Előzmények (korábbi kutatási jegyzeteim a témában):

• 2020. január 28-tól 2020. február 23-ig;
• február 24-től március 6-ig;
• március 7-től március 21-ig;
• március 22-től április 3-ig;
• április 3-től 14-ig;
• április 15-től 25-ig;
• április 26-tól május 15-ig;
• május 16-tól június 1-ig;
• június 1-től június 14-ig;
• június 15-től június 30-ig;
• július 1-től július 20-ig;
• július 21-től augusztus 31-ig;
• szeptember 1-től szeptember 27-ig,
• szeptember 28-tól október 25-ig,
• október 26-tól november 22-ig;
• 2020. november 23-tól 2021. január 8-ig;
• 2021. január 9-től február 7-ig,
• 2021. március 15-től április 5-ig,
• 2021. április 6-tól április 25-ig;
• 2021. április 26-tól május 16-ig;
• 2021. május 17-től június 13-ig.;
• 2021. június 14-től július 4-ig;
• 2021. július 5-től augusztus 29-ig;
• 2021. augusztus 30-tól október 10-ig;
• 2021. október 11-től november 21-ig.

Elágazáshoz érkeztünk, és innentől többféle dolog történhet. Például ismeretlen számú hónap elteltével (kieg. nov. 26-án: x=0; a részleteket lásd alább) kitermelődhet valahol a világban, akár az oltottak, akár az oltatlanok között, de alapvetően mindenképpen az oltatlanok tömegei által  lehetővé tett magas szintű transzmisszió mellett, egy vakcinaszökőbb variáns az evolúció nem-delta ágáról. Ha a delta lecseng, ennek a variánsnak a jelenleg a piacot letaroló delta már nem lesz az útjában, és úgy ez egy kellemetlen forgatókönyv lehet, bár újraformulált oltásokkal lehet készülni ellene. A delta közben death marchot fut, és a delta-plusz leágazások marginális transzmissziós előnye tart fenn még egy darabig egy delta, illetve később delta-hagyaték hullámot. Ha a delta ágán nem történik ennél több (ha...), a vakcinaszökés pedig csak nagyon lassan fejlődik a nem-delta ágon, akkor akár folyamatosan csökkenő halálosságot is tapasztalhatunk egy ideig, bár sajnos még így is elég sok áldozata lesz a járványnak (például Magyarországon). Egy dologtól óva intenék: a spontán gyengülő vírusról szóló mesebeszédtől. A SARS-CoV-2 egyszerre transzmisszívebb és ezzel összefüggésben virulensebb variánsok sorává szelektálódott az elmúlt két évben, ezt tessék szem előtt tartani. Ezek a tények. A járvány felszámolásánál jobb opció nem nagyon látszik, és mindezt a gazdasági és társadalmi szempontokat is maximálisan figyelembe véve mondom.

2021. 11.22-2021.11.28.

• A WHO Independent Panel következtetései az utolsó jelentésük után hat hónappal.
• A szegényebb országokban várható emelkedett betegségteherről, pl. HIV/TB/malária vonalon (milliós nagyságrendű halálozástöbblet a következő években).
• Afrikában alig van járvány, mondják az adatok. Miért? Először is potenciálisan azért, mert azok az adatok nem sokat érnek. Tavaly simán lement egy brutál járvány (utólag kimutatva) olyan helyeken, mint Szudán vagy pl. Zambia, anélkül, hogy ez a kirakatba nagyon odakerült volna regisztrált esetek képében. Emellett érdekes lehetőség a malária protektív hatása, amit azért egyelőre nem a legerősebb tanulmányban pedzegettek Jane Achanék a Malaria Consortiumtól. A malária immunmoduláló hatása játszhat ebben szerepet, ennek nyomában fertőzésre hatékonyabb válaszadás, elmaradó hiperinflammatio. Kénytelen vagyok gonoszul hozzátenni, hogy a malária a helyes diagnózistól is "meg tud védeni", ha pl. minden lázrohamot automatikusan maláriának írnak le ott, ahol nincs tesztelés (vagy még vizsgálat sem).
• Japánban másik rejtélyes járványgyengülés. Elmélet van: a replikációs proofreadingért felelős nsp14-es fehérje mutálódások nyomán rosszabbul funkcionál, és kevésbé transzmisszívebb leszármazottakat eredményezett a delta vonalán, ha minden igaz. Mondok ennek a tesztelésére gyakorlati módszert: valaki beviszi oda a mű variánst. Ha az ezek után át tudja venni a japán piacot, akkor volt valami az elméletben. De akár az is elég, ha valaki beviszi a nem helytelenül mutálódott deltát újra. Már ha nagyon hinni akarok Ituro Inoue elméletében. Akkor ilyesmik lesznek a puding próbája mint olyan.
• További részletek az elmélethez, miután végre el tudtam olvasni a Japan Times cikkét: "Studies have shown that more people in Asia have a defense enzyme called APOBEC3A that attacks RNA viruses, including the SARS-CoV-2 virus that causes COVID-19, when compared to people in Europe and Africa." (Ehhez további referenciául, az APOBEC3A enzim tényleges antivirális hatásával kapcsolatban: vs. HIV-1.
• "Apró" szépséghiba, hogy halálozástöbbleti adatok alapján Japán az aktívan járványkozmetikázó országok egyike, ahol sok nem túl kreatív "tüdőgyulladás" megfejtés született haláloknak a pandémia kezdete óta.
