Előzmények (korábbi kutatási jegyzeteim a témában):

• január 28-tól február 23-ig;
• február 24-től március 6-ig;
• március 7-től március 21-ig;
• március 22-től április 3-ig (a kommentek között is hasznos dolgok);
• április 3-től 14-ig (a kommentek között is hasznos dolgok);
• április 15-től 25-ig (kommentekkel);
• április 26-tól május 15-ig (kommentekkel);
• május 16-tól június 1-ig (kommentekkel);
• június 1-től június 14-ig;
• június 15-től június 30-ig;
• július 1-től július 20-ig;
• július 21-től augusztus 31-ig;
• szeptember 1-től szeptember 27-ig,
• szeptember 28-tól október 25-ig.

2020.10.26-11.01.

• Az már kora tavasszal tisztán láthatóvá vált, hogy (1) a COVID nem szimpla légúti betegség, hanem éppenséggel egy szisztemikus kihívás a szervezet számára, mely súlyosan érintheti többek között a szívet, a májat, a vesét és a hasnyálmirigyet is, akár az aszimptomatikus hordozók esetében is, és hogy (2) ráadásul még neurológiai következményei is lehetnek, emellett pedig (3) roncsolja a vaszkuláris endotheliumot (az erek falát belülről), és súlyos vérrögképződési folyamatokkal jár. Mostanra pedig már azt is kimondhatjuk, hogy (4) autoimmun rendellenességekkel is nagy arányban jár együtt a súlyos eseteknél. Források: I. típusú interferon elleni antitestek előfordulásáról (IFN-α2 és IFN-ω ellen, vizsgált súlyos esetek 10%-ánál), antifoszfolipid antitestek előfordulásáról (vizsgált súlyos esetek 47%-ánál) és a szervezet saját elemeit még szélesebb spektrumban támadó autoreaktív antitestek (pl. anti-centromer és anti-RNP ANA-k) megjelenéséről sokaknál. Mindezt figyelembe véve igazán "lenyűgöző" perspektíva az idővel hanyatló immunitás nyomán következő újrafertőződésekre gondolni.
• Ha minden igaz, Észak-Korea amiatt aggódik, hogy Kína felől érkező homokvihar hátán támadhatja le őket a koronavírus. A média nagy része ezt azonnal körberöhögte. Pedig... Más kérdés, hogy jelenleg pont Kína miatt kell ilyen tekintetben a legkevésbé aggódniuk.
• Ez a cikk említi a brit Common Cold Research Unit különleges történetét a SARS-CoV-2 kapcsán tervezett "human challenge trialekhez" kapcsolódóan. A  CCRU a British Medical Research Council különleges intézménye volt, ahol többek között a régebb óta közöttünk keringő koronavírusokkal is megfertőztek önkénteseket az ott folyó kutatások részeként, helyileg Salisbury-ben (ugyanott, ahol a Szkripalék elleni merénylet történt 2018-ban), egészen a program 1989-es lezárásáig.
• Müller Cecília ma megjegyezte, hogy Magyarországon is voltak már újrafertőződött személyek.
• Figyelemre méltó új blog a láthatáron. Hogy egy dolgot kiemeljek... Ha valaki all-cause mortality adatokat nézeget manapság, és úgy gondolja, hogy úgy nézve nem is olyan szörnyű a helyzet egyes országokban (bár másutt már jókora halálozásnövekmény van), az nem árt, ha felismeri, hogy ezt a következő években így tartani lesz az igazán nagy kunszt: "... approximately 60% of responding member state countries have experienced a decrease in outpatient volumes due to patients canceling appointments. More than half of these countries have partially or completely disrupted services for hypertension treatment; 49% for diabetes treatment; 42% for cancer treatment, and 31% for cardiovascular emergencies. Additionally, to preserve healthcare system capacity for COVID-19, more than 50% of countries have suspended population screening programs." Háttérnek ehhez lásd még ezt a WHO-felmérést is.
• Német tereptanulmány: a vámpírdenevérek kevésbé érintkeznek a társaikkal, ha fertőzöttnek érzik magukat. Más fajoknál is előfordul ez, pl. még homároknál is. A fizikai és a társadalmi távolságtartás előnyei járvány idején, Captain Obvious.
