Előzmények (korábbi kutatási jegyzeteim a témában):

• 2020. január 28-tól 2020. február 23-ig;
• február 24-től március 6-ig;
• március 7-től március 21-ig;
• március 22-től április 3-ig;
• április 3-től 14-ig;
• április 15-től 25-ig;
• április 26-tól május 15-ig;
• május 16-tól június 1-ig;
• június 1-től június 14-ig;
• június 15-től június 30-ig;
• július 1-től július 20-ig;
• július 21-től augusztus 31-ig;
• szeptember 1-től szeptember 27-ig,
• szeptember 28-tól október 25-ig,
• október 26-tól november 22-ig;
• 2020. november 23-tól 2021. január 8-ig;
• 2021. január 9-től február 7-ig,
• 2021. március 15-től április 5-ig,
• 2021. április 6-tól április 25-ig;
• 2021. április 26-tól május 16-ig;
• 2021. május 17-től június 13-ig.

A járványnak annyira vége van, hogy Peruban, ahol eddig a teljes népesség 0,56%-a hunyt el a járvány miatt, szombaton 343-an haltak meg a COVID miatt. Úgyhogy nincs itt semmi látnivaló, és erről van itt szó az alábbiakban részletesebben is, továbbra is folyamatosan frissülő jelleggel.

2021.06.14-2021.06.20.

• Egyesült Királyság, delta variáns, adatok június 7-ig. 33206 eset (19573 vakcinálatlan, 1785 teljesen átoltott). Van 4289 "unlinked", ami leginkább "unexplained" (ha rájövök, mit jelent, leírom). 1234 járt kórházban. 383 hospitalizáció — utóbbiak közül 251 vakcinálatlan, 42 teljesen átoltott. 42 haláleset, ebből 23 vakcinálatlan, 12 teljesen átoltott.
• Ha sorozatként nézem, hogy "19573/1785; 251/42; 23/12" = az olvadó előny azt sugallja, hogy a súlyos lefolyás és a halálesetek minden bizonnyal olyan demográfiai csoportokat érintettek, akiknél az oltás kevésbé volt hatásos (kor vagy krónikus kondíciók, immunállapot stb. miatt).
• Matt Hancockkal az élen a brit eü. kormányzat is a bagatellizálással van elfoglalva.
• A G7 próbál eljutni egymilliárd dózis felajánlásáig. Bidenék 500 millióval rukkolnak elő. A pledge persze, ha betartják, úgy jó.
• Lesznek-e a válságnak hatásai a globális beszállítói láncokra? Vannak. A Bosch indítja a termelését Drezdában, félvezetők, mikrochipek az autóipar számára, az ázsiai beszállítók kiváltására.
• Kinshasa, DRC Kongó: rossz a helyzet.
• Feltérképezték az emberi genom utolsó hiányzó szakaszait is, megvan, telomértől telomérig, a centroméren által. Ember: 3 mrd bázispár vs. SARS-COV-2: 30 ezer bázis.
• Here we go again. Atomerőmű, Kína, kínai hatóságok szerint nincs gond, francia vállalat szerint igen, az Egyesült Államok Nemzetbiztonsági Tanácsa pedig több ülést is tartott a tárgyban.
• India, Telangana állam, az elmúlt egy évben a hivatalos COVID-halálozásnál tízszer nagyobb általános halálozástöbblet.
• Horror: ez az Autumn nevű hölgy ideiglenesen elvesztette a hallását (már visszatért), majd most elveszíti a végtagjait a COVID és vérrögös szövődményei miatt. Ún. koalaprotézisekre vár a karjai helyett.
• Feljegyzés magamnak: külön megér majd egy vakcinadiplomáciai tanulmányt, hogy milyen nagylelkűen osztják különféle országok az AZ és J/J dózisokat segélyként (ha már otthon nem lőhetik el).
• Oroszország, pl. Moszkva: újabb hullám indult, alacsony az átoltottság és a vakcinákba vetett bizalom.
• Indonézia: nekik is hullámuk van.
• Ugandában sem jó a helyzet. (Kongó, Uganda: ezek azok a helyek, ahol a hivatalos számok konkrétan nagyságrenddel maradhatnak el a tényleges helyzettől.)
• Indiai variáns ide vagy oda, egyelőre Guangzhouban majdnem teljesen el tudták fojtani a kitörést.
• CD16+ T-sejtek toxikus aktivitása súlyos COVID-nál; az immunrendszernek ez az eleme is diszfunkcionális. Citotoxicitás, neutrofil seregek behívása, mikrovaszkuláris endothelium csúnya károsodása a tüdőben.
• Indiában napi hatvanezres esetszám nyomában újranyitás történik éppen. Csak nézek. A politikusok félelmetes újranormalizálók (pszichológiai kifejezéssel élve). A kis hullahegyek nekik már nem is olyan nagyok, a korábbiakhoz képest alig láthatók.
• Shi Zhengli: én nem funkciófokozó kutatásokat csináltam. Hanem egyik fajról a másikra ugró vírusok érdekeltek. Ezt. Így. Konkrétan. Elmondja. Persze nem pont ezekkel a szavakkal, parafrazeáltam. Én meg jelezném, hogy rugózhatunk itt a szavak jelentésén ("funkciófokozás", "funkciónyerés"), de ami történt... it is what it is.
• Allahabad, India. Informális temetkezés folyómederben (lásd alább a képen), ami máskor is van, csak most sokkal több. (A BBC az indiai járványhelyzet alulméréséről, a terepen.) Egyben az is látható (Kusalija faluból), hogy a helyi orvosi rendelő és ellátóhely (Primary Health Care Centre) papíron létezik, amúgy meg egy romhalmaz ember nélkül.