• Az pedig külön red flag, hogy Ituro Inoue rögtön kilátásba helyezi, hogy másutt is megismétlődhet a japán csoda, és akkor frankón vége lehet a pandémiának magától. It will magically go away. Hol is hallottam már ezt...?
• Dél-Koreában sem úgy néz ki, mintha a SARS-CoV-2 genetikai szeppukut követne el éppen.
• Szingapúrban nem lesz ingyenes az oltatlanok kezelése.
• Szanaszét mutálódott tüskéjű változat Botswanából, Dél-Afrikából, és dél-afrikai eredettel még Hongkongból is. Mint a feljegyzés szóvá teszi, utazók közé vegyült, tehát gyakoribb lehet, mint az öt megfigyelés sugallná.
• SARS-CoV-2 strukturális proteinekkel generált vírusszerű részecskék (VLPs, Virus-Like Particles) használata a nem a tüskét, hanem pl. nem-strukturális proteineket vagy az N proteint érintő (és a pszeudotipizált lentivírusokkal kifejezett tüskék révén ezért nem tanulmányozható) mutációk hatásainak gyorsabb felméréséhez. Igen praktikus lehet, és elvileg biztonságos.
• Early-bird adat a 3. dózis antitest-generáló hatásáról egyetlen embertől. Nyolc hónappal ez előtt boostolva, még mindig magas Ab-szinttel (abszinttal, haha). Figyeljük majd a szisztematikusabban gyűjtött adatokat a későbbiekben.
• State of Texas: deaths by vaccination status. Védettség fertőződés ellen idén január és október között előbb, majd azután a deltás szeptemberi-októberi időszakra kifejezve, teljesen átoltottak vs. oltatlanok: 45x és 13x. Védettség halálozás ellen idén január és október között előbb, majd azután a deltás szeptemberi-októberi időszakra kifejezve, teljesen átoltottak vs. oltatlanok: 40x és 20x. Még 75 év felett is 14-szeres védelem fertőződés ellen és 12-szeres védelem halálozás ellen a deltás időszakban. Tessék menni oltakozni.
• A Pfizer leszállította, amire szerződött velünk. Újabb szerződésünk nincs velük. Milyen jó, hogy a pandémiának vége van. Ja, nem is.
• Egy tanulmány a favipiravir hatástalanságára jut vírusürítés szűnésének tekintetében (az volt a végpont). Az alanyok bevétele a programba a pozitív vírustesztjüket maximum 72 órával követően történt. Hogy mi a probléma? 72 óra az sok. És az sem mindegy, hogy mennyivel a pozitív teszt előtt indult a tünetesség, akinél indult, vagy hogy mióta állt fenn a pozitivitás a tünetmenteseknél. De az biztos, hogy ez a vizsgálat nem szól a favipiravir javára.
• Incoming? C.1.2-es variáns, Dél-Afrika, ott látványosan megugrott előfordulással, sok mutációval. És ez ráadásul egy másik problematikus variáns (B.1.1.529) mellett van jelen.
• Magyar oltástanulmány, komoly szaklapban. A társszerzők között Müller Cecília és Kásler Miklós. Érdekkonfliktusok nélkül, mint azt deklarálták. A Szputnyik jön ki a topon halálozás ellenében, másodiknak fertőződés ellenében. Június 10-i állapotot tükröző eredmények (a delta előttről). Majd még foglalkozunk vele.
• Fentebb azt írtam, ismeretlen számú hónap után jöhet egy variáns... hát, x=0. Lásd alább. Ez gyorsabb térnyerés, mint amire a delta képes volt. És a B.1.1.529 ("Omikron") úgy produkálta ezt, hogy a delta uralta körülötte eredetileg a teret; igaz, éppen leszálló ágban, annak is a végén. A tetejében ott a rengeteg változás (32) az Omikron tüskéjében, és ezek egy része eleve kifejezetten antitestszökést sejtet. Nem csoda, hogy felpörögtek ma az események, van miért. Kis kiegészítés az utazási korlátozásokat nem javasló WHO-val kapcsolatban: az ilyen variánst nem beengedni kell előbb, hanem kivizsgálni — nem kellene, hogy ez olyan bonyolult legyen. Viszont az is tény, hogy bár a gautengi (Jo'burg környéki) klaszter nagyon jelentős, bejöhet az Omikron másfelől is, és ki tudja, konkrétan honnan indult (csak mert Dél-Afrikában szekvenálták, ahol picit komolyabb laborkapacitás van ehhez, mint a szomszédaiknál bárhol). És reálisan azt is látni kell, hogy ez csak lassítja a folyamatot (ami nem jelentéktelen egyébként), mert ez a variáns valójában már alighanem így is bejutott a világ számos országába.
  

• Hollandiában elég tekintélyes számú fertőzöttet sikerült találni Dél-Afrika felől beérkezett utasok között.
• A COVID végzett a Bükkben talált szervállal. Idegrendszeri tünetei is voltak.
• A korábbi gamma variánsnál és az omikronnál is jelen a H655Y aminosav-cserélődés a tüskében, fontos szereppel a virális replikációban és a tüske hasításában (ami a sejtmembránnal történő fúziónál fontos). Ennek kapcsán különös kérdéseket feszeget egy kutató. Mások pedig egyelőre adatokat bányásznak, hogy kiderüljön, hogyan illik a spontán evolúciós folyamatba a vírusgenealógiai fán az omikron.