• Fontos cikk a Remdesivirrel zajló hazai vizsgálatról. Hát, végül is nézzük a jó oldalát! Van, aki kap Remdesivirt. Talán még olyan is, akinek még akkor adják, amikor a virális replikáció még zajlik a szervezetében.
• A 2019-2020-as szezon kvadrivalens influenzaoltása a COVID relatíve jó megelőzőjének bizonyult immunmodulatív hatásával, úgy tűnik, jelenti egy preprint. (RR = 0.61 (95% CI: 0.4585 - 0.8195; P = 0.001)).
• Érdekfeszítő részletek elrejtve ebben a cikkben: a Pfizer-féle vakcina -70 °C-on, a Moderna-féle pedig -20 °C-on tárolandó jelen állás szerint, csak így stabilak. A világnak van néhány országa, ahol ezeket így gyakorlatilag lehetetlen lesz felhasználni :( Szóval van még min dolgozni.
• Ha 365 ezer felnőtt vizsgálata nyomán úgy tűnik, hogy az antitest-titerek hanyatlanak, akkor azt most már aztán tényleg illik komolyan venni.
• Miközben az újrafertőződésekről elmélkedünk, akadhat itt reaktiváció is olykor. Például egy 55 éves New York-i hölgynél, aki akut limfoblasztos leukémia immunoszuppresszív kezelése kapcsán lett újra PCR-pozitív akkor, amikor NY-ban alig volt terjedés.
• És ha már immunszuppresszió, a kommentek közül kiemelném: a nemrég elhunyt ukrán koronatagadó testépítő sem segített magán azzal, ha szedett netán szteroidokat.
• Miután Niger New York-i ENSZ-képviseletén végigsöpört a mostani fertőzéshullám, az ENSZ felfüggesztette a személyes találkozók tartásának lehetőségét a New York-i központjában.
• Trumpika szerint az orvosok pénzt csinálnak abból, hogy a COVID-hoz kötnek haláleseteket. Szerintem Trumpika pénzt (is) csinál abból, hogy ekkora hazugságokat mond. Tegyük emellé oda, hogy az Affordable Care Actet (ACA, avagy "Obamacare") hogyan szabotálta már eddig is a Trump-adminisztráció, és hogy a Legfelsőbb Bíróság feletti, az elektori elnökválasztáséhoz hasonlóan igazságtalan mechanizmus alapján erősödő konzervatív kontroll folytán az ACA jövője kérdésessé válhat. Emellett pedig jöhet előbb-utóbb az abortuszpolitika "latinamerikanizációja" is (=tilalmak a nyugodt konzervatív lelkiismeret érdekében in return for több illegális abortusz és több egészségkárosodás)...
• Szlovákiában tesztelnek ezerrel, és felröppent, hogy ha 136904 ember tesztelése után 3,8% volt fertőzött, akkor biztos ennyi az országos adat is. Amitől George Gallup kicsit forog a sírjában szegény, pláne amikor elolvassa, hogy "a járvány által leginkább sújtott szlovákiai régiókban kezdték el a tömeges tesztelést".
• Orvosok jogállásával kapcsolatos tervezett hazai reformok be like... such winning, much success.
• Bizonyos értelemben hajmeresztő helyzetet említ ez a cikk: COVID-beteg és családja közötti videóhívás az eü. személyzet asszisztenciájával... és akkor felbukkan a másik oldalon sok családtag egyszerre, mert, mint kiderül, összejöttek a hívás kedvéért. Nem is egy alkalommal volt ilyen, azt mondják.
• Mosómedvéknél, úgy tűnik, enyhe a lefolyás fertőződés esetén (n=12; i=8) (h/t Epikurosz). Viszont, hogy van lefolyás, az már nem olyan jó hír nekik. A humánjárvány elleni emberi védekezés lefolyása náluk annál súlyosabb lehet — ha a nyércekkel történtekre gondolunk :(
• Jönnek az újabb korlátozó intézkedések, esik az olajár.
• Egy ábra arról, mennyire súlyos a sertéshelyzet Kínában (többek között az ASFV miatt). Miközben a legtöbb amerikai termény és termék importjáért komolyan szkandereznie kellett velük a Trump-adminisztrációnak, malacból több fogyott, mint amit a kínaiak venni ígértek. Az amerikaiaknak malacuk van. Forrás.

• Az S-614G (D614G) változat fokozott fertőzőképessége és replikációja, adatok (preprint).
