtem: a tájékoztatás azt fedi, hogy SGTF-et keresnek a mintákban (S-célgén detektálásának hiánya), és abból következtetnek omikronra ("gyanú"), ez viszont csak a BA.1-hez vezeti el őket. A BA.2-t így nem találják meg.
• A COVID során keletkező antitestek nem fukózosodottak, a vakcinák nyomán keletkezők viszont igen, és ezek szerint az eredmények szerint ez kedvező irányban immunszabályoz: kevésbé gyulladáskeltő hatású.
• Cseh folkénekes, elhunyt COVID-ban. Ellentétben a férjével és a fiával, oltatlan volt. Mikor előbbiek betegek lettek, tudatosan igyekezett megfertőződni, hogy legyen védettségije végre. Enyhének érzett megbetegedés után már úgy érezte, jobban van, mikor hátfájása támadt, és aztán megfulladt. Vélhetően tüdőembólia, és ilyenformán a COVID okozta vérrögök sokadik áldozata. Sokan ezek közül rejtve maradnak, mondani sem kell.
• Vérröghorror, cont'd. Erős idegzetűeknek. "Rivaroxaban treatment was started with the dosage of 15 mg twice a day. Two months after starting the treatment, patient's symptoms were completely disappeared". Hogy milyen tünetek? Ehhez kell olvasni.
• Egy elég ütős elmélet a MISC kialakulásának mechanizmusáról, és mitől van ez, miközben a gyerekek immunrendszere jellemzően alulreagál. Alulreagálás a növekedési fókusz miatt > perszisztálás > szivárgó bél szindróma > szuperantigén-stimuláció az immunrendszernek > hiperinflammatio.
• Az Egyesült Államokban pár napja meghalt egy ember New Mexicóban, mert a szívinfarktusával nem tudták ellátni sehol. Vajon hányan haltak meg elérhetetlenné vált ellátás miatt olyanok, akikről nem szólnak a hírek? (G.a.h.: +4273717+1069+880+3+n.)
• Mindig mondtam korábban is, attól, hogy az aeroszolos terjedés dominál, lehet azért kontakt-transzmisszió is. A wuhani óta bejött összes VOC környezeti stabilitása javult egy preprint szerint az eredeti szinthez képest.
• 11/1000 minta szarvasmarháktól Németországban szeropozitív volt SARS-CoV-2-re. Most vagy egy BCoV-ot sikerült benézni keresztreaktivitás miatt, vagy bővült az állati hordozói kör.
• CRS-anyag a GOF-kutatásokról. Nem naprakész, ciki.
• Indiában robbanóban az omikron, és már hiány van reagensekből, nem fog menni a szekvenálás. Készülhetnek az új variánsok, tágul a felderítetlen replikációs tér. 
• Hongkongban közben most már komolyabban veszem, hogy a Hollandiából importált hörcsögök deltát terjesztettek, mert egymástól független vásárlások nyomán is volt fertőzés, mint azt feltárta a kontaktkutatás.
• 
• Lazítanak közben a britek, az írek stb. Nehogy már a BA.2-es ne kapjon tisztességes lehetőséget a szétterjedésre.
• Nápoly környékén egy új BA.1-es alvonal is gyors növekedésnek indult közben, versenyezhetnek hamarosan a BA.2-vel, amelyik közben nagyon gyorsan terjed északon. Jó ég. A rekombinációs időszak ebben a pandémiában még el sem kezdődött igazán.

2022.01.24-2022.01.30.