• Ennek kapcsán nem árt visszatérni mindentől függetlenül a kutatások kockázataihoz. Ez ugyanis nem csak egy jövőbeli pandémia szempontjából számít. Ez most is számít, ebben a pillanatban, amikor laborokban dolgoznak annak a felderítésén (az idézett preprintben pl. sienai kutatók), hogyan és mennyi idő alatt lehet kritikusan antitestszökő a SARS-CoV-2, a gain-of-function műfaj újabb nyugtalanító példájaként.
• Máskülönben az "immunkompromittált páciens=hordozón belüli vírusevolúció lehetősége" elmélet is releváns, természetesen, és íme, egy általam itt még nem linkelt esettanulmány ezzel kapcsolatban.
• Nagyon érdekes volt egyébként a politika valamivel gyorsabb reagálása az eddigi pandémiás normához képest, és a tőzsdék érzékeny reakciója is. De ezt objektíve bőven indokolja az, hogy egy, akár "csak" a delta transzmisszivitásával terjedő ÉS esetlegesen vakcinaszökő variáns az eredeti pandémia felturbózott változatát jelentheti.
• Itt elhangzik egy érdekes érv, sajnos nem életszerűtlen: ha Dél-Afrikát gyorsan izolálja mindenki, a következő, aki veszélyes variánst talál, nem biztos, hogy jelenti. És a legrosszabb episztemológiai szempontból, hogy ezt akár múlt időben is kellhet mondani. Közben ugyancsak említésre méltó, hogy a dél-afrikai népesség kicsivel több, mint negyede átoltott, amiben az egyik tényező a nemzetközi vakcinafukarság.
• A brit sajtó egy (szociopata) részére mindig lehet számítani járványbagatellizálás terén. Itt éppen egy dél-afrikai doktor saját pácienseire vonatkozó anekdotikus beszámolójából vezetik le, hogy az omikron a megváltás, oly' enyhe. No shit.
• Az első belga eset fiatal nő, aki Egyiptomból jött vissza Törökországon keresztül, és 11 nappal később lett tünetes, magas vírusszámmal (14,2-es Cq), influenzaszerű tünetekkel.
• Halk megjegyzés: a WHO átugrotta a "xí" betűt a görög abécében. Xi likes this.

2021.11.29-2021.12.05.

• Miközben a brit sajtó (már a BBC is) egy darab dél-afrikai doktorral mesélteti újra a kis anekdotáit a megenyhült koronavírusról, Dél-Afrikából ismét érzékelhetően nagyobb arányban fiatalabb betegekről fut be hír itt.
• WHO update: ismét növekedésnek indult a kórházi kezeltek száma Dél-Afrikában, ami akkor is figyelemre méltó, ha nincs minden eset szekvenálva, értelemszerűen.
• Belgiumba Egyiptomból, Kanadába Nigériából jött be az omikron.
• A holland "fogás", amikor is 61 fertőzöttet kiszűrtek Dél-Afrikából érkezett utasok közül, ilyen ostoba módon született. Embertelen várakozás zsúfolt körülmények között, sokan maszk nélkül, aztán hoztak nekik szendvicset csak úgy, natúrban felhalmozva kartondobozban, amit a kiéhezett utasok egymás kezéből kapkodtak ki onnan. Ennek így nem sok értelme volt, vagy legfeljebb (elég embertelen) adatgyűjtésként. 13 omikronos esetet találtak amúgy.
• Egy jó összefoglaló, és benne, amiről lemaradtam, hogy Izraelben volt malawi utas és három nem-utazott esetük is. Antitest-szökés szempontjából az alábbi fontos epitóphelyeket jegyzi fel: "484 (E484A), 446 (G446S), 417 (K417N) et 493 (Q493R)". A furin által hasítható hely környékén: "H655Y, N679K, P681H". Az első omikronos minták egyébként a november 5-11-es időszakból származnak, Botswanából.
• A tüske mutációinak teljes listája: "A67V, D614G, D796Y, E484A, G142D, G339D, G446S, G496S, H69del, V70del, H655Y, ins214EPE, K417N, L212I, L981F, N211del, N440K, N501Y, N679K, N764K, N856K, N969K, P681H, Q493R, Q498R, Q954H, S371L, S373P, S375F, S477N, T95I, T478K, T547K, V143del, Y144del, Y145del, Y505H."
• A 69-70del miatt kieső S célgénes PCR-tesztelési eredményekből lehet gyorsabban képet kapni, és az számos dél-afrikai tartományban emelkedő prevalenciát jelez.
• Az "omikron-epicentrumban" (kopirájt Bloomberg) a kórházban kezeltek 10%-a csecsemő. 
• Nem annyira jót ígérő kijelentések, de ez nem egzakt adat, az majd később jön.
