Előzmények (korábbi kutatási jegyzeteim a témában):

• január 28-tól február 23-ig;
• február 24-től március 6-ig;
• március 7-től március 21-ig;
• március 22-től április 3-ig (a kommentek között is hasznos dolgok);
• április 3-től 14-ig (a kommentek között is hasznos dolgok);
• április 15-től 25-ig (kommentekkel együtt).

2020.04.26.

• Belgium készül a korlátozások lazítására. Mi baj történhet? Abban az országban, ahol egymillió főre vetítve a legmagasabb a koronavírusos halálozás a világon (San Marinót mint miniállamot nem számítva). Egyébként, jut eszembe, Nyugat-Európából Belgium delegálta népességarányosan a legtöbb külföldi harcost az Iszlám Államba.
• San Marinóban a lakosságnak több, mint egy ezreléke halt meg a járványban mostanra.
• Az első tíz itthoni elhunyt áldozat egyikének története a lánya elmondásában. Figyelemre méltó állítás például: "szörnyülködve és felháborodva nézem a koronavirus.gov.hu oldalon az édesanyám adatait, aki a második sorszámozású 65 éves nő (lenne) a táblázatban, és akinek az “Alapbeteség” nevű oszlopba beírták, hogy rosszindulatú daganata volt. Nos, ez nem igaz. Az én édesanyám nem szenvedett semmilyen más betegségben. Ezt a 8 napos kórházi tartózkodása alatt többször is, több orvos elmondta a telefonban amikor az állapotáról érdeklődtem. Elhalálozása után a patológus is megerősítette, hogy semmilyen más betegséget nem találtak nála, ennek ellenére a halotti bizonyítványba - ki tudja miért -, még ez a plusz alapbeteség is bekerült." A forrás megítéléséhez: az oldal kezelői érdekeltnek mutatkoznak a teljes körű áttekintésben, így nem csak rossz dolgokat említő történetek kapnak helyet, lásd például ezt.
• A koronavirus.gov.hu-n közben egy 37 éves nő az elhunytak között, akinek leírták alapbetegségeként az extrém elhízást. A 40 feletti BMI (Body Mass Index) dokumentáltan kockázati faktor COVID-19-nél, de ezt így, individualizált adatként közölni rituális megalázása az érintettnek a rejtélyes értelmi szerző kedvéért, aki ilyenformán kényszeresen hajtogathatja, hogy az áldozatok már amúgy is félig halottak voltak.
• A Portfolio beszámolója egy fontos prezentációról. Idézem: "Az is eldőlt a szakemberek visszajelzése alapján: alapvetően más járványvédelmi stratégiára van szükség Magyarországon, a kontaktszám manipulálásán alapuló stratégiák (a korlátozó intézkedések esetén a húzd meg - ereszd meg stratégia) nem tudják ugyanis megoldani a jelenlegi helyzetet. Az új, kombinált stratégia elemének kell lennie a sokkal több tesztelés és hatékonyabb kontaktkutatás." Wow. Csak hónapokon át kellett mondanom, és már meg is történik! Talán!
• Ugyanonnan: hazai worst-case scenario 2,5 millió fertőzöttel a csúcson.
• Még mindig ugyanonnan. Egész Európának szól a "gratuláció" az alábbiak kapcsán: "Az Európai Betegségmegelőzési és Járványvédelmi Központ áprilisi jelentése szerint a fertőzöttek 84-92%-a nem kerül detektálásra az ellátórendszerben, míg a megerősített COVID-19 esetek aránya az ellátórendszerben 7-12% lehet." 
• A WHO is felhívta rá a figyelmet, hogy "vanantitestyeneki =/= indestructiblebyfire". Majd ettől hülye emberek kiakadtak, és a WHO ezért végül visszavonta az anyagot, és egy langyos üzenettel helyettesítette azt. Szomorú ez, úgy, ahogy van.
• Az első, február 6-i, visszamenőleg azonosított áldozat az Egyesült Államokban hirtelen szívhalált halt, miután előtte influenzaszerű tünetei voltak. 

2020.04.27.

• A kórház-kiürítések következményei. A nyílt hasi sebbel hazaküldött, és azóta meghalt beteg kapcsán nehéz teljes elkerülhetetlenségről beszélni úgy, ahogy a végstádiumú daganatos betegeknél az. (G.a.h.: +20311.)
• Interjú egy magyar pulmonológus, "koronaosztályos" orvossal. Másodállásos munkára lehetőség most nincs, ami racionális a fertőzésterjesztés korlátozása érdekében, viszont megélhetési gondokat okoz. A szabadságot pedig a járványműszak közepette is ki kell venni, hogy a járvány vége után is lehessen folyamatosan dolgozni a bepótolandó vizsgálatokon, műtéteken.
• Koronavírus-fertőzés hollandiai nyércfarmon. Volt már kutya, macska, tigris is. Ez a koronavírus rutinosan ugrál emlősök között.
• Ahogy influenza és más fertőzések után is, SARS-CoV-2 után is előfordulhat (ritkán) Guillain-Barré-szindróma (GBS), a perifériás idegek ellen forduló immunreakció mint autoimmun rendellenesség. Az egyik legkellemetlenebb következménye, ha ez kihat a légzőizmokra, és valaki ezért kerül (vagy kerül vissza) gépi lélegeztetésre.
• Előremutató elemzés a Válasz Online-on. "Rengeteg jelzés érkezik arról, hogy ha valakinek nincs 38 fokos láza és nem panaszkodik erős légzőszervi tünetre, akkor nem tesztelik. Amíg az emberek jó része otthon ül, addig a vírus átadásának kisebb a veszélye. Ha viszont az emberek kimozdulnak otthonról, akkor a rejtett esetek helyi járványokat indíthatnak el, ezért egy agresszív járványkezelési szakaszba kell átlépni – ahogy erről Oroszi Beatrix, az NKK Londonban járványügyi mesterdiplomát szerzett szakmai vezetője beszélt. (...) Magyarországon – szemben az olaszokkal, a németekkel, angolokkal és talán az osztrákokkal is – még nem tetőzött a járvány."
• Ugyanitt érdekes a Kásler-Merkely konfliktus elemzése is, és pozitív értelemben megdöbbentő, hogy az egyetemi laboroknak az állami teszteléssel párhuzamos — és az állam által nem emlegetett — tesztelési tevékenysége milyen méretű.

2020.04.28.

• Ecuadorban és Bolíviában közös, hogy a vezetőváltással járó külpolitikai orientációváltással (Ecuador: Rafel Correa ▻ Lenín Moreno; Bolívia: Evo Morales ▻ Jeanine Áñez) a kubai orvosok is távoztak, és ezt megsínyli náluk az egészségügy.
• Március 1-től április 15-ig Ecuadorban +7600 halálozás az azonos időszakban átlagos halálozáshoz képest, miközben csak 503-an haltak meg COVID-ben hivatalosan. Úgy, hogy az epicentrumban, Guayaquilben elég meleg van, ami ezek szerint nem akadálya a járványnak... E szerint a forrás szerint több halott is lehet; itt 8000 körüli szám jön ki csak Guayas tartományra, tehát nem is az egész országra. G.a.h. így: +7497 minimálisan; összesen +27808+n.
• Az iménti forrásnál írják, hogy Ecuadorba is Spanyolországból repült a vírus, ahogyan pl. Argentínába is. 
• Ha már a globális addicionális halálozással foglalkozunk, a Financial Times is kiveszi a részét a nyomozásból. A szigorúan konzervatív számítási módszeremmel ebből most nem tudok beszámítani semmit, viszont a cikk globális projekciója figyelemre méltó, miszerint lehet akár +117000 is a hivatalos adatokon felül. Ezért írom oda mindig a saját mérlegemnél, hogy "+n".
• Hogy jó hírek is legyenek: Új-Zéland és Szlovákia például elég jól állnak most. Új-Zélandon napok óta tíz alatt a felfedezett esetek száma, intenzív tesztelés mellett; klasszikus "hammer and the dance" figura.
• Ukrajnában: (1) 1676 eü. dolgozó fertőzött, csak tegnap +100; (2) állami tisztviselő mondja ezt el a tévében a felelősség elkenése nélkül, hozzátéve, hogy ezzel sajnos világelsők, gondolom, az összes eset számához képest; (3) Kijev és Csernyivci a járvány központjai (ha tippelnem kell, Csernyivciben is köze van ennek a vendégmunkás-migrációhoz).
• Ez az RNS-vakcinás fejlesztés ígéretes fázisban jár (bázis: Imperial College London). Egereknél a dózissal pozitívan korreláló mennyiségű IgG antitestet generált, és az IgG mennyisége ezek után a vírusneutralizációval is pozitívan korrelált.
• Előrejelzés a német járványügytől (Christian Drosten): "Now, what I call the “prevention paradox” has set in. People are claiming we over-reacted, there is political and economic pressure to return to normal. The federal plan is to lift lockdown slightly, but because the German states, or Länder, set their own rules, I fear we’re going to see a lot of creativity in the interpretation of that plan. I worry that the reproduction number will start to climb again, and we will have a second wave."
• Drosten hisz benne, hogy ha nem is gyorsan, de elvághatók a terjedési láncok. Csakhogy: "it can’t happen based on human contact-tracing alone. We now have evidence that almost half of infection events happen before the person passing on the infection develops symptoms – and people are infectious starting two days prior to that. That means that human contact-tracers working with patients to identify those they’ve been exposed to are in a race against time. They need help to catch all those potentially exposed as quickly as possible – and that will require electronic contact-tracing." (V.ö.: Magyarországon egyelőre a humán kapcsolatkövetés döcögős verziója van, úgyhogy fel kell majd kötni a gatyát.) Kieg.: friss tanulmány (Science), mely modellezésből hozza ki, hogy a pre-szimptomatikus transzmissziók elegendők a járvány fenntartásához.
• A nyájimmunitás fogalmáról szólva fontos, még mindig Drostentől: "It assumes complete mixing of the population, but there are reasons – in part to do with the social networks people form – why the whole population may not be available for infection at any given time. Networks shift, and new people are exposed to the virus. Such effects can drive waves of infection." Hozzáteszem, hogy szerintem a nyájimmunitás nem lehet relatív fogalom: vagy van, vagy nincs. Influenza ellen sincs. Átoltással lenne elérhető, bár még úgy is csak akkor, ha a vírus evolúciója azt nem cselezi ki a kis genetikai csuszamlásaival. Az influenza évről évre megteszi; talán a koronavírus is képes lesz erre — meglátjuk.
• Kell a célzott, pontosabban a potenciális szuperterjesztőket és a különösen veszélyeztetetteket célzó tesztelés a kapcsolatkövetős és a szimptomatikusakat szűrős mellé: "targeted testing might be best, for people who are really vulnerable – staff in hospitals and care homes, for example."
• Más. Ez itt egy igazi rejtély jelen állás szerint. Toxikus sokk szindróma fellépése Kawasaki-szindrómás gyerekeknél (a Kawasaki előfordulása ritka, 8-67/100 ezer fő; Japánban viszont jóval magasabb, minimum kétszeres), orvosi sejtések szerint COVID-19 kapcsán. Figyelemmel követjük, kiegészítéseket beírok majd ide (h/t Epikurosznak; egy csomó fontos link a kommentek között.) Kieg.: ha minden igaz, itt az orvosi sejtés arra vonatkozik, hogy maga a Kawasaki a SARS-CoV-2-es fertőzés után léphet fel esetleg.
• A rossz amerikai-kínai kapcsolatok miatt a Trumpli-adminisztráció azonnali hatállyal leállította az emberi transzmisszióra potenciálisan képes denevér-koronavírusok kutatásának finanszírozását. 
• Fontos számok. Az Egyesült Államokban 7324-en foglalkoznak kapcsolatkövető munkával. Ha a lockdown megszűnik, 100-180 ezer főre lenne szükség... Adatok szövetségi tagállami bontásban itt. Jelenleg Észak-Dakotában áll csak rendelkezésre elegendő ember. New Yorkban 100 ezer lakosra 3 contact-tracer jut most. (Észak-Dakotában 32,8 jut 100 ezer lakosra, és a céljuk ennek a dupláját csatasorba állítani.)
• Hogyan ne következtessünk nyájimmunitásra, Euronews edition: "A report, based on data from April 12-20, found that 35 per cent of app users have or have had COVID-19 (in Bergamo, Italy). The app only had data from 4 per cent of the province's 1.1 million inhabitants. But it was extrapolated to estimate that 381,000 people in the region have been hit by COVID-19, of which 62,000 are still projected to have symptoms. Having consulted virologists as part of the report, an estimated 10% of the population could be asymptomatic, leading to an estimated 45% of the population that could be affected by the virus, or nearly half a million people." App-felhasználók nagyon-nem-reprezentatív populációjából projektálni egy város népességére, majd önkényesen hozzácsapni közel 25%-ot, aztán még feljebb kerekíteni... Nehéz az ekkora böszmeséget sima újságírói hülyeségnek betudni :( 
• Dr. Seheulttől kötelező néznivaló. A vérrög-képződésről. Az érfalak belső oldalán található endotheliális sejtek fertőződése nyomán a véralvadásba belejátszó von Willebrand-faktor szabadul fel, miközben az angiotenzin II. szintje is elszabadul a lekötött ACE2 miatt, és ez ér-összehúzódáshoz vezet. A mikrovaszkuláris elzáródások nyomán pedig... súlyos COVID-19-nél majdnem minden út a hipoxémiához és ARDS-hez vezet.
• Tanulságos eset Tatabányáról: hogyan lesz "alapbetegsége" az embernek 41 éves koronavírusos elhunytként (mint eü. dolgozó, ráadásul).
• Kis figyelmeztetés a tesztelési adatok nemzetközi összehasonlítgatásához: Kit hányszor teszteltek, hány emberre jutott x teszt. Nézni kell. Vagy például: amikor hozzáadják a számlálóhoz a tesztelésre vonatkozó adatot, az nem feltétlenül a tesztelés napja. Stb.
• Eszembe jutott közben egy fontos érv a pro-aktív tesztelés mellett, kár, hogy nem korábban... Eddie Murphyt hívom segítségül:

