Előzmények (korábbi kutatási jegyzeteim a témában):

• január 28-tól február 23-ig;
• február 24-től március 6-ig;
• március 7-től március 21-ig;
• március 22-től április 3-ig (a kommentek között is hasznos dolgok);
• április 3-től 14-ig (a kommentek között is hasznos dolgok);
• április 15-től 25-ig (kommentekkel);
• április 26-tól május 15-ig (kommentekkel);
• május 16-tól június 1-ig (kommentekkel).

2020.06.02.

• Tüdőátültetés koronavírusra pozitív betegnél, aki már hosszabb ideje ecmós/műtüdős kezelésen volt, magyar orvos csinálta, Lang György, de Klagenfurtban Bécsben, amúgy a világon először (víruspozitív betegnél). Erről a műtétről remélem, hamarosan részletesen is olvashatunk. Gratulálunk!
• John Oliver — a voting-by-mail és általában a szavazás kihívásairól, koronavírus idején. Az az igazság, hogy JO vicces, mint általában, de itt az elemzés nem tökéletes. A csalások lehetőségét pl. egyének szempontjából nézi, miközben az ilyesmi szervezett politikai bűnözés részeként valósulhat meg elsősorban.
• Arról, hogyan "épül föl" egy "látványos" gazdasági mentőcsomag.
• A Twin Cities Riots kapcsán komolyan elszabadulóban az őrület. Sok az erőszakos eset, erőszakos rendőrök, erőszakos tüntetők, erőszakos ellentüntetők mind vannak, és persze az interneten is mindenki mindent megtesz az aktivizmus jegyében, ami elképzelhető, a milíciaszcénára épülő szélsőjobbtól a szélsőbal Antifáig. A karanténból eleve frusztráltan, sok esetben állástalanul kitörni készülő embereket sikerült jól felhergelni, a minneapolisi rendőrök lángra lobbantották a parázsló tüzet. Louisville-ben, Kentuckyban a rendőröknek sikerült megint teljesen értelmetlenül megölniük valakit, véletlenül fekete-amerikai az illető. És ebben még a Nemzeti Gárda is benne volt. Washington, D.C.-ben egy ausztrál stáb operatőrét ütötte meg egy rohamrendőr ököllel az immár megszokott, rendkívül szakszerű intézkedés jegyében.
• Ha lenne oltás, tízből heten adatnák be maguknak (USA). Ha republikánusokról beszélünk, akkor csak tízből hatan. Jut eszembe, milyen szuper lesz, amennyiben lesz egyáltalán oltás, most már nem egy, hanem két szezonális oltásra befizetni évente. A "just the flu" tábor erről vajon mit gondol? "Just another flu?"
• A KKP stratégiája szempontjából jó időzítéssel jelentkező koronavírusos klaszter Hongkongban, lehet korlátozni a gyülekezés lehetőségét a social distancing jegyében.
• Minnesotából is hallottam egyébként olyat, hogy a tüntetéseken őrizetbe vetteknél "kapcsolatkutatást" csináltak, volt képük konkrétan contact-tracingnek leírni és eü. indoklást adni hozzá.
• Ismét vissza Kínához. Az AP által megszerzett belső információk szerint a WHO is éppen eléggé frusztrált volt a kínai együttműködési készség korlátaival januárban, a járvány elején. (Itt az AP cikke is.) Többek között a vírusgenom megosztása sem zajlott olyan készségesen, mint azt utóbb többek beállították.
• Az első megerősített koronavírusos haláleset Cox's Bazarban, a rohingja menekültek között Bangladesben.

2020.06.03.

• Törökországban jók az eredmények a hidroxiklorokinnal, és, ami nagyon fontos, a HXQ-t korai kezelésként adják, hiszen vírusreplikáció ellen való, és ezt a kiterjedt és gyors tesztelésük és kapcsolatkövető munkájuk teszi lehetővé. 
• Újabb hangok a tudomány világából, akik a SARS-CoV-2 eredetét firtatják, alapvetően már korábban tárgyalt okokból (emlékeztetőül: filogenetikai rendetlenség, furcsa pontmutációs mintázat az RaTG-13-as denevér-koronavírussal összevetésben, időarányosan csekély genetikai polimorfizmus a SARS-CoV-1-essel összevetésben; miközben az E protein ezzel együtt is szignifikánsan mutálódik a 0%-os baseline-különbséghez képest az RaTG-13-assal összevetésben; a patogenitást kritikus mértékben fokozó furin hasítási hely beszúródása; a vírus eleve adott jó adaptálódottsága nyérceknél és vadászmenyéteknél (is) + hogy egy ilyen vírus pont Wuhanból indul).
• Most láttam adatokat a német, brit, olasz és amerikai mobilitási adatokról. A németek 34%-kal az alapvonal-érték felett, az Egyesült Államok 8%-on, az olaszok -11%-on, a britek -22%-on (a hétközi cikluscsúcson).
• Egy olasz orvos, Alberto Zangrillo, a milánói San Raffele kórház főorvosa bedobta a diskurzusba, hogy a koronavírus veszít a virulenciájából, és már nem mérnek olyan vírusszámokat, mint korábban, a teszteltek mintáiban. Ez nagyon érdekes, csak az a probléma, hogy akik világszinten nézik a járványt, mint pl. én, nem látnak ilyesmit az adatokban. A SARS-CoV-2 terjed és öl továbbra is, meleg éghajlaton is.
• Oroszországban a koronavírus-osztályokon nyitva felejtett kórházi ablakok közegészségügyi fenyegetése fokozódik, ez már a negyedik eset. G.a.h.: +75049+n.
• Hu Weifeng 42 éves urológus orvos Wuhanból (Li Wenliang kollégája volt) négy hónapi kezelés után hunyt el. Még áprilisban agyi vérömleny keletkezett nála, azóta kómában volt.
• Orosz és kínai részről a szokásos wedge-driving (éket verő) stratégiát nyomatják a társadalmi médián keresztül az Egyesült Államokban a Twin Cities Riots kapcsán.
• Akik ennek a vírusnak a kontextusában "V-shaped recovery"-t (VSR) emlegettek, eddig jellemzően a gazdaság talpra állásáról beszéltek, méghozzá optimistán. Iránban a járványügyi lazítások után látható mostanra egy perfekt VSR, csakhogy ez itt sajnos a vírus terjedésére vonatkozik :(
• Apropó, gazdaság: a Világbank előrejelzése szerint a globális szegénység nőni fog a koronavírus-recesszió miatt, az ázsiai pénzügyi válság óta először, 8,2-ről 8,6%-ra. Plusz 30+ millió ember, akik napi 1,9 dollár alatt élnének majd, ezek szerint.
• Egy in silico tanulmány, szóval várni kell, mielőtt bárhová ugrik ez alapján az ember (ahogyan korábban a SARS-CoV-2 porfirinhoz kötődéséről szólónál is), de ha bejön, ami itt kijött, átnevezem a SARS-CoV-2-t a humán jackpot vírusnak. A furin hasítási hely már eddig is komoly érdeklődés tárgya volt, de a tetejében ennek a szerkezete — (P)RRAR--SVAS — egyezni látszik a humán epitheliális sejtek nátriumcsatorna alfa-alegységének (ez is egy transzmembrán protein, mint az ACE2) furin által hasított részével (ENaC-α; RRAR--SVAS szekvenciával). Ha ez így van élő sejtekben is, akkor ez plusz egy kellemetlen betegségmechanizmus lehet, mivel ez a sejtek sóháztartását zavarja meg.
• A furin hasítási helynek egyébként már beceneve is van az amerikai diskurzusban: "the new hanging chad". Ez visszautalás a 2000-es elnökválasztás során Floridában történtekre. Akkoriban ott lyuggatókártyás voksolást használtak, és, ahogyan a BKV-jegyeken is előfordul, a lyuggatás nem sikerült mindig tökéletesen. Sokszor nem. A "chad", vagyis a lyukfecni, hogy erre kifejezést rögtönözzek, lóghatott a lyuk szélétől egy el nem szakadt ponton ("hanging chad"), vagy éppen a papír domborulatából látszott, hogy ott alighanem át kellett volna ütnie a gépnek a papírt a választó akarata szerint ("pregnant chad"). Márpedig a 2000-es floridai egy olyan választás volt, amin az egész elnökválasztás állt vagy bukott Al Gore szempontjából (it was hanging in the air...). Ám a Legfelsőbb Bíróság végül leállította a floridai szavazatok újraszámlálását, és így ifj. Bush vitte el a floridai elektorokat anélkül, hogy az újraszámlálás végeredménye alapján tudnánk, hogyan befolyásolták a lógós lyukfecnik az eredményt. Ezek után érthető lehet, hogy a kifejezés a SARS-CoV-2 eredetével kapcsolatos kételyekre utal.