• Egy nagyon fontos jelentés: az Új-Zéland, Dél-Korea, Ausztrália hármas jelentős gazdasági növekedést produkált, miközben Európa GPD-je visszazuhant. A szabadságokat is kevésbé kellett korlátozniuk. Kiszámíthatóbb körülményeket teremtettek társadalmuknak, tervezhetőbb életet. Mi van a mérleg másik serpenyőjében? Sok tehetetlen vagy elhülyült politikus tonnányi bullshitje arról, hogy a járvány elnyújtásával a gazdaságot kímélik. És itt arról még nem is beszéltünk, hogy Kínában a kezdeti bicsaklás után mekkora V-shaped recovery következett (a GPD növekedési rátájának görbéjében). Az Egyesült Államok egyébként érdekes kivétel, mert ott sok látványos hülyeség mellett is maradt a gazdasági növekedés. De részben itt van a kutya elásva. A hülyeség látványos, az ottani média beszél róla, a világ is beszél róla — de valójában nem ott van a legtöbb belőle, attól, hogy az ottani hülyeségről beszélnek a legtöbbet a világban. És emellett persze ott van nekik a nem is annyira titkos fegyverük, a Federal Reserve a brutál tőkeinjekcióival. 
• Előzetes vakcinahatásossági adatok Izraelből. Van visszaesés, de van megmaradt hatás is. Emlékeztetőül: a fertőződés ellen a fentebb bemutatott texasi tanulmány 45-szörös védelmet látott a delta előttről, 13-szorosat utána, ekkora volt a delta miatti drop. Komolyabb tünetek jelentkezésére most egy 2,4-szeres előzetes értéket kapunk, oltatlanok vs. oltottak. Ez persze még jelentősen változhat, mivel Izraelnek összesen van 4 esete, amiből próbálták ezt felmérni.
• Ugyanott: két kardiológus fertőzte egymást, az izraeli sajtóból tudom, hogy háromszor oltottak voltak, és az egyikük konkrétan Londonból hozhatta magával az omikront. Hollandiában is találtak közben retrospektív kutatásból eseteket.
• Közben az omikron eredetével és különbözéségével kapcsolatban a zoonózis lehetősége is eszembe jut — állati hordozóra oda, onnan vissza.
• Kérdés: a fertőződés után szerzett immunitás alakulásáról mit tudunk mondani kifejezetten a delta nyomában? Ennek kicsit utánakapirgálok majd.
• A kötelező oltás kérdéskör EU-s feszegetése ügyében: inkább már az újraformulált oltásokkal, plíz.
• Ivermectin strikes again, this time in... Kassa.
• Koszovóban +7 haláleset az elmúlt hónapban (most 2984). (G.a.h.: +3735205+1057+878+n.)
• Vietnamból közben lemaradtam egy AstraZeneca utáni VIPIT/VITT esetről májusból, és még egyről júniusból. Sőt, igazából márciusban is volt már egy eset, anafilaxiás sokknak tűnik. Közben pedig a Sinopharm Vietnamban taktikusan a Sino elhagyásával Vero Cellként forgalmazza BBIBP-CorV termékét, és ennek egyik sarzsa után Thanh Hoa tartományban lett sok komolyabb reakció, köztük öt súlyos anafilaxiás sokkos eset. Jelenleg négyről tudunk ezek közül, melyek halállal végződtek. Három gyerek is elhunyt anafilaxiás jellegűnek tűnő reakció miatt, Pfizer-oltás után. És közben belebotlottam még egy dán esetbe is (AZ után). (G.a.h.: +3735205+1068+878+n.)
• Fontos tanulmány. Súlyos COVID-on átesetteknél most már 12 hónapig is igazoltan emelkedett elhalálozási kockázat. Én személy szerint tudok három esetről is, szóval komoly a dolog. 13638 alanyt figyeltek; súlyos COVID = kórházi kezelés pozitív vírusteszt után 30 napon belül. 178 súlyos, 246 enyhébb eset + 13214 COVID-negatív. A mortalitási hazárdráta 2,5-ös a negatívakhoz, 1,8-as az enyhébb esetekhez képest. A legsúlyosabb eredmény: 65 év alatt (!) még komolyabb különbség jön ki: 3,33-as HR a negatívakhoz és 2,83-as az enyhébb esetekhez képest.
• Elég komoly exponenciális növekedés van Dél-Afrikában, az üteme lekörözi a deltát.
• Az EMA bejelentkezett: 3-4 hónap alatt tudnák jóváhagyni az újraformulált oltásokat, ha szükség van ilyenekre.
• Svájcban népszavazás állt ki nem először a közegészségügyi intézkedések mellett. Bónuszpont a Telexnek a történelmi adalékokért.
• A január 6-i puccsisták csalódottak voltak, hogy Trump nem állt az élükre iziben, amint beindult a balhé. Pedig hónapokkal korábban pozitív antigén-teszttel (amire csináltak neki egy negatívat, de PCR-kontroll nem volt) ment vitázni Bidennel, és csak a vita után jelentették be, hogy fertőzött lett, illetve a fertőzést későbbinek állították be. Közben ezzel nem csak Bident veszélyeztették, hanem természetesen másokat is, azokban a napokban (pl. a Gold Star families találkozón, ahol amerikai háborús hősök családtagjait tette ki fertőzésnek).
• Nagyon sok az újrafertőződés az omikronnal, 2-3-szor könnyebb lehet újrafertőződni, mondják korai becslések. Preprint a témában.
• Ja, és igazából nem egy omikron van — a vírusok ennél amúgy is bonyolultabbak, de ez itt legalább négy klaszterre esik szét.
• Áldozzunk egy perc néma csenddel azokra a különös élőlényekre gondolkodva, akik a népet "az omikron a megváltás (mert a vírusok mindig megenyhülnek)" elmélettel etették kitartóan az elmúlt napokban.