• A szaglásvesztés a delta variánsnál a korábbiakhoz képest ritkábban előforduló tünet lehet.
• Magyarország: 76 ezren váltak biztosítatlanná járulék hat hónapon túli be nem fizetése miatt. Welcome to the wonderful world of "orvosi okokból kialakuló vagy súlyosbodó szegénység", "egészségügyi okokhoz kötődő eladósodás" stb.
• COVID-körmök? Ritka jelenség, de érdekes. (Fotó a cikkben.)
• Cornwall, sok fertőzött. Offisölz: á, ez nem a G7-csúcs miatt alakult így, azóta nem telt el elég idő. Én: egy csúcs rendezéséhez sok embernek kell összejönnie már előre, úgyhogy...
• Delta Plus De Luxe. Állítólag a mAb-koktéloknak (Casirivimab, Imdevimab) jobban ellenáll. K417N az egyik változás a tüskében.
• Indiában 730 orvos halt meg a legutóbbi hullám során.
• A delta variáns hatékonyan promótálja a fekete funguszt, mert Ománban is vannak már esetek. 
• A delta emelkedőben Németországban, látványosan.
• Erről lemaradtam: a US CDC csak június 15-én nyilvánította variant of concernnek a deltát (a UK PHE már június 7-én, a WHO június 11-én).
• UEFA. Lazább beutazást akarnak Angliába, vagy olyan helyre szervezni az EB-döntőt, ahol olcsóbb az élet. Budapestre.
• A szerbeknél elégedetlenek a 60 év felettiek Sinopharm általi védelmével, általában is a Sinopharmot találták a leggyengébben hatásos vakcinának, és újraoltanak augusztustól. Emlékeztetőül: a nemzethy járványvédelmi terv az, hogy 2023-tól (az akkori variánsok ellen) majd ennek a licenszben gyártott változata fog védeni minket. 
• Tajvanon egy hónappal ez előtt volt 15 halottja a járványnak. Azóta volt +500.
• Indiában vészhelyzeti jóváhagyása várható egy DNS-vakcinának (ZyCoV-D). Augusztustól decemberig jelenlegi kapacitásaikkal 5 crore (azaz 5x10 millió) dózist tudnak előállítani.
• Anthony Fauci a science-fiction nagy rajongója. Ezt mondja az antivirális tabletták jövőbeli alkalmazásáról: ""I wake up in the morning, I don't feel very well, my sense of smell and taste go away, I get a sore throat," Dr. Fauci said in an interview. "I call up my doctor and I say, 'I have COVID and I need a prescription.'" Ühüm. Kihagyta, hogy a doktor megkérdezi, ismerek-e konkrétan delta variánsos fertőzöttet, jártam-e mostanában Allahabadban stb. Kihagyta, hogy előbb teszteltetni is kell, ami persze rám lesz bízva, meg a piac kapacitásaira.
• Megnézték a svájci denevérek virómáját, és még MERS-hez 86%-ban hasonló koronavírust is sikerült szekvenálni a levesből (GenBank acc. number MT818221). Messzire repülő, sokáig (akár 40 évig) élő denevérek, milliós kolóniákban, van ott sok minden.
• Horror. 49 éves brit férfi, tavaly márciusban fertőződött. A COVID tönkrevágta a tüdejét és a veséjét. Az idei év elejéig lélegeztetni kellett. A gyomra is tönkrement, és intravénás táplálást is kapott hosszasan. Idén már teán és levesen tudott élni. De nem sokkal ez előtt elkezdte visszatérő jelleggel eszméletét veszteni. És most meghalt.