A nap idézete, zárásnak: “It’s increasingly recognised that Covid-19 hasn’t read the textbook about what it should be doing as a respiratory virus.” (Dr. David Burgner, Melbourne, Ausztrália.)

2020.04.29.

• Ez úton cáfolnánk, hogy az egészség és a gazdaság között kell választanunk a jelen helyzetben: ellátási zavarok az amerikai húspiacon tömeges megbetegedések miatt.
• Az antitest-tesztek nem-kielégítő megbízhatóságáról, ha valaki nem figyelt volna.
• 11854-el több haláleset az ötéves átlagnál az április 11-17-es időszakban az Egyesült Királyságban. A különbözet felét figyelembe véve g.a.h. +33735+n.
• A D-vitamin hiánya súlyos COVID-19-lefolyást indikál, ez mindenképpen logikusnak tűnik. Azért a vonatkozó tanulmány húsz páciensen alapul, ahol 11 fő 75 év alatti intenzív osztályra felvett betegnek volt VDI-je (Vitamin D insufficiency).
• Remek cikk arról, mennyi mindent lehetett volna előre sejteni a már endemikus humán koronavírusok, vagy akár az állati koronavírusok (PEDV, MHV) tanulmányozása alapján a bélrendszeri problémáktól a neurológiai hatásokig.
• Német eredmények arról, hogy a gyerekek is éppen eléggé fertőzők lehetnek vírusszámot nézve, más korcsoportokkal összevetésben. Óvatosan az óvodákkal. Lásd alább az eredmények megoszlását — egy adatpont egy egyén; Christian Drosten megosztásában.

2020.04.30.

• A csökkenő kereslet miatt Kínának sem túl jó a helyzete. A gyártósoraik futhatnak már, de kinek szállítsanak?
• Ha valakit zavarna, hogy az S&P 500 nem esett elég nagyot, itt elolvashatja, miért. Nem mindegy, ki a része az indexnek, és az ott megjelenő vállalatokon keresztül mely ágazatok.
• Az Abbott cég fejlesztésében állítólag 99%-os szenzitivitással és ugyancsak 99%-os specificitással funkcionáló antitest-teszt válik május végére széles körben elérhetővé laboratóriumi használatra.
• Dr. Roger Seheult ma is kötelező. Az ACE2 receptorok lekötésével szabadon ható angiotenzin II. miatt elszabaduló reaktív oxigénformák (szuperoxid, hiderogén-peroxid, hidroxilgyökök) szintjének változása is kárt okozó mechanizmus (oxidatív stressz) az erekben, mint azt kifejti. A COVID-19-et pedig inkább a vaszkuláris endothelium betegségének definiálja már, mint a légutakénak. A COPD és az asztma kevésbé tűnik kockázati faktornak, mint a CVD, a hipertónia vagy a diabétesz.
• Dr. Seheult ma tart online szemináriumot a COVID-19-es klinikai tapasztalatokról, itteni idő szerint este 10-től.
• Ez a cikk több okból is lenyűgöző. Madárinfluenza ügyében Kínában kutakodó amerikai orvos kínai kollégáival talál bizonyítékot egy gyomorégés-gyógyszer hatásosságáról COVID-19-nél, miközben számítógépes modellezés is kidobja az adott gyógyszert a vírusreplikációt akadályozni képes molekulák egyikeként. Ráadásul ez pont a "szegény ember gyógyszere". És a végén Dr. Callahan még örökbecsű tanulsággal is szolgál: "the famotidine lead underscores the importance of science diplomacy in the face of an infectious disease that knows no borders. When it comes to experience with COVID-19, he says, “No amount of smart people at the [National Institutes of Health] or Harvard or Stanford can outclass an average doctor in Wuhan.”" Kieg.: csodaszerként azért ne kezdjen gondolni erre senki, nem arról van szó, és persze mellékhatásai is lehetnek. COVID-terápiában konkrétan intravénásan használják, a szokásos dózis kilencszeresével. 
• Misusztyin orosz miniszterelnök SARS-2-pozitív.

2020.05.01.

• Mexikó: az amerikai piacra gyártó cégek, termelés lockdown és járvány közepette is, erőltetetten. Tizenhárom halott csak az autóüléseket gyártó Lear Corporationnél.
• Egy NY-i orvos öngyilkossága. Nem lehet nem a járványhoz kapcsolni — így is szed áldozatokat. G.a.h.: +33735+n.
• Az NYT az Egyesült Államokban is feltárta az addicionális halálozást a járvánnyal kapcsolatban több államban. Ha a hivatalos COVID-19-es haláleseteket mind addicionálisnak tekintjük (azonos időszak átlaga felettinek), és csak a különbözetet számoljuk, ami az után marad (nagyon-nagyon konzervatívan), abból ez jön ki: New Jersey: 3000; New York állam (NYC nélkül): 1700; Michigan: 600; Illinois: 700; Massachusetts: 500; Maryland: 500; Colorado: 300; összesen: 7300 (időkeret: március 8.- április 11.). G.a.h.: +41035+n.
• A németek stratégiai elemzése az R0 alakulásáról: "ha az R0 1,3-ra emelkedik, már júniusra túlterheli az egészségügyi ellátórendszert a betegek tömege. Ha a reprodukciós arány 1,2-re emelkedik, akkor júliusra terhelődik túl a rendszer, ha pedig 1,1-re, akkor októberre nem lesz elég kapacitás a betegek ellátására".
• Fontos cikk eü. dolgozók számára: a PEP (Post-Exposure Prophylaxis) elég jól működik hidroxiklorokinnal. Dél-Koreában 184 kórházi beteg és 21 eü. dolgozó zárt PEP-kúrát negatív vírusteszt-eredménnyel. A hidroxiklorokinnak nyilván inkább így van értelme, mint az intenzívre felvett betegeknél, ha egyszer a vírusreplikáció akadályozása a célunk. Mellesleg ezzel a járvány elvágásáért is lehet tenni, az eü. dolgozókénál szélesebb körben is.
• Olaszországból származó adatok szerint a hidroxiklorokint szedő lupusos és reumás betegek között kisebb lehet a COVID-19 előfordulása. Ezt még figyelni kell majd, de érdekes lehetőség, ha a pre-exposure prophylaxis működhet, ezek szerint. Tartok tőle, hogy ezt gyógyszerkészletekkel nem lehetne fedezni globális szinten.
• Jó cikk arról, hogy a profitmotiváció nem volt kompatibilis a SARS-jellegű járványokra való felkészüléssel, még a denevér-koronavírusok ismert fenyegetése mellett sem, és ezért a profitmotiváció helyett a jövőben talán más megoldást kellene találni majd az ilyesmire.
• Cikk a járvány terjedésében fontos szerepet játszó klaszterekről, és a színterekről, ahol előfordulnak.
• "Happy hypoxics". Új kifejezés azokra, akik az élettel nehezen kompatibilis véroxigénszint mellett is még egészen jól érzik magukat, és COVID-19-nél gyakran bukkannak fel. (Mondjuk kontrollálni érdemes lehet, hogy nem pl. paracetamoltól pörögnek-e.)
• A COVID-19 nyomában lesz további rejtett,hosszú távú mortalitás is sajnos. Általános tapasztalatokról beszámoló ebben a cikkben: "After any severe case of pneumonia, a combination of underlying chronic diseases and prolonged inflammation seems to increase the risk of future illnesses, including heart attack, stroke, and kidney disease, says Sachin Yende, an epidemiologist and critical care physician at the University of Pittsburgh Medical Center. His team reported in 2015, for example, that people hospitalized for pneumonia have a risk of heart disease about four times as high as that of age-matched controls in the year after their release, and about 1.5 times as high in each of the next 9 years. COVID-19 might prompt “a big increase in these sorts of events,” he says." Különösen rossznak tűnnek azoknak a kilátásai, akik lélegeztetőgépre kerültek a kezelés során, mind kockázatok, mind felépülés tekintetében.
• Brit klinikai adatokat összegző tanulmány. A lélegeztetettek 53%-a meghalt. És még sok más adat persze. Kórházban inkább idősebbek, és inkább a férfiak (aligha meglepő). CVD, diabétesz, COPD, asztma egyaránt jelentős komorbiditások; kövérség kockázat.