• 
• Az omikron terjedése láthatóan megindult sokfelé. Ismeretlen forrásból terjedés ("közösségi terjedés") Ausztráliában, szuperteresztés norvég karácsonyi vállalati bulin, klaszter Dél-Koreában stb.
• És akkor jöjjön még egy ábra. Az ilyen információk miatt fogok jövő héttől új bejegyzést indítani, mert határozottan látszik az indokoltsága. Így változik a kórházban kezeltek korszerkezete Dél-Afrikában, a deltás és az omikronos időszak összehasonlításában. Kék = delta, narancs = omikron. Balra a gyerekek (0-4 évesek a szélen). Még egyszer: ezek nem simán fertőzöttek, ezek a kórházban kezeltek.
• 
• Közben olvasgatok egyebeket is. Korábban sokat írtam az OC-43-as koronavírusról, amelyet az 1890-es nagy pandémia okozójának gyanítok másokkal együtt én is. Júniusban jött ki ez a tanulmány arról, hogy az OC-43 elleni antitestek alacsony szintje inverz kapcsolatban állhat a COVID súlyosságával (296 páciens alapján). De jelenleg konkrétan az érdekel, kiszorul-e a cirkulációból az OC-43-as. És nem, úgy tűnik, mert itt van pl. egy kórházi klaszter leírása svájci kutatóktól. Ez pedig egy iráni tanulmány, sok fertőzött gyerekkel. A kis lurkók, köztük bujkálhat ez is — aztán meg kórházakban opportunistáskodik. De igazából lehet akárkiben: íme, egy eset Texasból. 42 éves, immunkompetens nő, túlsúllyal, 88-as szaturációig jutott, lélegeztetni kellett, a CT-felvételén GGO-k, tejüveg-homályfoltok, amilyenek SARS-CoV-2-nél is láthatók, csakhogy itt ezek OC-43 nyomán álltak elő.
• Botswanának van egy sztorija. Eszerint európai diplomatáknál találták az első omikronos fertőzéseket. A tálalás sokfélesége mindenképp árt a sztori hitelességének. Miszerint: a diplomaták több országból jöttek (melyikekből?), november 7-én érkeztek (összeszervezték? milyen apropóból?), november 11-én tesztelték őket (tünetek miatt?), november 24-re történt szekvenálás, amikorra nem voltak már ők sehol. És ezek voltak az első esetek közül "néhányan" (tehát akkor mégis ott kaphatták el?).
• Upsz, lehet, hogy történt egy érdekes rekombináció?
• FYI: Durbanben van az Africa Health Research Institute, ahol most intenzíven dolgoznak az omikronon. Elég komoly nemzetközi csapat van ott (lásd ennél a publikációnál), és többek között az az egyik fontos kutatási kérdésük, hogy a SARS-CoV-2 hogyan viselkedik a HIV/TB közegében.
• Szlovákia kiszámolta az oltottak vs. oltatlanok kezelésére jutott őszi eü. költségeket. "Szlovákia csak koronavírusos betegekre 40 millió eurót költött ősszel. Az összeg 93,67 százaléka (37,5 millió euró) az oltatlan betegek kezelésére ment."
• Jersey szigetén már a negyedik boostert tervezik, de nem aki bejelentkezik alapon, hanem időrendileg megfelelően és a legsebezhetőbbekre koncentrálva kezdenék ezt. Így kellene Magyarországon is.
• 31551 fő járványhalálozást jelentett Moszkva eredetileg, de a Rosstattól szokás szerint tudjuk, hogy 74893 fő járványhalálozás volt ténylegesen. A különbözet 43342 fő. (G.a.h.: +3778547+1068+878+n.)
• Kicsit kutakodom immunkompromittáltaknál bekövetkező vírusevolúció ügyében, hogy legyen benchmark. Milyen gyors ez a folyamat? (1) Itt egy APS-es beteg esete. 68 nap. 5 db stabilabb aminosav-cserélődés a tüskében. (2) Egy leukémiás betegnél: "only seven mutations were present by day 97", "seven mutations, including six protein coding changes", "four of which occurred in the S and N genes". (3) Veseátültetett betegnél. 145 nap. Összesen 6 db nem-csendes mutáció a tüskében. (4) Non-Hodgkin limfómás beteg. 171 nap. "Four amino acid changes (V3G, S50L, N87S, and A222V) and two deletions (18-30del and 141-144del) occurred in the virus Spike protein." (5) Leukémiás beteg. 333 nap (197-nél mérve). "Deletion of amino acids Y144 and LLA241-243 in the NTD, and a F490S mutation in the RBD" + "C1250F" = 4 db aa-változás. (6) Limfómás nő esete Írországból. 100 nap. "3 amino acid substitutions in the gene coding for the spike protein (S:S50L, S:A653V, and S:L1186F)." Bottomline: Csinálom még tovább a review-t, de az omikronban jelentősen több változás van a tüskében ehhez képest, ami magyarázatra szorul. Tegyük hozzá, hogy gazdán belüli szelekció is van, és nem feltétlenül nő a nem-csendes mutációk száma idővel — csökkenhet is.