2021.06.21-27.

• Dolgok, amiket nem gondoltam volna XXVII. Sok labor az antitest-tesztet eleve a nukleokapszidot kötő antitestekre csinálja. Amikből kevesebb van, ha van egyáltalán. Így egy csomó negatív eredmény feleslegesen szült aggodalmat.
• A BBC-től egy összegzés arról, melyik vakcinát hány országban használják (nem ellenőriztem, de nagyjából nézve érdekes):

• We have a situation. Ha a kínai Állambiztonsági Minisztérium elhárításának vezetője (Dong Jingwei) defektált, az elég komoly. Ha van információja a WIV-ről konkrétan, ha nincs, ennél egy kicsivel nagyobb a tét.
• (H/t Epikurosz:) a SARS-CoV-2-fertőzés egyik vírust védő mechanizmusa lehet, hogy a vírustüske (csak úgy, magában) extracelluláris vezikulumok részeként kikerül a sejtfelszínre, lényegében mint csali, hogy lekösse az anti-spike antitesteket.
• Problémák a berakodással Shenzhenben, ahol a B.1.1.7-es indult el egy körre.
• 92,8%-os hatásosság a kubai Abdala vakcinánál. Eleve háromdózisos rezsim, just sayin'.
• A delta piaci részesedése emelkedőben most már egész Európában. Görbék. A briteknél és az oroszoknál (valamennyire már Portugáliában is) a görbe inflexiója is látható, ahogyan a részesedés kimaxolódik a 100%-os szinthez közeledve.

• Brit adatok a delta impaktjáról június 14-ig: 35521 oltatlan fertőzött vs. 4087 teljesen oltott fertőzött; 1446 oltatlan, kórházat felkeresett személy vs. 173 teljesen oltott, kórházat felkeresett; 527 oltatlan hospitalizált vs. 135 teljesen oltott hospitalizált; 34 oltatlan elhunyt vs. 26 teljesen oltott elhunyt. (Vakcináció állása: 31 millió teljesen átoltott a 66,5 millióból.)
• COVID-áldozatok történetei idehaza (Direkt36).
• Francia fertőzöttek a budapesti EB-meccsen. Magyar család, akivel kapcsolatban voltak... védett(ségi igazolványuk van). A gyereküknek nem, ő karanténozódik. A szülők nem. NETTÓ DILETTANTIZMUS.
• Akadozás malájziai gyárak termelésében a járvány miatt, érintett például az Audi. Ugyanitt további háttér a mikrochip-ipari átrendeződéshez Tajvantól Németországig: Kína mellett a februári texasi fagy, márciusban japán gyártűz (Renesas) is hozzájárultak a folyamathoz (és zavarokhoz a beszállításban az autóipar számára).
• Vakcinasegélyezés, bármilyen segélyezés... A pledge (ígért összeg, mennyiség stb.) ritkán érkezik meg 100%-ban, és pláne nem azonnal.
• További bizonyíték arról, hogy Indiában ultrakonzervatívan is kétszerezni kell a hivatalos járványhalálozást (Bihar államból). Kieg.: és ugyanilyen bizonyíték Karnatakából, Asszamból, Mádhja Pradésből, valamint Keralából. A kétszerezés annyira ultrakonzervatív, hogy most már a háromszorozást tartom konzervatívan követendőnek (a hónap végén update-elek).
• Belgiumban mindenki számára megtekinthető CO₂-mérőket kell alkalmazni minden szállodában, étteremben, vendéglátóipari egységben — a cél a megfelelő szellőztetés kikényszerítése. Bölcs!
• CSAK ÓVATOSAN. Ez a kép azt mutatja, mennyi vérrögöt távolítottak el egy COVID-beteg tüdejéből. Hardcore shit, ahogy a költő mondja. A kép "talán" segíthet érthetővé tenni, miért nem kap levegőt rendesen egy beteg.
• Ebből az NYT-cikkből nem az az igazán figyelemre méltó, hogy Chilében, Mongóliában, Seychelles-en és Bahreinben sok a fertőzött, mert ennek komplex okai vannak (nem önmagukban és 100%-ig a kínai vakcinák). Ámde: "A representative from Sinopharm hung up the phone when reached for comment. Sinovac did not respond to a request for comment." És ez a hozzáállás súlyos. És erre a hozzáállásra bízták rá sok-sok magyar ember életét.
• Egy érdekes preprint a Wuhanban a járvány elején szekvenált vírusokról. Még át kell néznem jobban, hogy lássam, hogyan módosítja az elemzésem baseline-ját. Kieg.: na szóval. A wuhani progenitor vírusszekvencia azonosításában zavar van. A decemberi, Huanan piaci szekvencia összességében (három mutációval) távolabb esik az RaTG-13-as, az RmYN02-es és az RmYN06-os által megvonható referenciaponttól, mint a később szekvenált genomok. A preprint szerzője (Jesse D. Bloom) viszont előásott kínai laborok által (valószínűleg nem rosszhiszeműen, de nem is jóhiszemű pártutasításra) az amerikai NIH Sequence Read Archive-jából töröltetett szekvenciákat, és ezekkel Wuhan is tovább fixálódik mint eredetpont, és a progenitor is jobban kirajzolódik.
• Fertőzésgócok Izraelben is, de itt is attenuálódott hospitalizációs görbével jelen állás szerint.