2020.05.02.

Eszembe jutott kicsit körülnézni, hogy a SARS(-1) idején volt-e jele a hiperkoagulációs problémáknak, hiszen a SARS(-1) is az ACE2-es receptorokra csatlakozott, és akkor a vaszkuláris endotheliumban is nyilván kárt tett. Hát, itt van például ez a 2005-ös tanulmány egy páciensről, akinél a jobb oldali tüdőartéria trombózisa következett be. Ugyanitt említik, mások eredményeiből, hogy megnövekedett APTI (aktivált parciális tromboplasztinidő) és D-dimer-szint a SARS-betegek 65, illetve 45%-ánál fordult elő. Egy szingapúri kórház betegei között 20,5%-nak volt mélyvénás trombózisa, 11,4%-nál tüdőembólia. Boncolási eredményeket is idéznek, ahol előkerült mélyvénás trombózis, tüdőartériás thromboembólia, egy esetben pedig infarktusok nyoma a szívben, a vesében, a lépben és a nyakszirti lebenyben. Úgy tűnik tehát, hogy ez a probléma már akkor is jelentkezett. (Érdekes ugyanakkor, hogy az itt idézett tanulmány szerzői az intravénás immunoglobulinos (IVIg) kezelés hatására is gyanakodtak a látottak magyarázatában.)

Erről az is eszembe jutott közben, hogy pl. az LDL-koleszterinszintet nem lenne-e érdemes megtanulmányozni egy kicsit a súlyos betegeknél. Erről nem láttam eddig adatot, de elég relevánsnak tűnik ránézni erre is.

Egy másik tanulmány, amit egyszer már előástam itt korrában, a SARS után csontnekrózistól szenvedő betegekkel foglalkozott, és miközben az ilyen betegek kortikoszteroidos kezelését gyanította a csontnekrózis egyik okaként, leírja, hogy: "In this study, most patients have both an external contributor to ON (corticosteroids, SARS) and thrombophilic and/or hypofibrinolytic coagulation disorder. The importance of coagulation abnormalities in the pathogenesis of ON has been noted for a long time. In 1974, Jones [4, 5] postulated that intravascular coagulation, activated by a variety of underlying diseases, is the likely final common pathway producing intraosseous thrombosis and necrosis." Azt hiszem, ez alapján lesz mire odafigyelni később a SARS-2-ből felépülőknél is.

Kutakodtam aztán tovább, és találtam egy jó tanulmányt a trombózis fellépéséről virális fertőzéseknél általában. Sok a meglepően feltáratlan dolog, ahhoz képest, hogy ezek szerint más vírusoknál is előfordul DIC. Például: "Respiratory tract infections increase the risk of deep venous thrombosis and possibly pulmonary embolism too [Smeeth et al., 2006]. Patients infected with the influenza A virus have been known to suffer disseminated intravascular coagulation and pulmonary microembolism [Davison et al., 1973; Harms et al., 2010]. In the recent outbreak of H1N1 influenza (‘‘swine flu’’), both thrombotic and hemorrhagic complications were reported." Persze míg a vírusos fertőzések kapcsán nagy általánosságban az egyik alapvető mechanizmus az IL-6, IL-1, IL-12 citokinok és a gyulladási folyamatok hatása (ennek nyomán pl. a von Willebrand-faktorok stimulálása), addig a SARS-CoV-2 esetében komplexebb, specifikusabb és súlyosabb az impakt. Kieg.: ez a cikk a citokinok alvadásszabályozó szerepéről az alvadásaktiválás kapcsán említi még az IL-2-t és a TNF-et (tumornekrózis faktor) is (közben más citokinek alvadásgátlóként hatnak). A legfőbb említett mechanizmus a szöveti faktor kifejeződésének stimulálása a szubendotheliális szöveti sejtek és a fehérvérsejtek felől, vagy éppen a vaszkuláris endothelium sejtjeinek felszínén is; ezek után a szöveti faktor eljátssza szokásos szerepét a haemostasisban.

• Elgondolkodtató reflexió egy sürgősségi orvostól (Jeremy Samuel Faust, a Harvard Medical School oktatója is) az influenzás halálozásokról: "in four years of emergency medicine residency and over three and a half years as an attending physician, I had almost never seen anyone die of the flu. I could only remember one tragic pediatric case. Based on the CDC numbers though, I should have seen many, many more. In 2018, over 46,000 Americans died from opioid overdoses. Over 36,500 died in traffic accidents. Nearly 40,000 died from gun violence. I see those deaths all the time. Was I alone in noticing this discrepancy? I decided to call colleagues around the country who work in other emergency departments and in intensive care units to ask a simple question: how many patients could they remember dying from the flu? Most of the physicians I surveyed couldn’t remember a single one over their careers. Some said they recalled a few. All of them seemed to be having the same light bulb moment I had already experienced: For too long, we have blindly accepted a statistic that does not match our clinical experience." Ha valakinek még kétségei lettek volna arról, hogy a COVID-19 az influenzánál rosszabb-e... Azt azért nem nehéz dokumentálni persze, hogy vannak valószínűsíthetően influenzás (bár jellemzően nem tesztelt) halálesetek: lásd például itt, itt és itt.
• Vágó Péter kiváló írása arról, hogy Európa következő két-három évében az européerség koncepciójára építők sajnos "kénytelenek lesznek empirikusan tesztelni, hogy az európai átlagember mennyire tartja fontosnak a szép eszméket akkor is, ha kimaradt a nyaralás és nem telik a legújabb okostelefonra". 
• Így néz ki jelenleg az ENSZ Biztonsági Tanácsának munkája. Egy olaszországi, Brindisiből működő videokonferencia-rendszert használnak, persze ugyanolyan problémákkal, mint a hétköznapi emberek a Teams, a Zoom és társaik használata közben.
• Egy érdekes link. A U.S. National Institutes of Health az Eco-Health Alliance nevű tudományos nem-kormányzati szervezettel (inkább csak kvázi-nem-kormányzati, úgy tűnik) és a Wuhan Institute of Virologyvel együtt történetesen gain-of-function kutatásban vett részt. Itt olvasható a projekt leírása. Idézet innen: "Aim 3: In vitro and in vivo characterization of SARSr-CoV spillover risk, coupled with spatial and phylogenetic analyses to identify the regions and viruses of public health concern. We will use S protein sequence data, infectious clone technology, in vitro and in vivo infection experiments and analysis of receptor binding to test the hypothesis that % divergence thresholds in S protein sequences predict spillover potential." Ennek részeként, úgy tűnik, létrehoztak kimérákat is, amilyen például az SCH014-es denevérkoronavírus és a SARS-CoV(-1) keresztezése volt korábban. Namármost ez azért érdekes, mert bár ez sem egy "füstölgő pisztolycső", ami nem-természetes, azaz laborbaleseti eredetre vallana a jelen pandémiát illetően, viszont így már két fura egybeesés is van a SARS-CoV-2 felbukkanása körül. A Wuhan CDC létesítménye 150 méterre a Huanan piactól, plusz egy amerikai-kínai finanszírozású gain-of-function virológiai kutatás a Wuhan Institute of Virologyben — ezek mellé jön a tőlük elvben független spill-over incidens az ismeretlen köztigazda és egy ember között. Hát, figyelgetünk majd erre továbbra is.

2020.05.03.

• Hollandián belüli különbségek, Észak-Brabant vs. Groningen. Utóbbinál jóval kisebb a szezonális átlagot meghaladó halálozás. Alex Friedrich virológus volt ott a járványügyi válaszadás egyik fő szervezője, és ragaszkodott az enyhe esetek teszteléséhez is. Mint mondja: "“In the Netherlands, in our country, they said that diagnostics is interesting for statistics but not important for the fight against the disease. There I strongly disagree.”
• Vajon nálunk az oldódó korlátozások kapcsán mennyire lehet számolni megkomolyodott tesztelési és kapcsolatkövetési megközelítéssel? Ha nem, úgy ez a vírus nagyon gyorsan tud szétterjedni. Vigyázó szemünket többek között Győr térségére, vagy éppen Fejér, Zala, Komárom-Esztergom, Veszprém és Csongrád megyékre vethetjük.
• Egy cikk a komorbiditásokról, adatokkal New Yorkból; n=5700. "The most common comorbidities were hypertension (3026; 56.6%), obesity (1737; 41.7%), and diabetes (1808; 33.8%)." Komorbiditás nélküliek 6%, egy komorbiditással 6%, egynél több komorbiditással 88% a kórházba kerültek között. "The median score on the Charlson Comorbidity Index was 4 points (IQR, 2-6), which corresponds to a 53% estimated 10-year survival and reflects a significant comorbidity burden for these patients." Ugyancsak a kórházba kerültek között asztmával kb. 9%, COPD-vel 5,4%; megjegyzés: ez érdekes módon nem nagyon több, mint az asztmások és COPD-sek aránya a NY-i populáción belül. ACEI/ARB-rezsim és egyéb vérnyomás-csökkentő kezelés között nem látszik perdöntő különbség itt (ezúttal pár százalékkal jobb volt a mortalitás a non-ACEI/ARB-csoportnál). 

2020.05.04.