• Folytatom a fentebbi pontban szereplő körülnézést. Egy HIV-pozitív eset. Érdemes a teljes folyamatot nézni. Bejön Erik, vagyis az E484K mutáció pozitív SARS-CoV-2-teszt után hat nappal (D6), az első tünetek után 19 nappal. Aztán D34-től D106-ig bejön a másutt is látott Y144del, R190K, F490S és visszaáll Erik (ikrére, mondanám, ha poénkodni akarnék): K484E. Aztán D190 előtt bejön D427Y és a kenti variánsból ismerős Nelly, N501Y. Túl azon, hogy itt nincs 32 változás a tüskében, az is látszik, hogy vannak fix mintázatok, a szelekciós nyomás miatt nem történhet akármi, amit utána lehetőség lenne kimutatni (mivel az zsákutca). Szóval az omikron nagyon-nagyon érdekes eset. Ennek alapján a "mutációgyár" elmélet Dél-Afrikára vonatkozóan nem olvasható úgy, mintha itt a semmiből totálisan meglepő dolgoknak kellene előbukkannia.
• Tshwanéból (D-AFR), ahonnét fentebb a kórházban kezeltek koreloszlásáról beillesztettem adatokat, íme egy biztatóbb értékelés is a helyzet alakulásáról. Ez már nem pusztán anekdotikus érvelgetés, de persze korai adatok. Az viszont kiderül, hogy igazából náluk nem nagyon van szűrés omikronra, de egyébként haltak meg náluk betegek, úgyhogy az, ami ma körbement a sajtóban, hogy "omikronban még nem halt meg senki", valószínűleg tény szerint nem igaz. De ettől még lehet, hogy összességében enyhébbnek bizonyul majd, ha nem is a kórházakra nehezedő terhet tekintve — az idézett adatok alapján. Azt vegyük figyelembe, hogy fiatalabbak a betegek. Idősebbek szervezetének vélhetően továbbra sem tesz jót fertőződni ezzel a vírussal.
• Közben hatékonyabb ACE-2-kötést jelez előre ez a preprint.
• És egy még nagyobb érdekesség. A hCoV-229E-vel egyező szakasz inzertálódva az omikronban (214EPE), talán társfertőzés eredményeként.
• Ez a Winfried Stöcker nevű német pali 20 ezer saját gyártású állítólagos koronavírus-vakcinát adott be idiótáknak, akik inkább tőle fogadják el az oltást, mint tesztelt-ellenőrzött forrásból. Ha igaz, hogy elölt vírusos vakcináról van szó, akkor ezek szerint SARS-CoV-2-vel dolgozik valahol, ha tippelnem kell, nem éppen BSL-3-as körülmények között. Ez biobiztonsági szempontból ugyebár nem közömbös. Még ez sem elég, hogy leállítsák...?

2021.12.06-2021.12.12.

• Szép munka. A csendes és a nem-csendes (szinonim és nem-szinonim/aminosav-változást kódoló) mutációk aránya kiszámítva: 1 vs. 33 (utóbbiak között a 214EPE is = glutamánsav-prolin-glutamánsav = GAU helyére GAG-CCA-GAA-GAU, uracilt írva timin helyett a precizitás végett; megj.: a GAG és a GAA szinonimák). Ez is furcsaság az omikron esetében. Normális esetben sok ennél több csendes kis mutálgatás mellett lesz néhány evolúciós előnyt biztosító és ezzel stabilizálódó aminosav-cserélődés.
• Egy New York-i animekonvenció is kiváló szuperterjesztő esemény lett a következetlen maszkviselés miatt.
• Sowetóban, Dél-Afrikában elhunyt egy 15 éves gyerek, konkrét említésként ez az első valószínű omikronos áldozat. Korábban már jeleztem, hogy számos dél-afrikai tartományban nem tudják a halottakról külön-külön megállapítani jelenleg, hogy melyik variáns volt bennük - ezért is felelőtlenség, amikor bárki a "nem tudunk omikronos áldozatról" szöveggel jön. Élőkből szekvenálunk, halottakkal nem foglalkozunk — így még sokáig nem lesz áldozata az omikronnak. Lásd még a témában.
• Idevágó emlékeztető, hogy az Egyesült Királyságban az első COVID-esetet 2020. január 31-én regisztrálták, az első halálesetet pedig 2020. március 5-én.
• Kínai cikk az ő oltási stratégiájukról a BMJ-ben. Benne szereplő adat szerint 2020 folyamán 20 fertőzésgócot számoltak fel (a Hubei tartományi járvány után), és havonta 700 fertőzöttet szűrtek ki a határon.
• 250 tüdőátültetés COVID miatt csak az Egyesült Államokban, ahol ezek szerint 10-ből 1 transzplantáció a COVID miatt történik. Megjegyzem, ebbe az is belejátszhat, hogy a járvány csúnyán visszavetette az átültetéseket, vagyis kisebb torta szeletéről beszélünk fentebb.
• Fontos adalék a jövő vakcinafejlesztéseihez ADE + neutralizáló vs. facilitáló antitestek témakörben, különösen ami a tüskén lévő N-terminális domént illeti. A célsejtek lipid tutaj membrán-mikrodoménjeihez kapcsolódva az ACE-2-kötést a tüske számára segítő antitestek csatlakozhatnak ugyanis oda kifejezetten a delta variáns esetében (az eredeti wuhani variánsnál ez a baleset nem fordult elő). És még egy adalék erről.
• Kellemetlen érdekességek rovatunk: Kínában olyan is előfordult már legalább a múltban, hogy a vadállatpiacokra kerültek laboratóriumi állatok, amikor már nem volt rájuk szükség. 