• Oroszország: kötelező maszkviselés, embersűrűben szabadtéren is.
• Sok, már megszokott rizsa egy kormánytól, amelyik mindig is rettegett a döntéshozatali transzparenciától, mint a leprától. Most már az ITM tudományos csapatára sem kívánnak támaszkodni. Hát hajrá, ezzel akkor a kormányé a teljes felelősség.
• Méltán népszerű szemléltető ábrák a transzmisszió feltételeiről. Függetlenül attól, mit terjesztenek egyesek, azon, aki éppen beszél, rohadtul muszáj maszknak lennie. Mindenkinél fontos, de az ő esetében a leginkább.
• A mediterrán bodorrózsa olaja a koronavírus ellen. Egyelőre szövettenyészeti eredmények alapján. Lehet benne valami, mert az antivirális hatását már más patogének ellen is igyekeztek kamatoztatni.
• Egy igen fontos tanulmány. Outbreak investigations. Idézek egyet a felvezetőből: "the risk of laboratory accidents is increasing as more high-containment laboratories are built and higher risk experiments are conducted around the world". A nemzetközi és globális biztonsággal foglalkozó kollégák írták, akik számára evidens az elemzést azzal kezdeni, hogy "The origin of the SARS-CoV-2 virus that causes COVID-19 has yet to be determined".
• Egy rutin PCR-tesztnél eltörött a mintavételező vattapálca, és a tesztelt személy tüdejében landolt, úgy kellett kioperálni onnan (UK).
• A kommentek között már előkerült, és biztos, hogy innentől az én figyelmemet is élvezi: Az A222V mutáció a tüskében. Ha a spanyol nyaralások után terjedt szét úgy Európában, ahogy spekulálnak a szerzők, két kérdés vetődik fel: (1) transzmisszívebb-e az eddigieknél?; (2) képes-e nagy számban újrafertőződéseket okozni a változások nyomán, amiken átment? Befolyásolják-e az immunválaszt ezek a változások?
• Forgalmi anomáliák Párizs körül. Wuhan reloaded, de sajátos módon a mobilitáskorlátozások előtt hazatérőkkel kombinálva.
• Fontos hír a futball világából: az Újpest csapatának több olyan tagja is beteg most, aki már másfél hónapja is volt pozitív.
• Eddig nem is említettem, de írtam a G7-re megint cikket. Öt kontrafaktuális forgatókónyv a jelen pandémia margójára. Miután leadtam a cikket, eszembe jutott még öt, de hát le kellett adni a cikket...
• Brit anyag a long COVID-ról. Érdkessége, hogy gyakorlatilag négy különböző szindrómával számol: szervi károsodások elhúzódó hatásainak jelentkezése, virális fertőzés utáni kimerültség, intenzív osztályi kezelés utóhatásai, elhúzódó tünetesség.
• A tömeges szlovákiai tesztelésben magyar orvosok is részt vesznek, belügyi közvetítéssel (150-200-an).
• A britek komoly korlátozó intézkedések mellett döntöttek, és a Johnson-kormány már kapja is a kritikát a saját pártjától, hogy "megadta magát a tudományos tanácsadóknak". (Legalább értik, mit mondanak a tudományos tanácsadók, ez is valami.)
• Belgiumban a mai napra a hivatalos adatok szerint is meghalt a populáció 0,1%-a COVID-ban. Belgium a harmadik ilyen ország San Marino és Peru után. Megkockáztatom, hogy Irán a valóságban ugyancsak ezek közé az országok közé tartozik már (Andorra pedig a hivatalos adatai alapján hamarosan). Közben Venezuelával, Nicaraguával és Szerbiával együtt 67 olyan ország van már, ahol 1000 felett van a hivatalosan jegyzett halálesetek száma. Hogy jó hír is legyen: Ausztrália közben megállt 900 felett, ami óriási eredmény.

2020.11.02-08.

• Otthoni ápolásokhoz hasznos egy ilyen útmutató.
• A kommentek között előkerült, úgyhogy ide is kiteszem, mert még nem volt. A COVID-os köhögésekről adatbázis. Példaként egy tipikus COVID-os köhögés hanggörbéje. És M.I. is bevonható segítségnek. Azzal együtt még a nyilvános terek háttérzajaiból is kiszűrhető az ilyesmi, javítható a betegségmonitorozás teljesítménye. Persze már jó ideje 1984-et írunk, úgyhogy más tekintetben nagyon nem örülnék plusz egy szenzornak a nyilvános terekben.