• Egy cikk érdekességekkel a vaszkuláris endothelium funkcióiról. 96 ezer km érpálya a szervezetben.
• Ugyanonnan, a korábban dr. Seheult által feszegetett oxidatív stresszhez adalékul: "Several factors that can increase the number of free radicals in the body include obesity, smoking, sleep deprivation, acute microbial infections, high glucose intake, and exposure to metals and air pollutants".
• Megjegyzem, hogy a DIC nyilván a lélegeztetéses mozdulatlanság miatt is valószínűbben vezet stroke-hoz, trombózishoz, embóliához — az összes egyéb tényező hatása mellett.
• Újabb anyag az átlagosat meghaladó halálozásról.
• Német stratégiai anyag, epidemiológusoktól, nagyon jó, h/t Epikurosz. Az abszolút lényeg: "Complete eradication of the virus is possible in principle, but would require international coordination and immense efforts. Such a worldwide eradication cannot be achieved in the near future. Rapid infestation implies a massive overload on our health care system and a corresponding number of avoidable deaths. Therefore, neither of the two scenarios represents a viable option." Lefordítva: elvben véget lehetne venni ennek az őrületnek, de a világ országainak nagy részében ehhez vagy túl hülye a hivatalos megközelítés, vagy a jelenleg rendelkezésre álló erőforrásokkal nem biztosítható. A járványt elereszteni pedig... légyszi, azt neeee.
• Ugyanott, a "controlled infestation" forgatókönyvről (a járvány terjedésének elengedése, de az eü. rendszer veszélyeztetése esetén a gyeplő behúzásával), vélemény: "Our models agree that, even with optimistic estimates of the number of unreported cases, this would take years and cause many deaths." Lefordítva: légyszi, neee. Vagy legalább ne nevezzük ezt stratégiának. Shit happens (of course), but not with our approval. We told you.
• Amit javasolnak: "consistent containment". " It is possible that the number of new infections N will be reduced within weeks to such an extent that extensive contact restrictions can be replaced by efficient contact tracing. The more consistently measures are implemented, the smaller R becomes and the faster this can be achieved." Lefordítva: "Ha fenntartjuk a korlátozások egy részét, lelassulhat annyira a terjedés, hogy utána, ha nem dugjuk a fejünket a homokba, és készek vagyunk eleget nyomozni és telefonálni, akkor nagyon kevés eset legyen." (V.ö.: "the hammer and the dance".)
• Bárhogyan minősítjük is a SARS-CoV-2 mutációs hajlamát, ahhoz eleget mutál, hogy az rt-PCR-teszteket azok célgénjeitől függően megnehezítse, és hogy azok fals negatívakat produkáljanak.
• Epikurosz lelete: a magyarázat arra, hogyan fordulhatott elő, hogy egy brit klinikai tanulmány adatai szerint a betegek 33%-a meghalt, de csak 17%-uk került intenzív osztályra (n=16749). "Triázs".
• Volt már a történelemben olyan Erasmus-diák, nem egy, aki Leuvenből ment Louvainbe tanulni, "vendégdiáknak". A kijárási korlátozások legújabb kori történetében pedig volt most már olyan ruházati üzlet is, amelyik a belga oldalon zárva volt, a holland oldalon pedig várta közben a vásárlóit.
• Oroszország. Kórházakból ablakon kieső, előzetesen panaszt megfogalmazott orvosok, hárman. Ketten belehaltak, egy koponyatöréssel... kórházban. G.a.h.: +41037+n.
• Francia retrospektív teszteredmények szerint már decemberben is COVID-19 volt náluk egy tüdőgyulladás. Az eset december 27-i (akkor került kórházba), úgyhogy addigra akár lehetett ez Kínából importált eset simán (akkor is, ha nyilván napokkal korábban kapta el egyébként). Viszont módszertanilag azért picit bizonytalan nekem az influenzateszthez vett minta előásása nyomán a PCR alkalmazása. Kapcsolatkövetés: a tünetmentes feleség egy kínaiak által üzemeltetett szusizó mellett dolgozott, de több konkrétum egyelőre nincs.

2020.05.05.

• Tanzániai, kongói és madagaszkári államférfiak, úgy tűnik, közös vállalkozásba fogtak, és diplomáciailag marketingelnek egy madagaszkári gyógynövény-kotyvalékot, mely egy ürömféléből (Artemisia) készül történetesen — utóbbi malária ellen egyébként hatásos; használatos Artemisinin-based combination therapies (ACTs) keretében. Itt most COVID-19 ellen használnák — ha jól értem, húsz páciensnél tapasztalt csudálatos változások konzekvenciájaként.
• Arról, hogy néz majd ki a digitális kapcsolatkövetés az Egyesült Királyságban, jelenleg Wight szigetén tesztelik a rendszert. Készülék-ID (nem személyes név) alapján, elmúlt 28 (!) napon belüli bluetooth-érintkezés rekordjából kiindulva értesít a rendszer készülékeket az önkéntesen jelentett tünetek nyomán, önizolációra szólítva fel, majd teszteredmény alapján további értesítést küld, ahogy kell.

2020.05.06.

• A Válasz Online lehozott egy olyan kritikán alulian buta cikket, hogy csak pislogok. Haljanak meg inkább a gyengék, hogy lapozhassunk, kb. ennyi az üzenete (járványfasizmus), amit olyan sekélyes elemzésből hoz ki, mintha valamikor hónapokkal ezelőtt tájékozódott volna a koronavírussal kapcsolatos kilátásokról. Worst of: Dél-Koreában csak maszkok kellettek a helyzet kezeléséhez, úgyhogy nálunk is elég lesz ennyi. 
• Így néz ki a kapcsolatkövető munka Törökországban. Mobil csapatok, kimennek, tesztelnek, kérdeznek, telefonon is kapcsolatba lépnek, eleve kész pandémiás tervet követnek.
• Olaszországi excess mortality. "More than 90,000 people died from February 20 to Mar 31, a 38.7% increase from the average of approximately 65,000 during the same period, from 2015 to 2019." Ez 25 ezerrel több a 2015-2019-es azonos időszaki átlagnál. Korábban 3402 extra halálesettel számoltan, nagyrészt északi adatok konzervatív számítása nyomán. Ha a 25 ezer felét figyelembe veszem, akkor ez 9098, megint csak konzervatívan. G.a.h. így +50135. 
• És akkor még jön hozzá ez. Maszkviselés miatt figyelmeztetett leány apja lőtte fejbe a lányát figyelmeztető biztonsági őrt. Genesee County, Michigan. (+50136.)
• Isztambulban március-áprilisra +3377 haláleset az ötévi átlaghoz képest. Korábban 1100-ból 550-et vettem figyelembe egy egyhónapos időszakra március 9.-április 12. időkeretben. A különbözet felét számolva 1688-550=1138. G.a.h.: +51274.
• COVID-19-es fertőzés (vagy antitest) kimutatása nyomán megfigyelt Kawasaki (pl. az artériás érfalak gyulladásával) gyerekeknél, ezúttal az Egyesült Államokból jelentett esetek kapcsán.
• A SARS-CoV-2 S-fehérjéjének elemeit felismerő monoklonális antitestekkel kapcsolatos kutatások is figyelmet érdemelnek. A link mentén egy in vitro működő monoklonális antitestről van szó, egér eredetű hibridóma sejtekből előállítva, ahol a SARS-1-es és 2-es stimulációhoz VSV-vírust használtak vektornak.
• Az ACEI/ARB-kezelésekről egy kis mini-metaanalízis Dr. Roger Seheulttől. Három nagyobb tanulmány alapján nem asszociálódnak rosszabb kimenetekkel, sőt az ACEI-k és a koleszteringyógyszerek közül a sztatinok éppenséggel alacsonyabb kórházi halálozáshoz vezettek. Büszke vagyok egy kicsit magamra is, mert pár napja felvetettem itt, hogy az LDL-koleszterint is nézni kellene a betegeknél, ha egyszer az erek elzáródásának a lehetősége itt erősen fennáll.

A nap zárásaként — dolgoztam egy ilyen ábrán a SARS-CoV-2 mechanizmusairól a véredényekben és azokhoz közvetlenül kapcsolódóan. Mivel egyelőre nem bizonyított (csak számítógépen modellezett), a vírus lehetséges interakcióját a porfirinnel a vörösvértestekben kihagytam.

A fenti ábrát egyébként már újabb dolgokkal kell bonyolítani. De ezt majd holnap... Egyszerűen hihetetlen ez a vírus.

2020.05.07.

Itt jön, amit tegnap már nem bírtam leírni. Szóval vannak a foszfolipidek. Nagyon fontosak, mert "amfifilikus" molekulák, egy hidrofil (vízkedvelő) foszforsav-fejjel, és két hidrofób zsírsav-farokvéggel. Vizes közegben ezért kiváló kettős réteggé állnak össze, a hidrofil fejekkel kifelé. Úgyhogy a sejtmembrán fontos elemei. Ha valakinek antitestjei vannak foszfolipidek ellen, az elég kellemetlen lehet. A népesség 1-5%-ának vannak antifoszfolipid antitestjei (aPL Ab), de gondot ez még nem feltétlenül okoz — az antifoszfolipid szindrómához (APS) ezekre nagyobb mennyiségben és tartósabban van szükség, és ez már csak 5/100000/év prevalenciával fordul elő. Életveszélyes vérrögképződéssel jár. Még ritkábban lehet belőle nagyon csúnya CAPS, azaz Catastrophic Antiphospholipid (Antibody) Syndrome, többszervi elégtelenséggel, a minden eltömítő vérrögök miatt. 

Hogy jön ez a képbe? COVID-19-es betegeknél mértek már jelentős aPL Ab mennyiséget. Mike Hansen dokinak ebben a videóban erről az jut az eszébe, hogy mivel éppen az APS esetében fordul elő egyébként az, hogy egy páciensnél vénásan ÉS artériásan is előfordulnak trombotikus események, talán éppen ez az egyik alapvető mechanizmusa a COVID-19-nél megfigyelt atipikus DIC-nek (ereken belüli véralvadásnak), amit a szakirodalomban pár forrás már CAC-nak, azaz COVID-Associated Coagulopathynek nevez. Egy három páciens esetét feldolgozó kínai tanulmány a diskurzus kiiunduló pontja: Zhang et al. Coagulopathy and anti-phospholipid antibodies in patients with COVID-19. NEJM DOI: 10.1056/NEJMc2007575 (non-peer reviewed correspondence). Mások nem feltétlenül értenek ezzel egyet. "It is well described that aPL Ab can arise transiently at times of acute infection, inflammation, or thrombosis", írják, vagyis az aPL Ab emelkedését ideiglenesnek és inkább következménynek, mint oknak látják. Ezzel együtt ez plusz egy veszélyes mechanizmus lehet, amit a SARS-CoV-2-fertőzés beindít.

Nekem még egy dolog jutott eszembe a fentieken kívül: a Guillain-Barré előfordulása 6-40/1000000/év, az APS-é, mint említettem, 5/100000/év, a Kawasakié Japánon kívül 8-67/100000/év 5 év alattiaknál. Ritka autoimmun rendellenesség mind, és a COVID-19-nél már előfordultak, legalább látszólag a fertőzéshez kapcsolódóan. Ebben látom egy összefüggés lehetőségét. Immunológiailag naiv populáció találkozik tömegesen újonnan felbukkanó és viszonylag virulens kórokozóval: benne van a pakliban, hogy az immunrendszer esetenként kicsit megőrül + statisztikailag kevésbé valószínű találkozásokra is van esély ilyen esetszámok mellett.