• Így év vége felé közeledve érdemes ránézni az Economist halálozástöbblet-követésére. A járvány emberi ára jelenleg a 11,1-től 20,7 millió főig terjedő sávban mozog, amelyen belül a legvalószínűbb érték 17,8 millió. V.ö. az én ultrakonzervatív és garantáltan hiányos számításom alapján is 9 millió felett vagyunk.
• Szuperterjesztés Spanyolországban. Intenzív osztályos nővérek között.
• A minden közeü. intézkedést lockdownnak leíró "lockdown-ellenesség" amerikai forrásairól. Természetesen iparilag fűtött jelenségről van szó.
• A Financial Timestól hasznos információk. Pl. (1): a kórházban töltött idő átlagosan rövidebbnek tűnik az omikronos eseteknél Dél-Afrikában. Jól hangzik, nyilván. ÁMDE: (2) Azért az intenzív osztályon kezeltek és a lélegeztetettek görbéje is elindult, ha egyelőre gyengén érzékelhetően is, de felfelé, a fertőzöttek görbéjének nyomában — logaritmikus skálán látszik jól igazán, hogy elindultak. (3) Többet tesztelnek, mint korábban, a világbeli nagy izgalmak miatt, és egy rakás nem COVID-betegként érkezett ember víruspozitivitását sikerült kimutatni, miközben a ténylegesen COVID-betegek közül valójában nagyobb arányban kerülhetnek ki a súlyosabb esetek, pláne a 2-es pontban jelzett görbék további alakulásával. Úgyhogy az omikron sem lesz vidámparki menet.
• Az omikron antitestszökésének mértéke a PMS20-as, kísérleti úton (HIV-pszeudotípus és VSV/SARS-CoV-2 kiméra felhasználásával) előállított polimutáns tüske (polymutant spike, PMS) antitestszökésének szintjén van. A PMS20-asról lásd létrejöttének leírását. Itt az omikronnal kapcsolatos vonatkozó adatok bemutatása.
• Ezt a 2007-es tanulmányt még nem láttam eddig. Egerekhez adaptálódott SARS-CoV-1 (a régi) szeriális passzázs (sorozatos sejtkultúrákon keresztüli áteresztés) nyomán létrehozva, a passzázs megkezdése előttől jelentősen halálosabb végeredménnyel (az egereknél).
• Az Egyesült Királyságban áll a bál a Downing Street 10 karácsonyi bulikája miatt. Nekem a legmeglepőbb nem a szociopaták látványa a vonatkozó videóban, hanem hogy ezek az emberek milyen mélyen egyszerűek. "Nem vótunk távóságtartók, hihike".
• A média lopakodóvírusként írta meg (OMG), valójában annyiról van szó, hogy az omikronnak ezt a szubvariánsát S-célgén kiesésének hiánya miatt csak szekvenálás nyomán lehet omikronként azonosítani. Magyarán lassabban, effektíve ritkásabban, és nem lehet spórolni.
• Lengyel statisztika: "To promote vaccines, Health Minister Adam Niedzielski pointed out Monday that of the 1,085 people under 44 who died with COVID-19 so far this year in Poland, only 3% were fully vaccinated."
• Ugyanott: "He said he has several friends hospitalized with COVID-19, including a previously healthy and athletic 32-year-old who is fighting for his life. “I expect him to die, especially since there is no room for him in the intensive care unit because there are so many patients that he is lying somewhere in a corridor,” he said."
• Tajvan. Külföldön nem járt, ismert fertőzöttel kapcsolatba nem került laboráns 8 napon át volt tünetes-köhögős, mielőtt a szaglásvesztés kitört rajta, és ezért elment teszteltetni magát. 20-as Ct-vel lett SARS-CoV-2-pozitív. A hatóságok sokakat karanténeztek, vizsgálják a szóban forgó BSL-3-as labort stb. Ha ez a Tajvani-szoros másik oldalán történt volna, most egy fagyasztott norvég lazacot vizsgálgatnának, amíg be nem ismeri, hogy miatta van az egész. Kieg.: nem 8 napon át, hanem 11 napon át volt tünetes a hölgy, miután tesztelt végre. Azok után, hogy a laborban megharapta egy egér.
• Örményország, alacsony vakcináció, hülyeségeket terjesztő orvosok is a félrevezetők között. Ha engem kérdeznek, megkockáztatom, hogy ebben orosz forrásokból terjedő vakcinációs dezinformációnak is szerepe van - lásd a nyugati vakcinák irányában táplált erősebb kételyeket.
• Újabb PS (proteni subunit) vakcina. Corbevax. Fejlesztő: Texas Children's Hospital Center for Vaccine Development. Gyártó: Biological E.
• Nem annyira jó hírek Dél-Afrikából. 2076 fő heti halálozástöbblet a november 28-án végződött héten. Az azt megelőző héten 1091 főnyi. Aggódnék, azt hiszem, meg nyilván jó lenne már látni a következő adatpontot.
• A hollandoknál is látványos növekedésben az extra halálozás, viszont ott ezt könnyű a deltahullám alakulásával kapcsolatba hozni (itt stimmel a halálozások sztenderd késés szerinti fázisa, és ezek szerint hamarosan csúcsosodik). 4750 fő halálozástöbblet november elejétől december 5-ig. Veszem a felét, ahogyan szoktam (+2375). (G.a.h.: +3780922+1068+878+n.) És nagyon érdekelne, hogyan jön ez össze. Máshonnan is láttam statisztikát, miszerint otthon a szokásosnál többen halnak most meg. Felvetődhet, hogy az oltottság nyomán sokan kivárnak, inkább, mint hogy kórházba menjenek. Mások talán két év alatt mostanra halmoztak fel végzetes kondíciót az elmaradó vizsgálatok és ellátások miatt — de ez a magyarázat kisebbik része lehet csak, mert a jelenség hullámszerű.