2020.06.04.

• Ezt már akartam linkelni korábban, Anders Tegnell félig-meddig beismerte, hogy tévedett. Ebben-abban. A helyzet az, hogy Svédország egymagában is sokat tett a járványhelyzet világszintű romlásáért. Persze messze nem minden rajtuk múlott, de a hatásuk világszintű volt.
• Dr. Hansen George Floyd haláláról, precízen. (Közben kiderült egyébként, hogy még áprilisban átesett a koronavíruson. Az orrából vett post-mortem minta pozitív. Viszont már április 3-án pozitív volt, szóval itt csak a vírus-RNS-töredékek kimutatásáról van szó, nem aktív fertőzésről.)
• Egy videó a tüntetésekkel párhuzamosan zajló fosztogatásokról. Azt érdemes látni, hogy a kereskedőnek ez rossz, de a márkák nyernek rajta, baromi jó reklám nekik, és ez is állandósít egy állapotot, ahol oktatás és egyéb befektetések helyett a surranók lesznek magasabbra értékeltek jelentős tömegek által. A surranók beszerzését (is) megnehezítő, és ezeket annál értékesebbé emelő jövedelmi különbségekről (az Egyesült Államokban) érdemes megnézni ezt a rövid dokut. A békés tüntetéseket hiányolók pedig nem ártana, ha belátnák, hogy csak azért, mert ki tudják keresni a legdurvább híreket, amik az előfeltevéseikben megerősítik őket, most is békés a tüntetések nagyobb része. De ha már békés tüntetésekről beszélünk, érdemes visszanézni, hogyan reagált Donald Trump a fekete NFL-játékosok békés tüntetésére 2016-ban — hogy mennyire hisz ez az ember a szólásszabadságban. Leginkább a saját szólásszabadságában hisz, elvei nyilvánvalóan nincsenek.
• Mexikóban tegnap 1092-en haltak meg hivatalosan COVID-19-ben. 
• Nálunk 406 beteget ápolnak közben kórházban. Húsz százalékos hospitalizációs rátából kivetítve az 2030 aktív esetet jelenthet, bár ez erősen bizonytalan, mert aki enyhén beteg, 5-10 nap alatt túl lehet rajta, a kórházba kerülők pedig sokáig ott maradhatnak, kezelésre szorulva. A 13,63%-os CFR-t torznak feltételezve, 2%-os CFR-ből kiindulva 26950 jön ki teljes esetszámként, amiben már lezárult esetek is benne vannak úgy. 
• A Reuters külön statisztikát vezet az Egyesült Királyságban elhunytakról, akiknél a halotti bizonyítvány említi a COVID-19-et. Ebben persze lehet olyan is, akinek a fejére esett egy tégla, miközben fertőzött volt. Így tartanak június 3-ig 50059-nél. Ezt a "téglás" esetekre tekintettel leviszem 49 ezerre, majd levonok belőle egy tizenkettedet, tekintettel arra, hogy szezonális átlagot meghaladó halálozást egy április közepi hétre már figyelembe vettem, és 12 hete van COVID-19-es halálozás az Egyesült Királyságban. Így jön ki akkor 44917 (ez konzervatív számítás, mivel az említett áprilisi hét valójában kiemelkedő halálozást hozott, nem átlagosat, a 12 hetes időszakot tekintve). Június 3-ig volt 39728 haláleset hivatalosan, a különbözet így 5189. G.a.h.: +80238+n. Ugyanez a cikk említ egyébként 62 ezres szezonális átlagot meghaladó halálozást erre az évre, lásd itt is és itt is. Utóbbi forrásból végre kiderül, hogy ez a március 21-től május 22-ig terjedő 9 hetes időszakra értendő. Ha ebből levonok 11854-et (április 11-17-es adat, amit ismertem korábban), akkor marad 50146. Ha ezek után az (50146-44917)/4 formulával számolok, extra konzervatívan (hogy a 44917-es érték lefelé becslő voltát tekintetbe vegyem, ami itt máskülönben inflálná a g.a.h. mutatót), akkor g.a.h.: +80238+1307+n=81545+n. 1000 bocs a sok számért — így lehet ennyi különféle adatból valami valósághoz közelit kihozni.
• A prosztataműtéten átesett, vagy éppen a férfiasan kopasz férfiak és egyéb releváns alpopulációk vizsgálata alapján egyre jobban látszik az androgén hormonok és a rosszabb COVID-19-es mortalitás közötti összefüggés.
• Moszkva, Dagesztán és Cseljabinszk után Szentpétervárról is vannak adatok a szezonális átlagot meghaladó halálozásról. Májusban +1400 haláleset az évtizedes átlaghoz képest. Hivatalosan csak 171 a halottak száma. Ha az 1400 felével nézem a különbözetet, akkor g.a.h.: +82074+n.
• Úgy tűnik, sokan betegek hónapokig enyhénél rosszabb tünetekkel. Csoportjuk is van a Facebookon. Sokan fiatalok.

2020.06.05.