Dr. Seheult eközben a vérrögképződés hátteréről szolgál további adalékokkal. Az 1964-ben felfedezett Weibel-Palade-testekre irányítja a figyelmet, ahonnét az entotheliális sejtek problémái kapcsán exocitózissal felszabadul a hemosztázisban szerepet játszó von Willebrand faktor (vWF). A vWF, mellesleg, épp a nullás vércsoportúaknál jellemzően alacsonyabb szinten van jelen, és pont nekik van némi túlélési előnyük nem-peer-reviewed klinikai tapasztalatok szerint (az A-sokkal szemben, akiknek túlélési hátrányuk van). A vWF statikus állapotban globuláris alakú, de a véráramban megnyúlik, és lánccá kapcsolódik össze, multimerikusan — ezt a láncot az ADAMTS13 enzim vágja fel praktikus hosszúságú darabokra (a 0 vércsoportúaknál ez a proteolízises vagdosás gyorsabban megy végbe, ami így dupla előny számukra). Terápiás szempontból nem jelentéktelen, hogy az ADAMTS13-hoz kell cink... ami tehát többféleképpen is hasznosulhat COVID-19-terápiában. Én annyit tennék ehhez hozzá, hogy a Weibel-Palade-testek a P-szelektin nevű fehérjét is tárolják, amely erek sérülésénél leukocitáknak jelez, és ezeket "odainvitálja". Például a neutrofileket... hogy még jobban összeálljon az a bizonyos fenti kép, amit ezek után kifejezetten leegyszerűsítőnek is mondhatunk.

• Más. Az európai politikában közben a német Alkotmánybíróság egy döntése kavar nagy viharokat. A döntés valójában 2015-től kezdődően a koronavírus-válság előttig bezárólag zajlott, az eurozóna stabilizálására irányult kötvényvásárlásokra vonatkozik, a német központi bank által — ezeket minősítette a német alkotmányt sértőnek, nem a válságintézkedéseket, de Pistikéék a homokozóban már csinálják a műbalhét, hogy ezzel akkor összeomlik Európa (mert szeretnének pár homokvár összerugdosásához felhatalmazást ezzel).
• Itt van ez a metaanalízis az Infection Fatality Rate-ről (halálesetek / teljes, részben becslésen alapuló esetszám), ami tehát szükségszerűen alacsonyabb a Case Fatality Rate-nél (halálesetek / klinikailag manifesztálódó esetek). A kihozott érték 0,75%. Már várom, hogy fogalmatlan emberek miket hoznak majd ki ebből. Hiszen ez "csak" a hét és félszerese annak az értéknek, amit a szezonális influenza valójában soha nem ért el. Érdemes lehet rámutatni, hogy (1) a hét és félszeres az annyival több emberi lény; (2) valójában sokkal többször annyi emberi lény, mivel a szezonális influenza IFR-je soha nem volt 0,1% ténylegesen; (3) ez egy immunológiailag naiv populációban terjedő, tehát exponenciálisan növekedni képes járvány, végeredményben az IFR-től függetlenül is sokszorosan nagyobb összes halálozással; (4) ez egy újabb fertőző betegség, tehát a hozzá kapcsolódó mortalitás hozzáadódik az egyéb mortalitáshoz; (5) az egyébként változékony tényleges IFR önmagában vajmi keveset mesél arról, mi történik az érintett egészségügyi rendszerekkel, és pl. milyen addicionális halálozás adódik emiatt; (6) az "esetek" immunitását a jövőre nézve semmi nem garantálja jelen állás szerint; egy részük immunis lesz, egy részük talán nem; aki immunis lesz, az pedig nem lesz immunis örökre. Remélem, holnaptól minden újságíró és Facebook-tudós ezen alapvető tények birtokában kommentálja majd a dolgokat... Remélem, de persze nem erre számítok.
• Fentebb már utaltam rá, hogy a francia retrospektív PCR-tesztelés erősen megbízhatatlannak tűnik. Ellőttek egy tesztet, és jó eséllyel csak kaptak egy fals pozitívat, ez volt az első gondolatom. Itt a teszteredményről egy kis kritika, meg lehet nézni. By the way: érdekes látni, hogy egy csomó sajtócikk szól most egyetlen erősen kétséges, december 27-i eset alapján arról, hogy "a vírus decemberben már keringett Európában", miközben március elejéig minden felbukkant eset kapcsán az ment, hogy "relax, nincs itt helybeni terjedés". A francia kutatókkal kapcsolatban pedig: van ugyebár antitest-vizsgálat. A tanulmányukban egy szó nem esik arról, hogy az érintetteknél ezt elvégezték volna, pedig egy negatív antitest-teszt elgondolkodtató lehet adott esetben. 

2020.05.08.

• Elejtett mondat egy amúgy is érdekes cikkben, Magyarországról: "A tesztek elvégzésére egyszerűen nincs elegendő kapacitás. A négy orvosi egyetem éppen most kezdi monstre szűrőprogramját, 17 ezer alany bevonásával, ezzel is radikálisan szűkítve a hozzáférés lehetőségét." Lehet, hogy a szűrőprogramnak nem most lenne itt az ideje?
• A szlovéneknél is lenyomtak egy "reprezentatív(nak szánt) antitest-vizsgálatot", és bár magyarázzák, hogy milyen jól kezelték a mintavételi problémákat, ezzel elfedik a lényeget, a jóval nagyobb módszertani problémát. Szlovénia népessége 2 millió fő felett. Van 1449 fertőzöttjük kimutatva, 99 halott mellett (6,83% a haláleset). Ezek azok a számok, amelyek mellett komolyan vehetetlen a "reprezentatív antitest-vizsgálat". Az átfertőzöttség ismert szintje így ugyanis 0,07245%, és így a valódi szint sem lehet olyan magas (még ha az ismert szint sokszorosát feltételezzük is), hogy a tesztekkel adott szenzitivitási és specificitási problémák miatt ne legyen a fals pozitívak aránya brutális. És akkor még nem beszéltünk az olyan fals pozitívokról, amelyek nem szó szerint falsak, csak keresztreagálás eredményei a már korábban elterjedt humán koronavírusokra meglévő antitestekkel. 
• A járványtörténelmi revizionizmus újabb állomásaként a tavaly októberi vuhani katonai játékok résztvevőitől jelenti pár sajtócikk kijelentő módban, hogy ők már koronavírusosak voltak, mivel betegek voltak (miközben az érintettek ennél óvatosabban fogalmaznak). Antitest-vizsgálatot nekik, és még abból is, azután is felelős következtetést kérnénk (vagyis IgG megléte esetén hangsúlyozni, hogy az származhat a vizsgálat napjától akkár 28 nappal korábbról is).
• Hogy érthető legyen, honnét jön a Vuhani Katonai Játékokkal kapcsolatos őrület: ennek az amerikai bicikliversenyzőnek a történetéből. Miután fellökték biciklivel, és hatalmasat esett, azt nyilatkozta: "I just had to catch my breath, but it wouldn't come." Egy George Webb nevű ismert for-profit konteóvállalkozó fújt ebből hantalázat, méghozzá (naná) egy "névtelen forrásra" hivatkozva, akit "nem fedhet fel". Ezt kapta fel aztán a Kínai Kommunista Párt, akik ez úton is köszönik a lelkes, utólagos európai támogatást ezzel kapcsolatban. A világ megőrült. Más paradigmába ezt nem tudom rendezni.
• Interjú Duda Ernő virológussal. Hasznos részletek: (1) "Januártól már hallani lehetett anekdotákat nyugatról hazatérő magyarokról, akik januárban-februárban tüdőgyulladás tüneteit mutatták, de egy antibiotikumkúra felírásán kívül nem szenteltek nekik több figyelmet". True that. Kieg.: lásd ezt a cikket is. (2) "El tudja ön képzelni, hogy ha most Nógrád megyében egy cigánytelepen meghal valaki tüdőgyulladással, akkor letesztelik őt koronavírusra? Én majdnem biztos vagyok benne, hogy nem." In your face. (3) "a két hónap (kijárási korlátozás) kellett ahhoz, hogy az emberek megtanulják, hogyan lehet kevésbé fertőző módon élni. Nyilván ez nem vonatkozik mindenkire, Magyarország tele van macsó emberekkel, akiket sem a cigi, sem az alkohol vagy a gyorshajtás nem tud elpusztítani, ők nem fognak szájmaszkot viselni, és ha megfertőződnek, továbbadják azt." Livin' on the edge / You can't help yourself from fallin' (Aerosmith). (4) "Február elején már tudni lehetett, hogy ezt a járványt nem lehet Kínában tartani. Napok alatt el lehetett volna kezdeni a tesztek gyártását, darabonként rendkívül olcsón, 2-3 ezer forintért munkabérrel együtt." Who saw that coming? We did. (5) A PCR-tesztekhez történt kezdeti mintavételekről: "Ennél a vírusnál viszont bizony rendesen meg kell dörzsölni a dolgot, akkor fog lejönni annyi nyálkahártya-sejt, amiből már ki lehet mutatni a vírust. Ezt viszont nem tanították meg a mintavevő orvosoknak, így sok, súlyosan beteg embernek lett negatív a koronavírus tesztje." And the rest is history.
• Manaus, Amazonas-régió, Brazília, szezonális átlagos meghaladó halálozás temetések számában mérve. "City data shows that 2,435 people were buried in April alone, compared with 871 burials during the same month a year ago." A különbözet felével, konzervatívan a g.a.h.: +51274+782=52056.
• Kezdek utánamenni az interferonoknak, ennek a cikknek a nyomán, mely az interferonok által serkentett ACE2-kifejeződés miatt az éppen a fertőzésből következően, a védekezésben szerepet játszó interferonok révén végbemenő fertőzésfokozódás lehetőségét vetette fel. (Az ACE2 egyenesen a jackpot egy vírus szempontjából.) 
• Itt egy cikk 2016-ból, egerek tanulmányozása alapján, a korábbi SARS-vírusról. Az érdekes az, hogy fertőzésfokozás helyett az első probléma az Type I interferon (INF-I) interferonválasszal (a "veleszületett"/innate immunrendszer részeként), hogy nem jelentkezik, késlekedik, miközben a vírusreplikáció sikeres, és egy nap után csúcsszintet érhet el az érintett tüdősejtekben. A SARS-vírus ügyesen elkerülte, hogy a jelenléte a patogénekhez köthető molekuláris mintázatok (PAMPs, Pathogen-Associated Molecular Patterns) révén felismerhető váljon a rezidens makrofágok (többek között légzsáki és szövetközi makrofágok a tüdőben), dendritikus sejtek (kórokozóktól és egyéb, kívülről bekerült anyagokból származó antigéneket prezentálnak az adaptív immunválasz résztvevői felé pl. a bőrben és egyéb, a külvilággal kontaktba kerülő felületeken, így pl. a belekben is), hisztiociták, Kupffer-sejtek (a májban) PRR-receptorai által (Pattern Recognition Receptors), melyek a sejtek károsodásának érzékelői is (Damage-Associated Molecular Patterns, DAMPs). Nagyon fontosak a különféle fontos szöveteket kolonizáló rezidens makrofágok például. PRR-ek vannak az említett sentinel (gyakorlatilag "helyőrségi") sejteken belül és e sejtek felszínén is — vírusok kapcsán az előbbiek az érdekesek. A SARS-vírus át tudta verni őket sok betegnél, vagyis ilyenkor gyakorlatilag kicselezte a sejt védelmi elemzőit. Itt egy rövid előadás a témában. Ez pedig egy még jobb, a TLR-ekről ("tollszerű receptorok"). Endoszómákban a TLR7 és TLR8-as receptorok hivatottak felismerni a sejtbe bekerült egyszálú RNS-vírus jelenlétét (amilyen a SARS-CoV-2). A citoplazmán belül, a citoszolban pedig a RIG-I receptorok játszanak ilyen szerepet. Itt egy jó áttekintő tanulmány is a témában. A TLR7 és TLR8 az endoplazmatikus retikulumban, a lizoszómákban és endolizoszómákban is előfordulnak. Van kötő- és jeladó-doménjük. Ha bejeleznek, soklépcsős folyamatot indítanak el. És így tovább. Nyilván sokkal tovább bonyolítható ez. (Kieg.: itt egy érdekes tanulmány, in silico (azaz számítógépes modellezéssel) a rezidens tüdőszöveti leukociták szintjének jelentőségéről a kezdeti SARS-CoV-2-immunválaszban.)