• Ugyanez látszik Nagy-Britanniában is (a hullámokra rakódó hullámok). Így jön össze az elmúlt négy hónapra 20800 fő halálozástöbblet. Veszem a felét (+10400). (G.a.h.: +3791322+1068+878+n.) 
• Németországban szeptember óta van halálozástöbblet-hullám. Itt önmagában november második hetére jut 3100 fő el nem várt halálozás (ebből +1550-et veszek), és a szeptemberi-októberi időszak számait nem írták le, csak gagyi ábrán mutatják. (G.a.h.: +3792872+1068+878+n.) Kieg.: megvan közben szeptember is, október is: 7247 + 6615 fő (a felük: +6931). (G.a.h.: +3799803+1068+878+n.)
• És akkor már lendületből még néhány ilyen számítás. Belarusznál volt 2020-ból 5700 fős adat. Az Economistnak van 2020. március 31-ig 33690-es becslése. Ebből felezés, és további konzervatív korrekció után számítok itt +12 ezer főt. (G.a.h.: +3811803+1068+878+n.) Szerbiánál az ottani adatmáguskodás nyomában már számoltam +388 főt. Az Economist ott október végéig 41680 fős halálozástöbbletet becsül, míg a járványhalálozás 9940 fő volt addig hivatalosan, úgyhogy ez +15000 lesz. (G.a.h.: +3826803+1068+878+n.) Kazahsztánból számoltam 607 főt tüdőgyulladásos halálozástöbbletből eddig. Az Economistnál 74190:15870 a többlet vs. járvány szembeállítás szeptember végéig. Feléből levonás után: 29160-607=28553. (G.a.h.: +3855356+1068+878+n.)
• Áttöréses fertőzések, 7 esetről tanulmány Dél-Afrikából. 25-39 évesek, megfelelő antitest-titerrel. A tüneteik leírása: "Initial symptoms were sore throat (85.7 %), fatigue (71.4 %), headaches (57.14 %), dry cough (42.9%), chest pressure, sinus pressure, rhinitis and nausea (all reported by 28.6 %) (Table 2). Night sweats were seen in one patient within the first three days after symptom onset. As the infection progressed, all individuals developed a dry cough, 85.7 % had sinus pressure, and 71.4 % had rhinitis. Anosmia and dysgeusia were observed only temporarily (on day 3) in one patient. Fever was reported by 14.3 % of patients. At the end of the observation period (day 7), dry cough (100 %), rhinitis (71.4 %), sore throat (57.1 %) and shortness of breath (42.9 %) were the predominant symptoms, with a general reduction of symptom severity."
• Ha minden igaz, az omikron elnevezéssel (amiatt, ahogyan az mandarinul hangzik), a WHO sokkal kellemetlenebbet választott Peking perspektívájából, mintha a Xi mellett döntöttek volna.
• A Sewer Coronavirus Alert Network (SCAN) követi az omikron terjedését az USA-ban.
• Az Upper és a Lower Middle Income Countries kategóriában a fejlett országok 11%-ánál jóval magasabb aránnyal szerepelnek a hivatalos statisztikákban a 65 év alattiak, előbbieknél 40%-kal, utóbbiaknál 57%-kal. A Világbank elemzése próbálja ezt megfejteni, de segítenem kell: ezekben az országokban az idős emberek kezelése, számításba vétele, halottvizsgálata alighanem kevésbé erőforrás-intenzív, hogy finoman fogalmazzak. Vagyis igazából több volt a 65 év feletti áldozat, és az említett országok statisztikái őket különösen alulmérhetik. (Emellett természetesen a fiatalabb népességek is belejátszanak.)
• "Hörcsiktől a hippókig", így lehet visszaadni a Guardian címét kb. Amúgy semmi meglepő, csak egy releváns utalás arra, hogy az állatkertekben is oltanak. Az oroszoknál pl. a Karnivak-Kov, az amerikaiaknál a Zoetis vakcinával. És leírva az is, hogy a vadállat-populációkat nem igazán praktikus megpróbálni átoltani. Ezt üzenjük az EcoHealth Alliance-nek is.
• Biobiztonság terén ezzel a pandémiával kiszabadult a szellem a palackból. Hollandia, koronacsomagok önfertőzéshez, letartóztatás, majd őrizetből elengedés, védekezés szabadlábon.
• Egy előzetes becslés Dél-Afrikából. CFR 0,42%, a kórházban kezeltek 9%-a. Jobb, mint az eddigi hullámoknál. De 0,42% így is elég sok lehet (= pl. egyillióból 4200 fő) + a kórházaknak nagy terhet jelenthet mind a 9%, mind a 91%. Ráadásul dinamikusan kell nézni az ilyen számokat. Hanyatló immunitás (mind oltás, mind fertőzés után) súlyosabb esetekhez és a CFR növekedéséhez vezethet. 

Folyt. köv. hétfőtől (2021.12.13.) ebben az új bekezdésben.