• 44 országban 1500+ fő ápolószemélyzet vesztette eddig életét a járványban. Ennyi országból van adata az ápolók világszövetségének. Világszinten, minden eü. dolgozót tekintve 20 ezer fő lehet a veszteség az International Council of Nurses kivetítéses becslése szerint. (Az Egyesült Államokban jelenleg elnöklő emberszabású szerint persze pénzt kaptak ezért, talán még a saját halálukért is, nyilván.)
• Astroturfing botokkal. Így fűtik a nyájimmunitásról szóló diskurzust magukat érdekeltnek gondoló (de azért alapvetően inkább simán idióta) szerepelők mesterségesen. A Great Barrington Nyilatkozat című szirénénekről tweetelőknek pl. 45%-a volt bot.
• Iránban orvosi források a halálesetek számát a hivatalos háromszorosára teszik, azaz 105 ezerre. Eddig 27 ezer extra halálesetet számoltam (az az augusztus eleji állás volt). Ezzel így most +43000 haláleset adódik. G.a.h.: +424191+n.
• Jemenben eddig +348 halálesetet számoltam a hivatalos adatok mellé. A temetkezési folyamatokat műholdas képek alapján elemzők áprilistól szeptemberig 2100 fő halálozásnövekményt állapítottak meg, ami részben a járvány által elszigetelt segélyfüggő ország általános állapotának következménye, részben magáé a járványé. Hivatalosan volt eddig 600 haláleset, úgyhogy a következő kivonásokkal élek: 2100/2-(600+348). Így jön ki felszámítandó +102 fő. G.a.h.: +424293+n.
• Ami a vér-agy gátra rombolóan hat, azt nem szeretjük. Ezt a hatást in vitro a tüske S1 funkcionális alegysége önmagában is kiváltotta.
• Lehet, hogy lesz orális vakcina is, bár még csak az I. fázisos tesztelésnél tart (San Francisco, Vaxart).
• Egy igazán remek összefoglaló a vakcinafejlesztésekről Kemenesi Gábortól.
• Izgalmas részletek a SARS-CoV-2-re adott immunválasszal kapcsolatos kutatásról, az elnyomott interferon-jeladásról és a felerősített citokin-jeladásról, aminek nyomában a szervezet reakciójára találóan kényszer-szőnyegbombázásként utalnak. Továbbá az is, hogy találtak sejtet, melyben az ott fellelhető RNS-ek 60%-a virális volt — ilyen mértékben vette át az irányítást a sejt gépezete felett a SARS-CoV-2.
• Ezt a tanulmányt már csak az 1. ábráért is érdemes lenne megnézni. Bemutatja a vírus bejutását a sejtbe, és utána az endoplazmatikus retikulum és a Golgi-apparátus kiaknázását a replikáció folyamata során.
• Magyarország... Próbálom megfejteni, mi a célja a — nyilván nem véletlenül — csak nagyon korlátozott hatás kiváltására és (pl. az önkormányzatok irányában) felelősséghárításra irányuló intézkedéseknek. Hogy az ünnepi szezonra könnyebb legyen súlyosabb korlátozásokat alkalmazni...? Hogy legyen tartalék ilyen értelemben...? Kieg.: mások is elmélkednek, csak számomra picit ijesztő módon (és ennek ellenére nem életszerűtlenül leképezve mások lehetséges gondolkodását). "Nyájimmunitás@30%", "mingyáleszvakcina", "nullegészötalattleszamortalitás". Wishful fucking thinking. Gandalf azt mondaná: "Run, you fools."
• Kieg.: az, ahogy a kormány ragaszkodik a "Szülők Hangja" helyett a "nemzeti konzultációhoz" mint irányadóhoz az általános iskolákkal kapcsolatban, érdekes adalék mindehhez.
• A kínai és az orosz vakcina itteni bevetni szándékozásával kapcsolatban is van üzenetem: "never go full retard", hogy klasszikust idézzek (Tropic Thunder).
• SZFE-s maszkkal nem engedtek be a XVI. kerületi Kertvárosi Egészségügyi Szolgálat Jókai Mór utcai rendelőjébe egy embert.