Hogy legyen jó hír is itt — így állnak most a helyzetet jól kezelő országokban (persze kontrasztnak más példa is ott van; az ábra új esetek tíznapos mozgó átlagának változását mutatja):

• A svéd epidemiológia géniusza, Anders Tegnell eközben: "The death toll really came as a surprise to us."
• Eközben Magyarországon: a Népegészségügyi Központ oldalán úgy módosítottak néhány érdekes adatot, mintha nem lenne se tegnap, se holnap. Az eredeti adatok szerint 2855 influenzatesztelésre küldött mintából 30 volt pozitív a 12. naptári héten, márciusban. Ugyanekkor a sentinel/őrszem szerepre kijelölt háziorvosoktól bejött 26 mintából 12 volt pozitív (abból 8 influenza A, azon belül 4 H1N1-es). Amit nem sentinel háziorvosok küldtek, azt kórházak vagy nem-sentinel háziorvosok küldték be... Élő Anita kiváló nyomozásának az eredménye. A minták amúgy nem feltétlenül voltak mind koronavírusosak, de közülük jó pár azért szinte biztosan. Mellettük viszont értelemszerűen más kórokozó-gyanúsítottak is felvetődhetnek.

2020.05.09.

• A koronavírus-dömping miatt sok minden relatíve feledésbe merülhet, a jemeni éhezéstől a kanyaróoltásokon át a maláriaprogramokig.
• Kutatási eredmények arról, hogy a New York-i SARS-CoV-2-variáns terjedt szét jobban az Egyesült Államokban. Még Alaszkában is.
• Kawasaki-témában érdekes látni, hogy Dr. Seheult is arra jut, amire én két napja: hogy alapvetően arról van szó, hogy a vírusfertőzés kiváltotta immunválasz rendellenességei fordulnak elő COVID-19-nél (is). A Kawasakinál az itt tárgyaltak szerint előfordul, hogy a vaszkulitiszként (erek gyulladása) induló állapot az ereken kívüli szöveteket is érinti, és monociták, makrofágok, limfociták hatolnak be oda is — mindez COVID-19-nél is megeshet.
• Elém került Shi Zhengliék egyik 2010-es cikke. Különféle denevérfajok eltérő ACE2-es receptorainak esetében különböző fogékonyságot találtak a SARS-CoV vírussal való fertőzhetőségre. Már ez önmagában is nagyon jelentős, mert ez a review előtti cikk pl. embereknél is jelentős különbséget talált ebben a tekintetben az ACE2-es receptor eltérései alapján, már a SARS-CoV-2 vírus esetében.
• De még egy kicsit Shi Zhengliéknél maradva... Ezt csinálták pl.: "we extended our previous study to ACE2 molecules from seven additional bat species and tested their interactions with human SARS-CoV spike protein using both HIV-based pseudotype and live SARS-CoV infection assays." Itt egy "kicsit" meglepődtem. Szóval vették a HIV-vírust, és összekombinálták a SARS-CoV S-fehérjéjével. Én ezt saját, egyéni szaknyelvemen WTAF-eljárásnak nevezem. What. The. Actual. Fuck. Az ilyesmit rekombináns VSV-vel szokás csinálni...
• Pikáns vonatkozása az imént említett dolognak, hogy még január elején kikerült ez az azóta visszavont indiai tanulmány, ahol szerepelt pl. ez az állítás: "We found 4 insertions in the spike glycoprotein (S) which are unique to the 2019-nCoV and are not present in other coronaviruses. Importantly, amino acid residues in all the 4 inserts have identity or similarity to those in the HIV1 gp120 or HIV-1 Gag. Interestingly, despite the inserts being discontinuous on the primary amino acid sequence, 3D-modelling of the 2019-nCoV suggests that they converge to constitute the receptor binding site." Az érvelésben külön kifejtették, hogy "one may sporadically expect a fortuitous match for a stretch of 6-12 contiguous amino acid residues in an unrelated protein. However, it is unlikely that all 4 inserts in the 2019-nCoV spike glycoprotein fortuitously match with 2 key structural proteins of an unrelated virus (HIV-1)." Az "insertion" (beszúródás) szót itt úgy kell értelmezni a kontextusból adódóan, hogy az eredeti (2002-2003-as) SARS-CoV-hoz képest új szakaszokról van szó (amellyel ugyanakkor nagyon sok egyezés fennáll, értelemszerűen). Sok releváns kritika megjelent azóta erről a bombasztikusan ható tanulmányról, lásd például itt, ahol szerepel az ellen-állítás, miszerint az indiai kutatók által HIV-1-re és SARS-CoV-2-re specifikusnak nevezett aminosav-szekvenciák valójában előfordulnak más denevér-koronavírusoknál is. Egy kommentelő a biorxiv.org oldalon, ahol a review előtti indiai tanulmány megjelent, azt is szóvá teszi, hogy a HIV-1-es proteinjei felülreprezentáltak az NCBI adatbázisban, és így könnyebb ilyen grandiózusnak tűnő "egybeesésekbe" beleszaladni velük kapcsolatban.

2020.05.10.

• Egy (talán éppen magyar származású) amerikai virológus, Judy Mikovits terjeszt elképesztő dolgokat a járványról, például, hogy nincs vakcina egyetlen RNS-vírus ellen sem (virológus létére nagyon fura, hogy legalább a mezei influenzaoltás nem jut az eszébe). Vagy hogy „az arcmaszk aktiválja a vírus kifejeződését”. És hasonló nettó baromságokat. A hölgy korábban is nagy botrányokat kavart már a „munkásságával”. Pl. benne volt egy később visszavont tanulmányban, mely az XMRV egér-retrovírust okolta a krónikus fáradtság szindrómáért, és nem kis félelemhullámot indított el ezzel.
• Kicsit ijesztő beszámoló egy másik virológustól, Peter Piottól a betegségről, miután maga is átesett rajta, 71 évesen. Idézem: „Many people think COVID-19 kills 1% of patients, and the rest get away with some flulike symptoms. But the story gets more complicated. Many people will be left with chronic kidney and heart problems. Even their neural system is disrupted. There will be hundreds of thousands of people worldwide, possibly more, who will need treatments such as renal dialysis for the rest of their lives.”
• Svájci tanulmány a nem-gyógyászati intervenciós intézkedések + a svájciak magatartás-változásának hatásáról az R0 leszorításában 1 alá valamennyi kantonban.

2020.05.11.

• Nagyon fontas paper arról, miért fontos a járvány felszámolására (nem csak szinten tartására) törekedve csinálni a korlátozó intézkedéseket (és belefektetni a plusz munkát a tesztelésbe-kapcsolatkövetésbe). Exponenciális hanyatlás is elérhető ugyanis. A lényeg tulajdonképpen ez a képlet: Rc = R0 (1 - Cp)², ahol a hatványozódás abból adódik, hogy a potenciális transzmisszió két végpontján egyaránt jelentkezik kockázatot csökkentő hatás.
• Új vuhani eset. Antitest-vizsgálatot a lakótömb összes lakójának, és ha abból nem jön ki válasz, akkor jöhetnek a környéken élő macskák és rágcsálók is.
• Ez a könyv érdekes lehet, pláne olyan viágba előretekintve, ahol a szuverenitásmánia várhatóan nőni fog.
• Epikurosz beküldése ez is: az RT-LAMP eljárás a vírus-RNS kimutatására. Diagnosztizáláshoz most már elég sokféle módszer kezd rendelkezésre állni. Lehet korroborálni (párhuzamosan használni ezeket falsok kiszűrése végett), lehet költséget csökkenteni, és lehet a tesztelést nagyságrendileg növelni.
• Előrejelzés Olaszországra. Ha a lazításokkal a lockdown előtti szint 20%-ára tér csak vissza a mobilitás, már az is (hetekkel később) brutál hatáshoz vezethet halálozások tekintetében. Húsz szálék az nagyon optimista, ennél a mobilitás gyorsabban visszatérhet egy magas szintre. A szerzők mégis pesszimistának mondják magukat, mert lesz több tesztelés és kapcsolatkövetés, gondolják. Találós kérdés: ha Lombardiában, az ottani attack rate, azaz megbetegedési arány mellett ez várható, akkor... Magyarországon vajon mi?
• Ezzel együtt közben a kórház-kiürítéses intézkedéseket értelmetlennek nyilváníthatjuk. Rendelkeztek ugyanis arról, hogy a koronavírusos betegeket Budapestre kell szállítani. Akkor minek a vidéki kapacitásfelszabadítás? Oké, hogy egy nagy járványnál majd jól jöhet, de az hetekre lehet.
• Világ tobzoskái, közeledik az igazság órája. Kieg.: vagy mégsem? Itt van egy másik csapat tanulmánya, és ők ezt írják: " It is striking that two related lineages of CoVs are found in 123 pangolins and that both are also related to 2019-nCoV. This suggests that these animals may 124 be long-term reservoir hosts for these viruses, which is surprising as pangolins are solitary animals with relatively small population sizes, reflecting their endangered status". (Kiemelés tőlem.) Kieg.: utánanéztem, mekkora a relatíve kicsi populáció. A válasz az, egyfelől, hogy nem olyan kicsi. Itt említik, hogy 2019 áprilisában szingapúri vizeken sikerült elfogni Nigériából érkező tobzoskapikkely-szállítmányt kb. 72 ezer lemészárolt tobzoskától származó mennyiségben. A szállítmány nyilvánvalóan Kínába vagy kínai megrendelők részére indulhatott, mivel a kínai gyógyászat a pikkelyekből készült őrleményt természetesen "hasznosítja" (legalább a kereskedő számára van belőle haszon). Egy másik forrás szerint évente kb. 20 tonnányi tobzoskapikkelyt csempésznek, de ez durva alábecslésnek tűnik, mert 2017-ben pl. volt egy 11,9 tonnás fogás Shenzhenben novemberben és egy 23 tonnás valahol Kínában decemberben. Az utóbbi években tehát minden bizonnyal erősen 20 tonna fölé növekedett a kínai importkereslet, és a legtöbb forrás meg is jegyzi, hogy a kínai, fülöp-szigeteki és délkelet-ázsiai tobzoskapopulációkból alig maradt mára — a kereskedőknek nyilván más források után kellett nézniük, amihez jól jön az erősödő kínai jelenlét is Nyugat-Afrikában. 
• Járvány a Fehér Házban? Ha nagyon ráérek majd, írok egy ponyvát ezzel a címmel.
• Humán koronavírusról először készített felvételeket (1966-ban): June Almeida (portré). Élenjáró volt a negatív kontrasztosításos és később az immun-elekronmikroszkópos vizsgálatok terén. 
• Körülnéztem kicsit, hogy Kínából milyen antitest-vizsgálatos eredmények vannak. Ahol nem a járvány felszámolása előtt szórakoztatják az embereket ezekkel. "For instance, a study at Zhongnan Hospital in Wuhan, China, found that 2 per cent of 3600 staff there had antibodies to the virus. That is surprisingly low, given the scale of the outbreak in Wuhan and that hospital staff are probably more likely to get infected than the general population." Ebből én már nem kevesebbet látok szükségesnek kimondani, mint hogy rengeteg ilyen kutatás a nyugati országokban egészen egyszerűen felelőtlen kockáztatása az emberéleteknek effektíve valamilyen más érdek szolgálatában.
• Dél-Koreában is indult egy új kitörés. Amit a dél-koreaiak eddig nem csináltak: a mostani kitörés miatt leállították az Itaewon szórakozónegyed bulizós helyeit. A "Hammer and the Dance" c. sláger még sokáig ranglistás lesz, a "Dance" pedig nagyon hosszan elnyúlhat.