2021.06.28-07.04.

• Fontos adatok az Egyesült Államokból. Május: 853000+ kórházi kezelést igénylő fertőzés, ebből 1200 volt csak teljesen átoltva. 18 ezer elhunytból 150 volt teljesen átoltott személy. Az oltások működnek, és már eddig is nagyon sok életet megmentettek. 
• Kis érdekesség: az ember öt liternyi aeroszolos levest lélegzik be percenként nyugalmi állapotban, de edzés közben a mennyiség lehet ennek a tizenkétszerese is.
• Ausztrália is kínlódik a delta szétterjedésével.
• Szuperterjesztés Mallorcán is. Jön a negyedik hullám.
• Víruseredet. Zeynep Tufekci áttekintése az NYT-ban, egy számomra új és nem kicsit fontos részlettel. A Wuhan CDC laborja konkrétan 2019 decemberre költözött a Huanan piactól 150 méterre lévő épületbe denevéreket kutatgatni. Vagyis a pandémia kb. akkor indult, amikor ők éppen becuccoltak oda. És ilyen körülmények között tudjuk, hogy maga Shi Zengli is (és mások is) nyíltan hirdették, hogy nem kell a laborbiztonságot túlparázni — még 2019 előtt.
• Astrára Pfizert? Hatásosabb lehet, mint két Astrát kapni.
• Észak-Koreában a helyzet változóban...
• A Videoton dolgozóit tesztelték, és az eredmények olyanok, hogy Rusvai Miklós is a harmadik dózist javasolja negyedik hullám ellen a Sinopharm idősebbeknél gyenge adatai miatt.
• Naná, hogy Peru újabb hullámát új variáns okozta. Itt a Lambda. Április óta az esetek 82%-ának hátterében. Olyan helyen, ahol nagyon sokan fertőződtek már előtte is. Minden bizonnyal van immunszökő képessége. A lambda mutációi, sok korábbi mellett: "G75V, T76I, L452Q, F490S, D614G, and T859N" + egy igen komoly törlődés: Δ246-252.
• Kanadában kutatók mostanra kiszámolták, hogy volt legalább 6000 extra COVID-halálesetük csak tavaly februártól novemberig. Mondjuk ezt akkor is tudhatták volna, ha olvassák ezt a blogot, de így legalább metodológiai trianguláció is történt az ügyben.
• Indonéziában is alulszámolják a járványhalálozást, és ehhez a COVID-halálesetek definíciójával is játszanak. A Jakarta Post ezért emlékeztet a WHO-féle kritériumokra: "According to the WHO, a COVID-19 death is defined for monitoring purposes as a death resulting from a clinically compatible illness in a probable or confirmed COVID-19 case unless there is a clear alternative cause of death that cannot be related to COVID-19, for example, trauma. There should be no period of complete recovery from COVID-19 between the illness and death. A death due to COVID-19 may not be attributed to another disease, such as cancer, and should be counted independently of preexisting conditions that are suspected of triggering a severe course of COVID-19." Be-vastagbetűztem a lényeges részt, amit itthon is el szoktak felejteni, amikor azt hantázzák, hogy a járványhalálozás nálunk csak fertőzött, de más miatt meghalt embereket is számol. Ott a kórkép, de politikuskánk úgy csinál, mintha nem lenne ott. A valószínűt pedig nem számolja, mert neki csak a PCR révén tutira megerősített okozatiság lehet elég jó. Akkor is, ha a CT 90%-ban lerobbant tüdőt mutat, D-dimer a plafonon stb.