• Új-Zéland lehet az első országok egyike (az első az OECD-országok közül), amelyik száznál több eset után eljuthat a járvány teljes felszámolásáig. Még van egy aktív esetük. Ha a dolog összejön, és végül a beutazás is lehetséges lesz, onnantól új típusú izgalmak kezdődnek.
• Jemenben elapadóban a segély, elsősorban az Öböl-országok miatt, akik eddig a fő donorok voltak (érdekeltségükből adódóan szórtak a bombák mellé pénzt is Jemenre). Az OCHA (humanitárius ügyek hivatala, ENSZ) részéről így látják a dolgot: "General health services in 189 of the country's 369 hospitals start to close in three weeks. Water and sanitation services for 8.5 million people, including 3 million children, close in three weeks. Nutrition support for 2.5 million malnourished starving children will start to close in eight to 10 weeks."
• A Lancetben megjelents HXQ-tanulmányt a Surgisphere cég bizarr és hozzáférhetetlen adataival visszavonták.
• Magyarországon 16 új eset tegnap, 3 haláleset mellett. Emlékeztetőül: 2%-os valós CFR-t feltételezve azt, ha nálunk közben 13% feletti a nominális CFR (az összes regisztrált esetet tekintve), és tovább nő, csak úgy lehet értelmezni, hogy a járvány felderítetlensége is növekszik vele együtt. Az lehet, hogy nyáron kevesebb a súlyos eset, de erről jobb lenne biztosat tudni, és nem csak spekulálni, különösen az exponenciális növekedés lehetőségére tekintettel.
• Törökország, kijárási korlátozások.
• Trump 1990-ben lájkolta, amit a Tienanmen téren látott 1989-ben. A teljes releváns idézet: "A: (...) Russia is out of control and the leadership knows it. That’s my problem with Gorbachev. Not a firm enough hand. Q: You mean firm hand as in China? A: When the students poured into Tiananmen Square, the Chinese government almost blew it. Then they were vicious, they were horrible, but they put it down with strength. That shows you the power of strength." (Q=Question, A=Answer) A lelet talán legsokkolóbb vonatkozása, hogy ezek szerint tud következetes lenni.
• A University of Minnesota kísérlete a HXQ post-exposure prophylaxisként történő használatával. Interneten át lehetett résztvevőnek beszállni, önbevallás alapján azonosított kitettség nyomán, önbevallás alapján azonosított, teszt útján meg nem erősített megbetegedésekben számolva az eredményt a kísérleti és a kontrollcsoportban (n=821). A kontrollok 14,3%-ban, a HXQ-t szedők 11,8%-ban betegedtek meg, ami statisztikailag nem szignifikáns. Csak sajnos ezzel a módszertannal semmi nem tud olyan nagyon szignifikáns lenni, az a bajom :( Ez így nem egy szabályos RCT.
• A stroke és a neurológiai problémák diagnosztizálásának és kezelésének nehézségeiről COVID-nél. Reflexek és koordináció vizsgálata szedálásnál kizárva. MRI-re átvinni nem lehet csak úgy az intenzívről, ráadásul fertőzésveszélyhez vezet. A hordozható MRI épp oly jól jöhet, mint a tüdőnél a hordozható ultrahang. By the way, a cikk arra is kitér, hogy a lélegeztetőgépen leszedálva tartott betegek 70-75%-ánál delíriumos állapot léphet fel.

2020.06.06.

• Ezt a threadet fogom itt feldolgozgatni. Nagyon érdekes gondolatmenetekkel a SARS-CoV-2 lehetséges eredetéről. A szót William Gallagher végzi (mikrobiológus). Az RaTG13 és a SARS-CoV-2 S-fehérjéjét nézi, a furin hasítási hellyel az S1/S2 funkcionálisegység-határon, és az azt kódoló nukleotidszekvenciát, 288 nukleotid hosszúságban. Miközben az aminosavszekvencia a furin hasítási helyet leszámítva egyezést mutat, a nukeotidszekvencia 19 pontmutációt tartalmaz kodonok ingatag pozíciójú (wobble-position) záró nukleotidjainál (6,6%-os eltérés). Ezek mutálódásának időigényét illetően Gallagher a H1N1 influenzavírus analógiáját veszi alapul, és az alapján végez tMRCA-elemzést (time to Most Recent Common Ancestor). Így jön ki a threadben némi korrekció után -38,5 év számítása szerint az RaTG13 és a SARS-CoV-2 közös elődjének, illetve az evolúciós szétválás pillanatának időbeli helyeként. Megjegyzés: túl azon, hogy a tMRCA becslésében vannak bizonytalanságok, szerény ismereteim alapján elég furánk tűnik nekem, hogy két eltérő RNS-vírusnál ilyen lazán azonos változás-időigényt feltételezzünk. Ha a koronavírus pl. lassabban mutálódik, akkor a 19 pontmutáció különbséget wobble positionöknél egy ekkora szakaszon hosszabb idő elteltével lehetne csak magyarázni... nem? (Módszertani megjegyzés: "The reliability of (tMRCA) analysis is dependent on the validity of the molecular clock hypothesis, which assumes that the evolutionary rate is roughly constant in the lineages of a phylogenetic tree".)
• A 12 nuleotidos szekvencia a PRRA-beszúródás hátterében: CCTCGGCGGGCA (a T helyére U-t kell igazából képzelni, timin helyett uracilt, mivel ez RNS, nem DNS). Gallagher ezek után a Rousettus-repülőkutyákból/nagydenevérektől izolált HKU9-es denevér-CoV esetében talál hasonló szekvenciát egy résnyi hibával, amit egy copy-choice (másolási) hibával magyaráz, vagyis hogy egy sejtben, ahol egyszerre két különböző vírus replikálódott, a replikációhoz használt RNS-dependens RNS-polimeráz rosszul másolt, és így keveredett be egy elem máshonnan. Megjegyzés: színkóddal jelölöm az így magyarázott egyezést a furin hasítási helynél (zölddel), a furin hasítási helyen kívüli egyezést (sötétkékkel), pirossal egy elárvult adenint (A) a furin hasítási helyet kódoló szekvencia végén, és egy citozint a CTT kodon nyitó nuleotidjaként a SARS-CoV-2-nél, mert ennek fontos szerepe van.