2020.05.12.

Egy érdekes cikk. Alább több pontban a tartalmából:

1. A névtelen szerző többek között a ZC45 és a ZXC21 koronavírusok közötti természetes eltérést mutatja előbb a szinoním/nem-szinoním (csendes/nem-csendes; kódolt aminosav-szekvenciát meg-nem-változtató/azt megváltoztató) pontmutációk természetes arányossága (5:1) alapján — majd ugyanennek a természetes arányosságnak a szabályszerűen eloszló meglétét hiányolja a SARS-CoV-2, illetve a járvány kezdete után annak lehetséges, 96,2%-ig azonos genommal rendelkező elődjeként leírt RaTG13 denevér-koronavírus között. Adalékul ehhez a tézishez: itt publikálta egy nagyrészt kínai csapat a ZC45-ös és ZXC21-es vírusokat mint leletet, 2018-ban (Zhejiang tartományből sikerült begyűjteni ezeket Shi Zhengli, a híres kínai denevérvírus-kutató pedig itt publikálta az RaTG13-ról említetteket, idén február 3-án megjelent cikkben. 
2. A SARS-CoV-2 pontmutációkat "tűrő", azaz a vírus számára evolúciós hátránnyal nem feltétlenül járó módon változékony E-fehérjéjében (E=envelope) a ZC45 és a ZXC21 vonatkozó aminosav-szekvenciáival fennálló teljes azonosságról közöl adatot a járvány elejéről (miközben az utóbbiak 2018-ban lettek feltöltve). És ehhez képest találja furcsának, hogy két hónappal később, azaz idén áprilisra már látszanak mutációk a SARS-CoV-2 E-fehérjéjében a ZC45-höz és a ZXC21-hez képest. (Kieg.: az E-fehérjének is van kritikus kötődoménje azért (PBM), szóval ennek a variálhatósága sem korlátlan egyébként.)
3. Ahová nem tudok a cikk szerzőjével tartani: szalad levonni a következtetést, hogy ez egy biológiaifegyver-programra utal a SARS-CoV-2 eredeteként. Az csak az emberi hülyeséggel együtt lenne lehetséges (a SARS-CoV-2 messze nem optimális biológiai fegyver ugyanis, mivelhogy bumerángként működik, azaz kéretlenül hazagyün). Persze az emberi hülyeséget nem lehet kizárni soha. De első körben a látottak lehetnek pl. jó szándékú kutatás, akár ilyen jellegű gain-of-function kutatás eredményei is. (Persze legelőször is jó lenne, ha egy virológus is ránézne minderre. Az forráskezelési szempontból nem jó jel (soha nem jó jel), hogy az idézett cikk szerzője névtelen, háttere pedig így bizonytalan — és az itt tárgyalt cikkel ez a helyzet.)
4. Kieg.: egyéb források közben ezt vették észre a kínai denevérvírus-adatbázisban. Az amerikai NCBI-adatbázisba idén, 2020. március 24-én feltöltött (és még január 27-én, a fentebb említett februári journal-publikációhoz benyújtott) RaTG13-ast azonosként említik a még 2016-ban csak részleges információval feltöltött, és jóval korábban, 2013 nyarán denevérektől begyűjtött BtCOV/4991 vírussal, amelynek a replikációhoz szükséges, az RNS-dependens RNS-polimerázt kódoló részét osztották csak meg anno. Ellenőriztem a dolgot: még fent van a kérdéses rekord a kínai adatbázisban. (Jut eszembe, a thread elején idézett cikk utalt is rá, hogy az RaTG13 2013-ból származik — ezek szerint így tudhatta ezt a szerző.)
5. Kieg.: korábban erre nem nagyon figyeltem, de a fentiek fényében igen érdekes, hogy a 2013-as RaTG13 és a 2019-ben felbukkant SARS-CoV-2 egyik alapvető különbsége (a magas egyezés mellett is) egy furin hasítási hely hiánya az előbbi esetében. Erre mondják lazán virológusok, hogy "á, hát az biztosan bele-rekombinálódott valamilyen más vírussal való találkozáskor". Ezzel együtt, még az előző előtti mondatban linkelt konzervatív elemzés is arra jut, hipotetikusan, hogy "Acquisition of the furin cleavage site might be viewed as a ‘gain of function’ that enabled a bat CoV to jump into humans and begin its current epidemic spread." A vírusok és a sejtek membránja közötti fúzió komplikált folyamatáról érdemes megnézni az alábbi videót, hogy egy ilyen hasítási hely szerepét értékelni tudjuk. A vírus szempontjából itt nem babra megy a játék. Ha valami ott rossz helyen lenne, irány az evolúciós temető. 
6. Kieg.: a furin hasítási hely jelentőségéről további adalékok itt, kiemelések tőlem: "Furin is a protease ubiquitously expressed in a variety of organs and tissues, including brain, lung, gastrointestinal tract, liver, pancreas and reproductive tissues. With the furin cleavage site on the S protein, 2019-nCoV probably gains ability to infect organs or tissues insensitive to other coronaviruses, leading to systematic infection of 2019-nCoV in the body. Even worse, the wide distribution of 2019-nCoV in a patient body may release the virus into the environment via more diverse ways, severely enhancing the transmission of 2019-nCoV." Hát, ez azért eléggé jelentőskének tűnik.

Más.

• Az afrikai sertéspestis-vírus (ASFV) a sertésállományt pusztítja pl. Indiában.
• Ez az ábra (a Financial Timesból) elég jól mutatja (logaritmikus jelleggel), hogy Oroszország és Brazília állnak különösen rosszul jelenleg. Azért közben Mexikóról és Indiáról is érdemes megemlékezni persze.

2020.05.13.

• A Koronavirus.gov.hu-n (2020.05.13.) ma szereplő adatok alapján az esethalálozási arány a lezárt esetek körében vidéken 16,18%-os, a fővárosban 34,83%-os. Szignifikanciatesztekkel inkább nem is fáradnék, jelentős különbség ez. Faktorok: légszennyezés? Az esetek kor szerinti megoszlása? Nozokomiális fertőzések fővárosi koncentrációja?
• Az acetilcisztein hasznosságáról (Dr. Seheult). Sőt, hasznosságairól, többes számban. Diszulfid kötések elvágása a tüdőnyáktól a von Willebrand-faktor-láncolatokig.
• Arról, hogyan oldják az utazási korlátozásokat Ázsiában, pl. Kínában. Tesztelés nélkül nem tennék, ez fontos tanulság lehet. Tesztelni legelőször is a saját lakosság egészsége érdekében fontos, de később a behurcolások megelőzése is fontos szempont lesz. Most azt az aspektust inkább nem kommentálnám, hogy az üzletember-utazások jelentik láthatóan a prioritást.
• A Washington állambeli kórusklaszterről részletesen, a CDC-től. Összesen 89,7%-os megbetegedési arányt énekeltek össze.
• Angliában egy szociopata embert ölt fertőzöttként azzal, hogy leköpött egy kalauzt, és rá is köhögött. Jogilag ez nyilván értelmezhetetlen, de erre mondanám, hogy 50%-ig szándékos veszélyeztetés, 40%-ban gyilkosság, 10%-ban terrorizmus.
• Szezonális átlagot meghaladó halálozás Latin-Amerikában, adatok. Mindenhol a különbözet felét veszem figyelembe. Lima, Peru: 1550; Manaus, Brazília (itt a múltkor temetések alapján (2435-871)/2 volt, most regisztrált halálesetek alapján (2800-1000)/2-re módosul, az 1000 ebből konzervatív számítási taktika; így akkor: +964-782=+182. G.a.h.: 52056+1732+n=53788+n. Egyéb súlyos részletek is a cikkben, pl. a manausi őshonos törzsbeli férfi esete, akinek a közösség próbálta összedobni a pénzt taxira, de mire sikerült, ő meghalt.
• Wuhan, második forduló.
• Dmitrij Peszkov orosz elnöki szóvívő kórházban. Olga Ljubimova kulturális miniszter is fertőzött.
• Intenzív osztályi tűzben, mely a lélegeztetőgépek csúcsra járatása miatt keletkezett alapvetően, öt koronavírusos beteg halt meg Pétervárott. G.a.h.: 53793+n.
• Az Itaewon-klaszter Dél-Koreában. A koreaiaktól megszokott villámgyors kapcsolatkövető elemzést ezúttal az lassította, hogy az érintett szórakozóhelyek jelentős LGBT-közönséget szolgálnak ki, és itt ezért, az anonimitás érdekében hamisították a vendégkörről gyűjtött adatokat. Anno a Shincheonji egyházat kényszerítették a tagsági információk kiadására; most rugalmasabb válasz született, és elérhetővé válik az anonim tesztelés. Kieg.: itt ez a cikk is, egy "epic pub crawl" lehet a klaszter kialakulásának forrása, egy 29 éves férfi szuperterjesztővel.

2020.05.14.