• 26-ból 10 indonéz orvos, aki ebben a hónapban hunyt el COVID-ban, kapott két Sinovac-oltást. A többi 16 adatai állítólag még feldolgozás alatt. Az elmúlt öt hónapban már legalább 20 indonéz orvos vesztette életét Sinovac-oltottan. Az indonéz egészségügyben a legtöbben Sinovacot kaptak, úgyhogy idővel biztosan sikerül ennél több esetet is azonosítani.
• Háromezerből háromszáz finn szurker tért vissza fertőzötten Szentpétervárról a június 21-i meccs után. 
• Addicionális halálozások június végi állás szerint. India: 399475x2-95639-234071-5404=463836. Koszovó: 2262-2248=14. G.a.h.: +2170746+38+857+n.
• Indiában az idei járványhullám alatt 40845 mukormikózisos esetet jelentettek, ebből 85,5% kimutatott COVID-betegeknél, 3129-en haltak meg mukormikózis miatt. Csak 64,11%-nak volt előzetes komorbiditásként diabétesze (26187 fő). 31444 főnél (70%) a fertőzés ROCM formában jelentkezett (Rhino-Orbital-Cerebral Mucormycosis). Csak 21523 fő (52.69%) kapott szteroidokat, a probléma tehát nem köthető kizárólagosan sem a kezeléshez, sem az előzetes diabéteszhez. Kor szerinti eloszlás: "13 083 patients were
  in the age group 18-45 (32%), 17 464 were in the age group 45-60 (42%), while 10 082 (24%) patients were 60+ years of age". (Az adatok forrása: Indian Council of Medical Research.)
• Így különbözik (július eleji állás szerint) a nem-trumpista vs. a trumpista államok átoltottsága az Egyesült Államokban, miközben terjed szét a delta. Hashtag: the political determinants of health.

• Vietnamban a helyzet romlik. Hashtag: Delta vs. a jól teljesítők.
• Biden is egy ünnepelni vágyó politikus. Hashtag: Delta vs. politikusagy.
• Seychelles-en hat teljesen átoltott ember halt meg eddig COVID-ban (népességarányosan ez rosszabb, mint a magyarországi mutató). Ebből öten Covishielddel, egy fő Sinopharmmal volt átoltva.
• Klassz áttekintés a Nature-ben a virológia közelmúltbeli fejleményeiről az óriás vírusoktól az óceáni virómán át a ZTCG nukleotidkészlettel kódolt bakteriofágokig és a rendszertan nehezen áttekinthető fejlődéséig. 2020-ban az International Committee on the Taxonomy of Viruses (ICTV) 1044 új vírusfajtát vett regiszterbe. Jelenleg összesen van 9110 jegyezve — a regiszter bővülése exponenciális.
• Feljegyzés hazánkból: tegnap újra maszk nélkül utaztak a zemberek a metrón, egyikük arcon is köhögött. Hiányzott mán a civilizácijó.
• Közben a perui lambda variáns már 27 országban kimutatva, köztük pl. Nagy-Britanniában is.

A folytatás innentől ebben az új bejegyzésben következik majd, mert a látottak és az aktuális helyzet egy alapvető stratégiai kérdést vetnek fel.