• Jó példa arra, miért van az amerikaiaknak már rég egymilliónál több halottja. A CDC heti összesítéseit át lehet nézni, és látszik belőlük, hogy tüdőgyulladásos halálesetből mindig több van, mint COVID+tüdőgyulladásos halálesetből, miközben a különbözetnek csak egy kis töredékét teszik ki az influenzás esetek. Úgyhogy február közepén számolok majd plusz tételt a (PNEU-COVID_AND_PNEU-FLU)/1,5 konzervatív képlet alapján januárra (1-2 hetes "lag" miatt csak akkor, addig ugyanis nőnek a számok), illetve azt követően havonta folyamatosan majd. Visszatekintve ez a megközelítés 2021 decemberében +7966 halálesetet jelez. (G.a.h.: +4281682+1069+880+3+n.)
• Mellrák-remisszióban lévő páciens dialízisre szorult volna Idahóban, de a COVID-betegek miatt nem jutott neki hely. Meghalt. Akárcsak egy korábbi New Mexico-i esetnél, itt is kérdezzünk rá, hány ilyen eset lehet még? (G.a.h.: +4281683+1069+880+3+n.)
• Friss tanulmányok. Az újrafertőződés szerológiai markerei rézusz majmok vizsgálatából. A transzmissziós üvegnyak fertőzéseknél. Néhány virion ("1-3") elég lehet. De még így is átadódnak, és a későbbi terjedésben fixálódhatnak "minority iSNV-k", azaz nagyon alacsony kisebbségben lévő "intra-host single nucleotide variants" (gazdán belül kialakult, egy nukleotid lecserélődésével létrejött variánsok). Korábbról itt van egy másik tanulmány is ebben a témában. Azért elképzelhető, hogy alulbecsülik a transzmissziós üvegnyakat.
• Meglepően szofisztikált antivaxer információs művelet komplett legendával.
• Ennyire sok embert fertőz újra az omikron. Vagyis hát a BA.1. Az elhalálozás kockázata pedig újrafertőződés nyomán is fennáll - a brit variáns idejéből származó adatok szerint 61%-kal csökkent a halálozás kockázata. Azaz messze nem nulla.
• Etikai dilemmák... Lehet-e szervrecipiens az, aki nem oltott? Olyan-e ez, mint amikor alkoholistának nem adnak új májat, vagy nem?
• Itt már korábban jeleztük, a döntés ezt tükrözi - az omikronnal fertőzötteknél nem működik a mAb-terápiák egy része, ezt tükrözi a döntés a Regeneron és az Ely Lilly mAb-termékekről.
• Nem csak az epitóp-szájtok mutálódása (antigéncsuszamlás) tehet hatástalanná antitesteket — ez a tanulmány pl. az E406W "alloszterikus" hatását mutatja ki, mely olyan módon alakítja át a proteinszerkezet konformációját, hogy ezáltal az epitóphely nehezebben felismerhetővé válik.
• Mukormikózisos esetek legnagyobbrészt Indiában fordultak elő, de ebben a tanulmányban pl. 18 országról van szó összesen (hozzánk közelebbről pl. ott van Oroszország, Csehország, Olaszország, Németország is).
• Az antivirális és mAb-kezeléseknél kerülni kellene a monoterápiákat (cikk).
• Adnak-e védelmet SARS-CoV-2 ellen a hagyományosan köztünk keringő koronavírusok? A válasz messze nem egyértelmű, leginkább úgy tűnik, hogy alakulhat így is, meg úgy is, jól is, meg rosszul is. Kapásból nem mindegy pl. hogy mennyi az annyi, vagyis az Ab-titer a hagyományosak ellen, amikor jön a SARS-2. Idősebb embereknél a meglévő immunitási mintázatok merevsége éppenséggel útjában is lehet a SARS-CoV-2 elleni adaptív immunválasznak.
• Gyors helyzetjelentés közben a BA.2 előrehaladásáról: Dániában, Indiában és Szingapúrban már kifejezetten BA.2-es járvány van, más országokban pedig már tör előre az új variáns.
• Poszt-COVID emelkedett kockázatok kórházban kezelteknél az általános populációhoz képest újra kórházba kerülés, elhalálozás tekintetében. Az influenza miatt kórházba kerültekhez képest jelentős különbség a demenciához kapcsolódó hospitalizáció terén. Kb. tíz hónapig monitorozott kohorsz adatai alapján (PLOS). Az eredmények érvényessége a BA.1 (omikron) és a BA.2 esetében értelemszerűen korlátozott jelen állás szerint.
• Egy érdekes ábra. A BA.2-es nagyon furán viselkedik. Nyilván ez is egy komplett swarm, tehát lehet a magyarázat egyetlen proliferálódott iSNV is, mindenesetre nagyon érdekes, ahogy előbb kiszorította a BA.1, majd azután mégiscsak visszatér. Ezt csinálta Dániában is, és ezt csinálja most Gautengben, ahol (Dél-Afrikában) közben visszatértek a nyári szünidőből az iskolás gyerekek.
• 
• A fenti ábrán a BA.2 terjedésén kívül a delta újra-jelenléte a másik szépséghibája.
• Közben már Ausztriában is vertikálisan nő az omikronhullám, nálunk ezt nem fogják tudni mérni nagyon, az adatok a tesztkapacitás felső határánál fognak véget érni. A Telex tudományos rovata mindenesetre lehozta, hogy emiatt nem kell aggódni. Nem gondoltam volna, hogy ennyire hülyék lehetnek emberek, pedig mégis.
• Oroszországban 54630 fő járványhalálozást jelent a Rosstat decemberre. Korábban 33288 főt jelentettek. A különbözet 21342. (G.a.h.: +4303025+1069+880+3+n.)
• Ha valaki kételkedett volna ebben, második újrafertőződés nyomán is meg lehet halni COVID-ban. És akkor már időszerű ez itt: vizsgálat Indiából, oltások és átfertőződés adta hibrid immunitás értéke az omikronnal történő fertőződés ellen... nem vót. Nyájimmunitás nincsen.
• A németeknél eléggé úgy tűnik, hogy a variánskövetésükben deltának olvassák a BA.2-t SGTF előfordulása esetén. Meglep, hogy nekik nem megy ez. Hacsak nem tényleg a delta valami új variáns van felpörgőben, de azt jelen állás szerint nem hiszem.
• Populista kormányzású országok -> több halott. Tanulmány.
• Szekvenálással együtt bemutatva a hongkongi terjedés hörcsögök között, majd utánuk emberre, AY.124-es delta alvonalon belül. Úgyhogy most már tényleg tényként kezelhetjük. Annyira egybeesett a kontinentális kínai őrülettel a kanadai postával kapcsolatban, hogy először szkeptikus voltam.

Folyt. köv. január 31-től új bejegyzésben.