• Az előző pont végén említett citozinnal együtt bekerül a szekvenciába egy palindróma: CAGAC (aláhúzva fent). Gallagher elmélete szerint ez idézte elő az RNS-polimeráz által elkövetett copy-choice hibát, és hogy az bemásolt egy ilyen, vagy nagyon hasonló, később csendesen mutálódott szakaszt a HKU9-ből (megj.: a GCC és a GCA is alanint kódol, tehát PRRA-t látunk a HKU9-esnél is). Alapvetően az RNS-polimeráz "dadogásáról" (stuttering) volna tehát szó ezek szerint.
• Még egy megjegyzés: a furin hasítási hely a PRRAR szekvenciával teljes, tehát a beszúródáson túl van plusz egy arginin (R) ott. Azt CGT nuleotidszekvencia kódolja, úgyhogy ezt meg lilával jelölöm a SARS-CoV-2 nukleotidszekvenciájában.
• A következő kritikus állítás ezek után az, hogy Jünnan tartományban, ahonnan az RaTG13-ast fellelték, a Rhinolophus affinis egy példányából (közepes termetű patkósorrú denevérből), a Rousettus-repülőkutyák/nagydenevérek is előfordulnak, és a két faj képviselői így gyakran osztoznak barlangi tereken. (A tobzoskákról hozzáteszi, hogy azok elég félős, magányos lények, úgyhogy messze nem ideális jelöltek rendszeres oda-vissza fertőződés lehetséges alanyaként denevérekkel.)
• Következtetés: az a bizonyos "new hanging chad" még sok vitát fog szülni, mivel "Gallagher (denevérsejtekben) dadogó RNS-polimeráz elmélete" is csak egy további elmélet, a nap végén, a "nem-konszenzusos (furin hasítási helyet tartalmazó) mutáció emberi sejtekkel való találkozás nyomán történt konszenzusossá válásáról szóló" és a "furin hasítási helyet beillesztő wuhani gain-of-function kutatások szerepét firtató" másik két elmélet mellé.
• Más témák. 2,5 millió új állás májusban az amerikai gazdaságban, kicsit csökkentette ez a munkanélküliség durva megugrását (amúgy az azért még mindig magas). Kieg.: hmm. Ott is szeretnek játszani az ilyen adatokkal. A fizetés nélkülire küldött dolgozókkal a munkanélküliség inkább 16%-os lehet (ezzel a bruttó/effektív munkanélküliségi mutatóval áprilisban 20% körül lehetett).
• San Joséban (USA) egy közösségi aktivistát, aki a rendőrséget a rasszizmussal kapcsolatban érzékenyítő tréningeket tartott rendszeresen, rendőrruhában gumilövedékkel lövöldöző gyerekek úgy meglőtték igazi ok nélkül, hogy nem biztos, hogy lehet még gyereke. A történet másik "szívet melengető" momentuma az autós említése, aki azért tett ki "Blue Lives Matter" (="a rendőrök élete is számít") matricát az autójára, hogy ne büntessék meg gyorshajtásért.
• Trump közben ilyen reakciókat kap katonai körökből, miután a katonaság bevetését ígérgette a tüntetések ellen.
• A járvány miatti intenzív, megelőző jellegű antibiotikumhasználat elleni ajánlások, a mikrobiális rezisztencia fokozódását elkerülendő.
• Oxigénhiány Peruban.
• A napokban szó esett itt az androgén hormonok szerepéről, és a kopaszodásról, mint rizikót indikáló faktorról. Mint kiderül, ezt "Gabrin-jelnek" is hívják újabban (Gabrin sign), Frank Gabrin miatt, akinek a története itt olvasható. New York-i sürgősségis orvos volt, COVID-ben halt meg.
• Oroszországban elhunyt egészségügyi dolgozók listája. Sokan vannak. Jelen állás szerint 363-an, ami azt jelenti, hogy a hivatalos orosz halálozási adatok... ööö... különösek. (A fő listát külön, másik listán a más országokban meghaltak, vélhetően orosz állampolgárok követik, Moldovából, Ukrajnából, külön a Luhanszki Népköztársaságból (ЛНР), Belaruszból, Kirgizisztánból, Kazahsztánból.) Hogy ebből gyorsan valami értelmező adatot is generáljak: 179-n voltak közöttük 60 év alattiak (azaz a 60 éveseket már nem számoltam ebbe bele). Nem csak a 60 alattiakat nézve: 56 volt köztük dagesztáni, 96 moszkvai, 31 szentéptervári, 57 Moszkva körzetéből (Московская область), Jaroszlavszkaja oblaszty: 4, Krasznodar és körzete: 7, Komiföld: 3, Szentpétervár körzete (Ленинградская область): 5, Ingusföld: 2, Csecsen Köztársaság: 7, Uljanovszk: 2, Kurszk és körzete: 9, Nyizsnij Novgorod: 5, Ivanovszkaja oblaszty: 2, Penza: 7, Rosztov-na-Donu: 1, Észak-Oszétia: 6, Tatársztán: 2, Tula: 3.
• A fenti adatot a 60 év alattiakról érdemes átgondolni stratégiaian. Különösen ott, ahol nincs elég orvosi PPE, az eü. személyzet nagy valószínűséggel erős dózisban kapja a vírust a transzmissziónál, akár többször is, ismételten. A halálozási mutató így akár rosszabb is lehet az általános populációénál esetükben. Ha csak eü. dolgozókat veszítenénk el miatta, ezt a járványt már akkor is fontos lenne megfelelően kezelni :(
• Immunológiai vizsgálatból már korábban felvetődött, hogy lehet némi keresztimmunitás a hagyományosan az emberi populációban keringő koronavírusokkal. Didier Raoult is erre jutott Franciaországban, méghozzá a gyerekek alacsonyabb fertőzöttségét próbálja magyarázni ezzel. Itt beszél erről Raoult maga, messzire jutó következtetésekkel, amelyeket egyelőre azért finoman szólva nem sikerült megalapozni empirikusan. Figyelmet viszont érdemel a dolog, az biztos. Kompartmentmodellezésben pl. mekkora az S populáció (Susceptibles)? Hány embert kell átoltani? Meddig adott keresztvédettség, ha adott? Stb.
• Palkovics László egyiptomi megfelelője, Khalid Atef Abdul Ghaffar állítólag azt nyilatkozta, hogy Egyiptomban már 9000 felett a halottak száma, azaz jóval több, mint a laboratóriumi úton megerősített (akkori) 959. Várnék ennek a figyelembe vételével, mert a közlő az Anadolu Agency állami török hírügynökség, és Törökország és Egyiptom nincsenek jóban Líbia miatt — utóbbi Haftarékat támogatja, előbbi az ENSZ által elismert vezetést, az ottani polgárháborúban.

2020.06.07.

• Észak-Írország, 757 halálesetből 49,3% férfi, 50,7% nő. Különös.
• A hollandiai nyérceket leölik. Persze csak a fertőzött farmokon. Kb. tízezren eshetnek áldozatul.
• Brazília adatai innentől komolytalanok. Bolsonarónak nem tetszenek az adatok, ezért törli az adatokat.
• Van, amikor az embernek jelentős késéssel esik le valami. A 25 éves Connor Reed Walesből 2019. november 25-én lett beteg Wuhanban. Hetekig beteg volt, a tüneteiből elég egyértelműen COVID volt a baja. Még a macskája is elkaphatta. És rendszeresen járt a Huanan piacon. Mi kellhet még?

2020.06.08.

• Itt ez a friss paper, az egyik szerzője Yuri Deigin, akiről már írtam korábban, a másik Rossana Segreto (Innsbrucki Egyetem). Ezt fogom ma feldolgozni először is. Ez a "laboratóriumi eredet" elméletből indul ki.
• Először is, a "PRRA beszúródásról". Ha úgy nézzük, akkor nem illeszkedik "keretbe", vagyis nem pont egy nukleotidhármas kodon határától egy másik kodon határáig tart, közrefogva 4 kodont. Lásd alább:

• A következtetés az RaTG13-as denevér-CoV-val összevetésben adódik, és az M789-es pangolin-CoV-val történő összevetés is megerősíti. TCA (RNS-nél igazából UCA) kódol a keret előtt egy szerint (S). A végén az adeninből (a) viszont uracil lesz (t, azaz helyesen u) a SARS-CoV-2-nél. Az adenin (a), ha úgy tetszik, a PRRA-t kódoló keret másik határa elé került itt át. A beszúródott rész így "UCCUCGGCGGGC". Ez akkor magyarázza az elárvult adenint. És a beszúródás akkor csak végeredményben PRRA.
• Az arginint (R) kódolhatja CGG, CGC, CGA és CGU is, és a SARS-CoV-2 és az RaTG13 esetében az előforduló arginineket érdekes módon csak az esetek 5%-ában kódolja CGG. Itt pedig mindjárt két ilyen is van egymás mellett, és ezt Deigin és Segreto különösnek látják.
• És itt jön egy kritikus állítás: "The CGGCGG insert includes a FauI restriction site, of which there are six instances in CoV2 and four instances in  RaTG13 (and 2 in MP789). The serendipitous location of the FauI site could allow using restriction fragment length polymorphism (RFLP) techniques for cloning or screening for mutations, as the new furin site is prone to deletions in vitro." Megjegyzés: a CGGCGGG lehet, így, együtt figyelemre méltó szekvencia ilyen szempontból, azaz akkor, ha az említett restrikciós enzimmel tördeléshez (az eljárásról bővebben) felismerőhelyet keresünk. Hogy itt a megfelelő irányból olvasva van ilyen (GGGCG), éppen a furin hasítási helyet létrehozó beszúródásnál, az érdekes lehet, erre utal a szöveg "szerencsés együttállásként" kutatói szempontból. A mondat vége pedig arra, amit Vero-E6-os majom-sejtkultúrákban lehetett látni laboratóriumban, vagyis hogy az emberi szervezetben a vírusnak a cutting edge-et biztosító furin hasítási hely gyorsan törlődni hajlamos — emiatt praktikus, hogy a restrikciós enzimmel gyorsan lehet szűrni mutációkra.
• Szó esett korábban az RmYN02 denevér-CoV-ról, ahol van egy "PAA" a genomban. Ezt beszúródásként írták le, azzal, hogy lám, az ilyesmi természetes, Deiginék viszont közlik a ZC45-ös denevér-CoV genomjának megfelelő szakaszát, ahol látszik, hogy a PAA ott nem beszúródás, hanem inkább nem-csendes pontmutációs változás. Lásd alább. Zölddel bekereteztem az egyező aminosav-szekvenciákat. Megjegyzés: megnéztem közben a ZC45-ös szekvenciáját, hogy lássam, mi jön a jobb végen, amit ez a szelvény nem mutat, és az látszik, hogy konkrétan az RmYN02-ben törlődés van. Nemhogy nincs benne beszúródás, de rövidebb. RmYN02: SYNSPAA------RVGTNSIIAYAM. ZC45: SYHTASIL----RSTSQKAIVAYTM. (A 6/4 helykihagyás abban, ahogy leírtam, azt mutatja, ahol a SARS-CoV-2-nél PRRA van.)