• A legionáriusbetegség probléma lehet a home office után újra használatba vett épületekben, ahol előtte pangás volt, a vezetékekben álló vizekkel, ahol a Legionella baktérium tenyészhet.
• A vérrögök problémájáról. Kép a most már jellegzetesnek mondható "COVID toes" jelenségről indításnak, aztán holland adatok, miszerint 184 páciensből 31%-nál következtek be trombotikus események.
• Tanulmány a Lancetben, UNICEF-es háttérrel. Optimista projekciója, hogy az aktuális eü. válság miatt 253500 főnyi addicionális gyermekhalálozásra és 12200 anya addicionális elhalálozására lehet számítani globálisan.
• Adatok az esethalálozás kor szerinti megoszlásáról hat országban. 49 éves korig nem túl nagy a szórás, utána viszont 50-59 év között 0,2-től 2%-ig terjed (utóbbi az arány az olaszoknál és a svédeknél ebben a korcsoportban). 60-69: 1,1-től 7,1%-ig; 70-79: 4-től 19,8-ig; 80 év felett: 13,5-től 27,7%-ig. Az alsó adatok izraeliek végig.
• Egy tanulmány arról, hogy a "fennsíkra ért görbéjű" (static-phase), azaz 0 feletti szinten folyamatosan hasonló új napi esetszámokat jelentő országokban, amilyen az USA vagy az Egyesült Királyság, alighanem elmarad a tesztelés a kívánatos szinttől, és sok a felderítetlen esetük. Ez viszonylag magától értetődő. Én rögtön kis hazánkra gondoltam, hogy vajon mi mik lehetünk. Egyik nap 50 eset, rákövetkező nap 28, 29, aztán megint 40-hez közelebb. Mi ez? Zsiráf vagy elefánt? Hát, nem lettem okosabb. A tanulmány az "uncertain" kategóriában helyez el minket. A szerzővel együtt érzek.
• Guido Silvestri olasz-amerikai virológus optimista a második hullámmal kapcsolatban: "Ha valaki légzési nehézséggel jelentkezik majd, és pozitív lesz a tesztje, rögtön antivirális kezelést kap". Igazából nem vagyok ebben én olyan biztos, pedig valójában még korábban, rögtön a nem-specifikus tünetek jelentkezésétől lenne a leghatékonyabb adni ezeket a szereket a vírusreplikáció akadályozására, vagyis a kapcsolatkövető munkának és a logikus következtetésnek nagy szerepe kellene, hogy legyen a CFR csökkentésében.
• Brazil tanulmány (h/t Epikurosz) a szezonálisat meghaladó halálozásról ott. Extra gondos, mert a korábbi halálozási adatokat a szaporulattal módosult népességre vetítve nézi, úgy veti össze az idei képpel. Porto Alegre megúszta, de a többi jelentős városban (Manaus, Fortaleza, Rio, San Paolo, Recife) mindenütt jelentős a halálesetek száma, és a felderítési arány összességében kb. 52%-os. Ezek szerint a jelenlegi 13240 haláleset helyett lehet kb. 25461 haláleset (azaz +12221). Ebből én Manaus kapcsán 964-et már figyelembe vettem, így a vége +11257. G.a.h. így: +65045+n.
• MTA-s kutatás a koronavírus hatásáról az agyban.
• A száj előtt áttetsző maszkok, hogy szájról olvasni tudó süketek emberekkel is lehessen kommunikálni.
• Nyolcéves gyermek esete, akit, miután (antitestjei vannak) átesett a fertőzésen, szívmegállás ért, de a testvére közbelépésével sikerült megmenteni az életét.

2020.05.15.

Holnaptól új bejegyzés! Közben pedig először is a május 12-én írtak korroborálását is folytatom. Íme, egy cikk. Van benne hasznos táblázat jó pár számunkra érdekes koronavírus hasonlóságáról. Nukleotid- és aminosav-szekvenciák.

Mint látható, a már emlegetett E-fehérjénél ott a 100 százalékos egyezés a ZX45, a ZXC21 és a (SARS-CoV-2-höz már nagyon közel eső) RaTG13 között. Az RaTG13-at tehát 2013-ban gyűjtötték be Jünnan tartományban, a ZX45-öt és a ZXC21-et 2018-ban. Ez az azonosság így éveket ível át, illetve néhány ezer km távolságot Jünnan (Yunnan) és Csöcsiang (Zhejiang) tartományok között, ami azért elég érdekes...

Evolúciós szempontból viszont logikus, hogy a tobzoska-koronavírusok és az RaTG13 (illetve a SARS-CoV-2) hasonlósága relatíve nagy,  már ha tényleg a tobzoska a köztes gazda (dacára annak, mennyire megfogyatkozott a populációja Ázsiában a kínai fogyasztás miatt), és ezt egyszer netán egy nem-kínai tanulmány is meggyőzően kimutatja. A táblázatból mindenesetre ez az elvárható, relatíve nagyobb hasonlóság látszik. Az is "rendben" van, hogy az aminosav-szekvenciák egyezése a nukleotidszekvenciákat tekintve különbségek mellett van jelen. 

Ezek után látjuk az alábbi mutációkat a korábban megegyező szakaszon, lásd alább. Kérdés, hogy ez most azért van-e csupán, mert az emberek közötti terjedés során sokkal komolyabb szelekciós hatásoknak van kitéve a vírus, mint ártatlan tobzoskák között...? Ez ellen szól, hogy szelekciós szempontból nem az E-protein változékonysága tűnik igazán jelentősnek a vírus szempontjából... Vagy egyszerűen a nagy számok törvénye érvényesül, és mivel az emberi populációban a korábbiakhoz képest nagyságrendekkel jelentősebb terjedés megy végbe, ezért látunk nagyobb változatosságot?

Viszont relatíve kis genetikai változás mellett hogyan ficcent be közben a monumentális jelentőségűnek tűnő furin hasítási hely az S-fehérje esetében? Jackpot a vírus szempontjából? Nézzük kicsit részletesebben.

Még ez az élből a vírus szintetikus jellege ellen érvelő tanulmány is megjegyzi, hogy "Experiments with SARS-CoV have shown that insertion of a furin cleavage site at the S1–S2 junction enhances cell–cell fusion without affecting viral entry. In addition, efficient cleavage of the MERS-CoV spike enables MERS-like coronaviruses from bats to infect human cells. In avian influenza viruses, rapid replication and transmission in highly dense chicken populations selects for the acquisition of polybasic cleavage sites in the hemagglutinin (HA) protein, which serves a function similar to that of the coronavirus spike protein. Acquisition of polybasic cleavage sites in HA, by insertion or recombination, converts low-pathogenicity avian influenza viruses into highly pathogenic forms." Leírja továbbá, hogy "Neither the bat betacoronaviruses nor the pangolin betacoronaviruses sampled thus far have polybasic cleavage sites". Erre reagálva — tudományos érvelésben kicsit szokatlan módon, bár nem életszerűtlenül — azt is mondja egy másik ponton, hogy "it is likely that SARS-CoV-2-like viruses with partial or full polybasic cleavage sites will be discovered in other species", noha egy harmadik ponton az influenza analógiája kapcsán azt is leírja, hogy "The acquisition of polybasic cleavage sites by HA has also been observed after repeated passage in cell culture or through animals". Összegezve, azt írja tehát, hogy: 1) nincs más, hasonló koronavírus eddig; 2) de majd felfedeznek ilyeneket; 3) bár a természetben, vagy éppen in vitro is történhetett az a bizonyos "beficcenés".

Egyebek:

• Az emberi hülyeség mint történelemformáló erő. Dr. Mitchell Katz, a New York-i közkórházakért felelős vezető New York polgármesterének a korlátozó intézkedések kerülését javasolta márciusban. Katz is a nyájimmunitás félreértelmezett fogalmára hivatkozott az ügyben. És egy ponton hozzátette: "Italy is having a terrible problem that I do not believe we will have". Ennyike.
• Ha már az emberi hülyeségnél tartunk, íme, az alábbi Trump-támogató egyed betegségének története (azóta elvileg jobban van már). Két hónapon át nyűglődött a kis náthájával, végül még meg is rémült egy kicsit, amikor a vérrögök miatti komplikációk jelentkeztek nála.

• Vannak dolgok, amiket nem értek. Nálunk volt tegnap 39 új eset, ma lett 37 új (mármint tesztelve és laboratóriumilag megerősítve). Dél-Koreában ennél kevesebb új eset mellett azonnal komoly intézkedéseket hoztak a napokban, és tesztelni kezdtek ezerrel. Nálunk Müller Cecília azt mondja, hogy "nyugvó szakaszba" érkeztünk a járvánnyal. Jut eszembe: Dél-Koreában az esethalálozási arány 2,35%-os, Magyarországon 12,93%-os. Ha a különbséget kizárólag felderítési teljesítményként magyarázom (vagyis nem gondolom, hogy nálunk pl. ennyivel halálosabb SARS-CoV-2-variáns terjed), és Dél-Koreát veszem abszolút benchmarknak, akkor nálunk a mai napig 18936 esetet kellett volna találnunk mostanra. Én nagyon fogok örülni, ha láthatóvá válik, hogy a járvány nyugovóra tér, de az adatok egy kicsit zavarnak még ebben, és nem tudom, mit gondoljak.
• A koronavírusos eseteink jelentős kórházi koncentrációjáról szóló adatok szivárogtak ki, és Karácsony Gergely főpolgármester itt osztotta meg ezeket. A Portfolio.hu cikkéből. 
• Epidemiológiailag szignifikáns adatok arról, hogy egy wisconsini lockdown-ellenes tüntetésen fertőződhettek meg legalább hetvenketten.
• Az afrikai országok jelentős részének alig vannak kapacitásai, hogy egyáltalán a képet összerakják a járványról. Tanzániában, úgy tűnik, baj lesz. Hivatalosan 509 eset és 21 halott van, az amerikai követség viszont már otthon-maradásra inti alkalmazottait, és túlterhelt kórházakról, valamint országszerte a járvány exponenciális növekedéséről beszél egy közleményben.
• Nobel-díjjal is lehet óriási baromságokat mondani. Michael Levitt (Stanford — ahol a Ioannidis-féle kritikán alulian shitty science is megszülethetett) még februárban "megjósolta", hogy a kínai járványnak két hónapon belül vége lesz, mert "kiég". Amivel már akkor beégett volna, csak aztán a Kínai Kommunista Párt nekiugrott, és egy távolról sem természetes folyamat részeként (embereket konkrétan ráccsal bezárva a lakásukba, és egyebek) véget vetett az ottani járvány nagy részének ennyi idő alatt. Namármost a kiégés, meg egy hegynek a tábortűzre omlasztása között azért van némi különbség, ezt ugye Nobel-díj nélkül is meg lehet mondani. Levittet ez nem zavarta abban, hogy Írországban a járvány kiégését jelezze előre két héten belülre május 10-én, a korábbi modellje alapján. Nézzük akkor az ír adatokat: május 12.: 107 új eset. Május 13.: 159 új eset. Május 14.: 426 új eset. Akkor tehát még egyszer rögzíteném: Nobel-díjjal is lehet ékes baromságokat mondani. A jó következtetés nem autoritásból fakad.

Május 16-tól új bejegyzés kezdődött.