• Egy érdekes további részlet Deiginéktől, korrektül hivatkozva, szakfolyóiratban is meg lett írva annak idején. Az RaTG13 olyan bányából származott Tongguanzhenből (Mojiang, Yunnan; alternatív átírásban: Tian Junhua), amelyet denevérek kolonizáltak, majd a velük együtt a nyomaik (denevérguanó) kitakarítására odarendelt bányászok közül hatan súlyos tüdőgyulladást kaptak, és hárman meghaltak.Ez 2012-ben történt. Amit a kutatók az esetek egyik lehetséges kórokozójának találtak, az egy paramyxovírus volt, MojV (Mojiang paramyxovirus) néven regisztrálták, rágcsálókból kimutatva. De ugyanonnan előkerült egy csomó denevér-koronavírus is, köztük — 2013-ban — az RaTG13 is; a beteg bányászko eseteit pedig végül fungus-fertőzéssel magyarázták. De a legérdekesebb, hogy a bányászok közül négynél (!) volt SARS-IgG-antitest, illetve olyan antitest, ami legalábbis kereszt-reagált a SARS-antitestvizsgálatnál... (Kieg.: Egy azóta nyilvánosságra került és lefordított kínai disszertáció szerint ott volt a környéken a "SARS-doktor" Zhong Nanshan is, a páciensek gomba elleni gyógyszert pedig nem kaptak.) Mindez alighanem nyomós ok volt a kutatócsoport maradására az MojV azonosítása után is. Egyáltalán: biztosak voltak ők a MojV-t illetően, ha SARS-antitestvizsgálatra is időt fordítottak? Kétlem. Talán pont ezért maradtak. (Emlékeztetőül: az IgG az IgM után jelenik meg, vagyis múltbéli fertőzést jelez.) Kieg.: ebben a cikkben, amelyikhez Shiéket is megkérdezték, a denevérguanó borította helyeken előforduló gombához kötik a mojiangi bányászok tüdőgyulladását. Ez a következetlenség nem kicsit megdöbbentő, a korábban említett publikáció nyomán. Hogy lett a MojV helyében egy fungus a gyanúsított? Eleve nem volt komoly bizonyíték a MojV mellett? 
• Más dolgok innentől. Az Egyesült Államokban a rendőrség sajátos kultúrájáról minden karikírozás mellett is jó adalékokkal John Oliver. 2014-ből pedig Jon Stewart teljesen ugyanerről. Persze, a rendőrség az Egyesült Államokban decentralizált, tudom. És voltak letérdelő rendőrök, tiltakozók stb. De a rendőri kultúra amúgy meglehetősen homogén. San Franciscóban vettem részt egyszer az ott rögtönzött kiállítás látogatójaként, még 2013-ban, a nyitott érdeklődés jegyében egy rendőri demonstráción, ahol egyrészt szomorú dolgokat láttam, mivel egy olyan országban, ahol sok a lőfegyver, bizony, sok rendőr meghal szolgálat közben, és erősen érthető, ha ezt a rendőrök kemény stresszként élik meg. Másrészt viszont letaglózóan pátoszos légköre volt az eseménynek, az volt a szubjektív benyomásom. A szervezők szentnek láttatták magukat egy bűnös vagy éppen a szolgálatukra nem eléggé méltó társadalom ellenében, és ez a szemlélet hosszú távon biztosan nem egészséges... Még egy adalékot ehhez: Eric Garner halála után nem volt a mostanihoz hasonlóan nagy robbanás, és ennek nyilván számos tényezője lehet. A most zajló járvány, és az azt megelőző lockdown és elbocsátás-hullám biztosan ezek között van.
• Lengyelországban lett a hétvégén lazán 1100+ fertőzés. Ehhez a szénbányához köthetők (Zofiówka). Klaszterek környékünkön. Nálunk ilyen biztosan nem történhet...?
• Most már általában is ajánlja a WHO a maszkviselést. Korábban csak beteget gondozóknak és beteg személyeknek ajánlotta. Nem siették el.

2020.06.09.

• Nicaragua. Hát, kijelenthetjük, hogy a járvánnyal kapcsolatos hivatalos halálozás duplázódási idejének növekedésében most már a korrupt/hülye kormányzatok is komoly mennyiségi tényezőként számítanak. Valóságtagadó vezetés, és minimum 980 atipikus pneumóniás haláleset (köztük vezetők is szép számmal), a hivatalos 46 COVID-19-es helyett. G.a.h.: +83010+n.
• Ez a járvány a legcsökönyösebb elemzőt is alázatra tanítja. Lehet, hogy kénytelen leszek revideálni a járvány októberi kezdetének lehetőségét? Indirekt indikátorok wuhani magatartás-változási mintázatokról, tavalyrül. Nézzük részletesen. Kórházi forgalom a környéken parkoló autókban mérve, műholdas képek alapján:

• Az októberi vonalat én húztam be, hogy érzékelhető legyen, a szezonális átlagtól való eltérés már akkor határozott volt, ezek szerint (108 dél körül, tiszta ég mellett készült kép alapján, kereskedelmi műholdas szolgáltatótól). Nyilván végig kell majd olvasnom a tanulmányt, preprintként meglesz.
• Közben viszont nem egyértelmű a kép más indikátorokat tekintve. Íme, az internetes keresések. A légúti és hasi panaszok együtt-járása decemberben annak ellenére kiváltott nagyobb érdeklődést az internetezőknél, hogy hivatalosan még nem volt semmi. Tehát decemberben, és nem októberben, és ez azért is figyelemre méltó, mert kontrollnak közben ott van, hogy a szezonális influenza mennyi keresést vált ki általában. Az ábra jobb oldalán a "May 2019" alighanem "May 2020" akart lenni.

• Itt a teljes tanulmány akkor. Kicsit túlterhelt a szerver, lassú lehet letölteni :)
• Az egyik legérdekesebb dolog kimaradt a fent idézett sajtóbeszámolóból. Ebből is az derül ki, hogy a kép nem egyértelmű, pontosabban a kórházak közelében parkoló autók egyelőre magányos indikátort jelentenek. A nem egészen pontosan tisztázott eredetű kínai kórházi betegadatok ugyanis csak november elejétől jeleznek ugrást "influenzaszerű" esetekben. Akkor viszont nagyon, 2017/2018 és 2018/2019 teléhez képest, tehát akkor 2019. november eleje lehet a járvány indulása ténylegesen — és ez, ismerve a november 25-én megbetegedett Connor Reed esetét, illetve egy, kínai források által említett november 17-én kórházba került esetet, plauzibilis. Szó szerint így írja le a forrást a tanulmány: "Three yearly influenza-like-illness cycles (c, turquoise, right side axis) from two Wuhan hospitals plotted alongside confirmed COVID-19 case counts (c, purple, left side axis) extracted from open-source disease data." Az adatok alább.

• Ha a kórházakban nem volt több járványos beteg, akkor hogyan függene össze ilyesmivel az autóparkolói forgalom visszaesése...? Szóval én egyelőre úgy látom, hogy a tanulmány lelete nem forradalmi, bár érdekes, és később még visszatérhetünk rá. Mindenesetre a saját három indikátorukból kettő nem októberi kezdetre utal. 
• Új forrás tárgyalása innentől. A mai egy zsúfolt nap lesz, már látom. Itt a következő izgalmas gondolatmenet, amit meg lehet nézni részletesen (Matt Ridley).
• Mond pár meggondolatlanságot, megalapozatlanságot arról, hogy a SARS-CoV-2 CFR-je 0,28% alatt lenne, amit azért nehéz az adatokból pókerarccal levonni. Ugyancsak alaptalan a "május óta politikától függetlenül mindenhol visszavonulóban a vírus" kijelentés, nem is értem, miért nehéz megnézni az adatok tényleges állását. Azt ugyanis (nem "visszavonulást", hanem lassulást) a szezonalitásnál jobban magyarázza a kijárási és a nemzetközi utazási korlátozások impaktja, az eredményesebbé váló kórházi kezelési protokoll, vagy pl. globális szinten a hazug és a gyenge kapacitású kormányzatok adatokkal kapcsolatos tevékenysége.
• Nagyon érdekes viszont — és hihető — az elmélet arról, hogy az 1889/1890-es, észlelés szintjén Oroszországból indult járvány hátterében az OC43-as koronavírus állhatott (itt az erre jutó tanulmány 2005-ből). Erre a vírusra már korábban is utaltam itt úgy, mint "most underreported pathogen ever", és pedzegettem, hogy az éves influenzahalálozási projekciók valószínűleg a koronavírusok, talán éppen az OC43-as "kárára" csalnak.
• És az is bizonyos, hogy a számos országban bevezetett kijárási korlátozások szelekciós nyomásként jelentkező környezeti változást hoztak a vírus számára. Ellentétben Ridley-vel, én azt gondolom, hogy a szelekciós nyomás első következménye a hosszabb lappangási idő, de amellett az erősődő átadhatóság és ugyanakkor a korlátozott virulencia is lehet implikáció. Így tud a vírus nehezebb körülmények Szóval pont az ellenkezője lehet a tényleges következmény annak, amit ő hipotetizál az írása végén.
• Ami pedig a keresztimmunitást illeti, valamennyi lehet, igen. Nem biztos, hogy szeretnénk kipróbálni, hogy mennyi, a populáció szintjén, de azért lesz, akit ez ment meg (illetve lehet, hogy van, akit ez már megmentett). És hozzátenném, hogy fertőződéstől túl sokakat nem véd meg, mert ahhoz túl sok klasztert láttunk közel-teljes átfertőződéssel, ugyebár.
• Más dolgok. Tudjuk, mit (nem) csinálnának az amerikai epidemiológusok idén nyáron (n=511). Persze náluk mások/rosszabbak a trendek és a helyzet, mint nálunk (amennyire ez megítélhető, most). Beltéri baráti találkozóra (small dinner party) 46% 3-12 hónap múlva menne (ez nyilván értekezletekre is értelmezhető, pláne ha van az asztalon pogi); 40% 3-12 hónap múlva tömegközlekedne; 54% 3-12 hó múltán dolgozna közös irodában kollégával/kollégákkal; 56% 3-12 hó múlva enne helyben étteremben; 42% temetésre vagy esküvőre csak egy év múltán menne (ez az, ami az átlagos embernek fel sem nagyon vetődik megfontolás tárgyaként); 64% egy év múltán menne tömegrendezvényre (event, concert or play); 52% egy év múlva fontolná meg a maszkhasználat mellőzését.
• Böröcz József az "európai" "jóság" és "fölény" konstrukciójának hosszú ideje leleplezője és kritikusa, és most a járvány kontextusában pedzegeti, hogyan hathat ebből a szempontból pl. Kelet-Európa egyelőre jobb helyzete.
• Dél-Korea: új klaszterek, az egyik pl. egy asztalitenisz-klubban. Biztosak vagyunk benne, hogy ilyen nálunk nem történhet...?
• A lombardiai járvány epidemiológiai elemzése a cogodnoi kezdetektől (januártól). Nem volt sok aszimptomatikus hordozó, és kb. ugyanakkora volt náluk a vírusszám, mint a szimptomatikusaknál (vagyis az ereiket nekik is rombolta a vírus bőven). 47% került kórházba, 16% került intenzív osztályra 5626 elemzett páciensből. Férfiak többségben. 25 év felett a nagy többség (94 nem). A lombardiai eü. rendszerről sokat elmond, hogy 55 év alatt ezek között a páciensek között nem volt halott.
• COVID-19-es és influenzás elhunytak tüdejének összehasonlítása. Utóbbiak tüdejének nagyobb volt pl. a súlya. Az ACE2-kifejező sejtek aránya magasabb volt a COVID-osoknál, de az influenzásoknál is meghaladta a kontrollcsoportos tüdőkét. Itt is előjön az angiogenezis a léghólyagocskák körüli kapillárisoknál. "Intussusceptive angiogenesis" =  belülről induló érképződés. Az influenzásoknál ilyen nem volt. Ábra is van róla, íme:

• És itt egy fontos tanulmány (Imperial College London) arról, mennyi életet menthettek meg a kijárási korlátozások. 3,1 millió haláleset elkerülve Európában (fentebb a lombardiai tanulmány is erre jutott egyébként, tehát hogy a gyors korlátozások mentették a helyzetet a vereség kapujából). Persze ez csak egy módszeres projekció, de mindenképpen érdemi válasz a prevenciós paradoxonra, amikor emberek azt hiszik, "nem haltak meg sokan, tehát nem is volt szükség prevencióra".
• És egy szuper ábra, ahol látszik a furin működése a Golgi-készülékben.
• Klaszter Dél-Bulgáriában, egy játékgyár alkalmazottai. Nálunk ilyen biztosan nem történhet...?

2020.06.10.

• Brazíliában vissza kell térni a korábbi, teljes körű adatszolgáltatáshoz, az ottani Legfelsőbb Bíróság bírájának döntése.
• A járványról Skóciában, epidemiológiai szempontból, preprint. Területi evolúció szempontjából érdekes, hogy nem a Glasgow-Edinburgh tengely volt az első közvetlenül érintett rész (az első eset olaszból jött, rögbimeccsről, haza Tayside-ba); a hálózatelemzés pedig azt valószínűsítené hipotetikusan. Géntérkép: elég elterjedt nem-csendes pontmutáció az S-fehérjét kódoló szakaszban, az izolált vírusok enyhe többségénél (a Wuhan-Hu-1-eshez képest).
• Vírusreplikáció különféle szövetekben, in vitro és ex vivo. A szem-kötőhártyával kapcsolatban a legérdekesebbek az eredmények. Lehet a szemen át fertőződni.
• Egy koreai call-centeres klaszter. 43,5% lefertőződött egy emeleten, csak 1,9% maradt aszimptomatikus közülük. Megkockáztatom, hogy a légkondinak volt szerepe.
• Továbbképzéshez: a furin szerepéről proprotein konvertázként. Tanulságos, hogy 2002-es cikk, és egyből belecsap a lecsóba, a biohadviselési/bioterror applikáció lehetőségét említve. Azért is jó a cikk, mert világosan leírja, hogy a furinnak nem csak a Golgi-készülékben, a transz-Golgi-hálózatban (TGN, trans-Golgi network) lehet szerepe (intracellulárisan), hanem pl. a sejtfelszínen is. Ott is hasíthat. A háromkomponenses anthraxtoxint pl. ott segíti győzelemhez. Ha jól értem, akkor egyelőre nyitott kérdés, hogy pontosan mi történik a SARS-CoV-2-es esetében.
• Ez itt az irónia helye lesz. Szóval... annyira, de annyira vártam, hogy a hivatalos kínai járványösszefoglaló majd megvilágít bizonyos részleteket a járvány kezdetével kapcsolatban... de nem :( So sad :(((( 

2020.06.11.

• Ez a nem túl jól megírt (ezt a nyelvezetére és a strukturáltságára értem) paper azt a lehetőséget veti fel, hogy a vírus S-fehérjéjében az aminosavak töltésének jellege és eloszlása jelentőséggel bírhat a sejtmembránokhoz kötődésben, ion-ion kölcsönhatásokon, azaz ún. sóhídakon keresztül, és hogy ez még a receptorkötő doménen (RBD) belüli receptorkötő motívumon (RBM) belüli furin hasítási hely argininjainak esetében is jelentőséggel bírhat.
• A magas glükózszint a kockázati faktor diabétesznél, úgyhogy a kezelt diabétesz nem olyan veszélyes, minta frissen felfedezett.
• US Open, eredmények, lásd alább. Texas és Arizona a tankönyvi V-shaped recoveryt mutatják a vírus szemszögéből. (És mindez még nem mutatja a tüntetéshullám hatását, az csak később jön...)

• Ez a beszélgetés (május elejéről) eddig elkerülte a figyelmemet. DTK Zacher Gáborral, aki elmeséli, hogy Hatvanban az egyetlen SARS-CoV-2-pozitív beteg, akivel találkozott, húgyúti fertőzéssel került be, légúti panaszok nélkül. Érdekes. Vesekárosodás a SARS-CoV-2 miatt? 
• Még egy DTK-beszélgetés, és ez a járvány kapcsán erőre kapott telemedicina miatt fokozottan érdekes lehet, Meskó Bertalannal.
• Egy új paper (U.S. NIH) gépi tanulással és emberi erővel a koronavírusok és a magas esethalálozású koronavírusok (high-CFR coronaviruses: SARS1, SARS2 + MERS) közötti nukleotidszekvencia-beli különbségekről. 11 releváns régiót találtak, a legtöbb a nukleokapszidot és a spike-ot érinti, ezek között némely nukleotidszekvencia-eltérés az aminosav-szekvenciában is kifejeződik beszúródás, törlődés  vagy helyettesítődés formájában. A reggel elsőként idézett tanulmányt is erősíti, hogy a releváns proteinek töltése szignifikáns (erős pozitív töltés), és mintázatuk egy részüknél (háromnál), úgy tűnik, nukleáris lokalizációs szignállá áll össze (NLS, Nuclear Localisation Signal), vagyis szerepet játszhat a vírus bejutásában a célsejtekbe, egy esetben pedig nukleáris exportszignállá (NES, Nuclear Export Signal), vagyis ott éppen a kijutásban játszhat szerepet, érdekes módon. Ráadásul ezek a CFR-el arányosan erősődőnek mutatkozó mintázatok a koronavírusok között.
• A spike-ban van továbbá egy, a high-CFR koronavírusoknál előforduló beszúródás, mely meghosszabbítja az α-hélix formát öltő összekötő régiót (négy aminosavval) a spike hidrofób fúziós peptidje és az azt körülárnyékoló két ismétlődő, hathélixes szerkezetű amiosav-heptád egyike (HR1) között.
• Végül a zoonózisok elemzéséhez különböző beszúródásokat találtak külön-külön az egyes high-CFR koronavírusok és legközelebbi ismert állati (lehetséges) elődjeik összevetésénél, ami három különböző evolúciós eseményre utal értelemszerűen. A SARS-CoV-2-es esetében a kritikus beszúródás nagyobb hidrofób interakciós felületet ad az ACE2 receptorral, illetve ion-ion kölcsönhatást és hidrogénkötéseket alapoz meg. Ez magyarázhatja, miért annyival (10-20x) nagyobb a SARS-CoV-2-es spike-jának affinitása az ACE2-es receptorral a SARS-CoV-1-hez képest.

2020.06.12.

• Egy cikk a vérrögökkel kapcsolatos problémákról orvosi-gyakorlati szempontból. Eredetiben: "Parcha says he recently treated a 30-year-old who attempted to fight the virus at home. Due to clotting issues, he now has permanent heart damage. Parcha says if the patient had come in three days earlier, it could have changed his life." Mint korábban említettem: a "csak a krónikus betegek halnak meg" tábor figyelmébe ajánlható, hogy a SARS-CoV-2 saját maga is csinál krónikus beteget emberekből. Ördögi kör.
• Még egy kis horror. A huszonéves chicagói beteg két hónapja volt mesterségesen lélegeztetve. A vírus által szétlyuggatott, és a mellkasfalra feltapadt tüdejének a helyére 10 órás műtéttel sikerült egészségeset ültetni. (Tegyük hozzá, hogy ezzel nem biztos, hogy hosszú időre megmentették. A tüdőátültetés egy éves túlélési aránya 80% felett van valamivel. Három év után 55-70%. A fiatalabbak arányai jobbak.) Ha valaki jól viseli az ilyesmit, íme, a transzplantáción átesett hölgy régi tüdeje.
• Orange County, Kalifornia. Lázadás a masz8kviselési rendelet ellen, fenyegető üzenetek az ezt támogató tisztviselőknek, végül a nyomás hatására a maszkviselési kötelezettség feloldása. Exponenciális járványnövekedés mellett.
• Egy fülöp-szigeteki nő halála, aki haza akart jutni, de a kijárási korlátozások miatt sem buszjáratot, sem fuvart szerezni nem tudott, és végül magára hagyva, egy gyaloghídon találtak rá. G.a.h.: +83011+n. (Halkan jelzem, hogy a járvány teljes halálozása rég félmillió felett van.)
• Erősen úgy tűnik, hogy Derek Chauvin minneapolisi rendőrnek személyes indítéka lehetett George Floyd meggyilkolására.
• Nálunk a wastewater-based epidemiology is kedvező eredményeket hozott eddig: "A tiszti főorvos ... beszélt a szennyvízvizsgálatokról ... Budapesten mindhárom szennyvíztelepről vettek mintát, így a főváros egész lakosságát látják. Ez alapján még mindig ki tudják mutatni a vírust a fővárosban, de jelentősen, egy nagyságrenddel csökkent a vírus kópiaszáma." 
• Indiában közösségek vesznek oxigénkoncentrátort, pulzoximétereket, hogy valahogyan életeket mentsenek majd.
• És közben még aminosav-szekvenciákkal is volt időm foglalkozni, és arra az érdekes dologra lettem figyelmes, hogy ez a paper (visszavont anyag, l. a 4. oldalt) és ez a másik (tegnap tárgyaltam itt, l. itt is a 4. oldalt) részben azonos beszúródásokról beszél. A 72-es pozíció az utóbbinál = 80-as pozíció az előbbinél (a második T helye a GTNGTKR beszúródásból). A HKNNKS beszúródásból a K a 150-es pozícióban van az utóbbi paperben, 154-es pozícióban az előbbinél. 680 tájékán jön mindkettőnél a PRRA (kontrollnak említem). Az előbbi paper volt az ominózus indiai paper, amelyik rámutatott, hogy a TNGTKR és a HKNNKS szekvenciák jelen vannak a HIV-1 gp120-as burok-glikoproteinjében is, amelyik ott fontos szerepet játszik a CD4-es T-sejtekbe történő behatolásban.

2020.06.13.

• A magas fruktóztartalmú kukoricaszirup igen kedvezőtlen hatásairól (Dr. Seheult). Az amerikaiakkal évente átlagosan 24 kiló felett etet az ipar ebből a csodából. Hozzájárul túlsúlyhoz, diabéteszhez, szív- és érrendszeri betegséghez, és még az oxidatív stresszhez is az erekben.
• Már a korona sem a régi? Egy tanulmány szerint olyan koronavírus-változat terjed újabban, ahol a vírusrészecskéből négyszer-ötször több spike meredezik célsejtek után áhítozva. A háttérben itt a teljes paper. A D614G mutációs stabilizálja is a spike-ot, úgy tűnik. (Emlékeztetőül: az S-protein áll S1 és S2 funkcionális alegységekből. Előbbi receptort köt, utóbbi az ezt követő fúziós folyamatot vezérli.)
• Trump rájött, hogy esetleg még Mexikóra lehet ráfogni a balhét.
• Egy érdekes thread arról, hogy a diagnosztizálás mennyivel bonyolultabb, ha különféle bőrszínű embereket kell kezelni. Lásd az alábbi ábrát a COVID kapcsán is előforduló Kawasaki-szindrómáról.

• Peking eddig viszonylag megúszta, most ott a járvány, pont egy piachoz kapcsolódóan. Persze a kínaiaktól újabban már megszokott kőkemény reakció is megvan. Több tucat fertőzöttet megtaláltak a tünetek jelentkezése előtt.

2020.06.14.

• Ezt már szeretem. Újságírók, akik képesek kutatóként is gondolkodni, ha kell. Megnézték a harvardi tanulmányt, amelyik a minap a járvány augusztusi kezdetét vizionálta háromból egy saját indikátor alapján, kettő saját ellenében, és a Baidu-kereséseket elvégezték más keresőszavakkal is. Ha nem a "hasmenéses tünetet" nézzük, hanem például simán a "hasmenést" vagy a "légzési nehézséget", akkor december előtt csökkenő trend volt ezeknél. Stanford, Harvard... sok nagynevű egyetem produkált pocsék kutatásokat az elmúlt hónapokban.
• Amennyiben szociopaták uralkodását az "ügyes" jelzővel illethetjük, Trumpék ügyesen csináltak szövetségi tagállami szintű kérdést a koronavírusból, és szépen kivonultak a téma tárgyalásából.
• Japán tanulmány. 61 klasztert rekonstruáltak, 22-nél nagyjából biztosan megvan az index-eset, a legtöbb 20-39 év közötti pre- vagy aszimptomatikus hordozó volt. Tanulságos az egyetemek működésének átgondolása szempontjából.
• A kínai piaci epidemiológiai nyomozás részleteiről bővebben.
• Nálunk a ma reggeli adatok beérkezése előtt 13,75%-on a CFR (esethalálozási ráta). A reggeli adatok beérkeztével már 13,81%. V. ö.: a belgáknál jelenleg 16,1%. Az olaszoknál 14,49%. A briteknél 14,15%. A svédeknél 9,56%. A spanyoloknál 9,3%. Az amerikaiaknál 5,48%. A braziloknál 5,02%. Ezek nagyjából a legrosszabbul állók, és egyébként nem a vírus halálosságában van igazán nagy különbség, azt hiszem, ez megkockáztatható hipotézisként. Mint említettem, azt életszerű feltételezni, hogy ha a CFR eleve magas, és a tetejében emelkedik, akkor a járvány felderítetlensége nő. Mivel pedig egyébként szám szerint, arányosan nézve sokat tesztelünk, ebből elvileg az is következhet, hogy azok a tesztek... nem sokat érnek. Például sok lehet a fals negatív. Ez csak egy lehetőség, de olyan számok mellett, amikkel itt találkozunk (teszteltek száma, megerősített pozitívok száma, elhunytak száma), az ellentmondásokat például ez oldhatja fel.
• Müller Viktor (ELTE, biológus) arról, hogy neki is meglepetés volt a lazítások után a gyors terjedés elmaradása nálunk, de hogy ebben biztosan szerepet játszik, hogy az emberek most már nem töltenek huzamosabb időt együtt nagy számban zárt terekben. Hogy szeptembertől mi lesz, az persze más kérdés, úgy értékeli. 
• Cancer Alley, az út menti sáv Baton Routge és New Orleans között, sok olaj- és vegyipari létesítménnyel, a rák mellett a légúti betegségek magasabb előfordulásával. COVID-19-ben is élpozícióban, sok fekete-amerikai lakossal. Ebből kivetítve: az anyagilag megengedhető, és ezzel összefüggésben sokszor egészségtelenebb lakhatási körülmények is hozzájárulnak a magasabb fekete-amerikai halálozáshoz a járvány során. A legcsúnyább csavar a történetben, hogy a fekete-amerikaiak lakta terület nem feltétlenül volt valaha egészségtelenebb más térségeknél, viszont naná, hogy véletlenül oda települt az ipar.
• Indiában a járvány átüti a kórházikapacitás-plafont, jönnek az átalakított vasúti kocsik. A hivatalos indiai halálozási adatok sajnos egészen biztosan aluljelentettek.
• Ebből a cikkből kiderül a tavaszi iráni metilalkohol-mérgezések áldozatainak teljes száma. Mint ismeretes, elterjedt az a helytelen nézet, hogy a szesz megvéd, és ebből lett ez a probléma. 796-an haltak meg (ebből korábban 390-et számoltam a magam részéről). Ugyaninnen: egy házaspár az Egyesült Államokban, akik klorokin-foszfátot ittak megelőző gyógymódként (még márciusban) és ez után a férj meghalt. G.a.h.: +83418+n. A SARS-CoV-2 nevű baleset áldozatainak száma így 517020 este 7 órai állás szerint (konzervatív számítással).
• Zárásnak még egy kis irodalom a (balesetes) laboratóriumi eredetű fertőzésekről (LAIs, Laboratory-Acquired Infections).

Folyt. köv. Június 15-től új bejegyzésben majd (14-én még itt).