• Egyesült Államok. Ha pl. Biden nyerne, nem árt szem előtt tartani, hogy csak január 20-án léphet hivatalba. Nem akarok nagyon részletesen forgatókönyvezni arról, mit jelenthet ez a járványhelyzet szempontjából... Január 20. után pedig ott lesz neki örökül egy nem annyira barátságos Szenátus.
• Dánia: where the really scary shit is happening. Nyércfarmon jelentkezett olyan mutáció, amely visszaterjedt emberekre, és azt írják, hogy úgy tűnik, hogy korlátozott ellene a fertőzésen átesettek immunitása. 12 emberi eset. A nyérceknek is rossz hír, mint azt már megszokhattuk. A tét jelentős (a vakcinafejlesztés).
• Boncolás nyomán (n=41). A tüdőben syncytiumok, torzult sejtek több sejtmaggal. Csak egy részük volt hisztiocita eredetű, nagyobb részük "bona fide" pneumocita (volt valaha). Ilyet találtak ezek előtt a szerzők előtt már mások is egyébként. 
• Egy kis immunológia (Michel Nussenzweig). Pl. arról is, hogy miért fontos a mAb-koktél, avagy poliklonálisantitest-kezelés, az ígéretes monoklonális antitesteket kikerülő rezisztens vírusmutációk megelőzése érdekében.
• Vezethet-e a COVID (ritkán) Parkinsonhoz? Vagy valami ahhoz hasonlóhoz? Most már több ismeret birtokában vetődik fel a kérdés. Három eset, prodrómiás (kialakulási) jelek és tünetek nélkül, gyors jelentkezés COVID nyomán. Talán a legérdekesebb fejlemény, hogy a három esetből az egyik később spontán felépült, a másik kettő Parkinson-kezelésre reagált.
• Steven Bannon lefejezné Anthony Faucit mint "árulót", és kitűzné a fejét a White House tetejére, figyelmeztetésként minden szövetségi kormánytisztviselő számára. Az FBI igazgatójával is ezt tenné.
• Az AP csinált elemzést: a 376 megye az Egyesült Államokban a népességarányosan (aktuális állás szerint) legtöbb új fertőzöttel 93%-ban Trump javára szavazott.
• A CDC problémás februári tesztkitje úgy ment ki, hogy tudták, hogy csak 67%-os szenzitivitású. Mielőtt visszahívták volna, és az Egyesült Államok ezzel egy hónapot veszített a járvány elleni védekezésben.
• Outbreak alert. Ami Dániában megy, annak a fele sem tréfa. A Statens Serum Institut szekvenálta a vírust, az ő figyelmeztetésük nyomán az intézkedések. Bizonyos Kåre Mølbak konkrétan új járvány lehetőségéről beszélt az SSI-től. Brit utazási korlátozások Dániára vonatkozóan. 15-17 millió nyérc levágása tervbe véve. 1100-1200 nyércfarm van Dániában összesen. Az SSI tájékoztatója a témában. Öt fertőzési klaszter a nyércek és nyércfarmok között. Összesen hét különböző nem-csendes pontmutációt figyeltek meg a spike-ban. A legtovább mutálódott változatban négy együtt, ez az 5-ös klaszter Észak-Jutlandban, és történetesen ez került át 12 emberre. Változások az érintett aminosav-szekvenciában: "H69del / V70del, Y453F, I692V and M1229I". Már korábban is volt 214 emberi minta nyérc-SARS-2-vel, de nem ennyire mutálódott változatok. A mostani négy másik nyérc-klaszter vírusainál pl. nem mutatkozott korlátozott antitest-kötőképesség (in vitro), az 5-ös klaszter vírusánál viszont sajnos igen. 
• Outbreak alert II. Kanada: elszigetelt esetnek tűnik, de ez a H1N2-es felbukkanás is érdekes.
• Belém nyilallt, hogy erről nem írtam update-et. Szlovákiában lezajlott a tömeges tesztelés, és kb. 1% volt fertőzött. Ha az antigéntesztek 10 fertőzött közül hétszeregyharmadnál fals negatívat adnak (pl. 77/109 volt egy alkalommal a találati arányuk, azaz 70,64%), akkor 1-1,5%-ról beszélünk ez alapján korrigálva.
• A páciensek kezeléséről, a teljes spektrumon, gyerekek, terhes nők stb. Megerősíti, hogy az MIS-C gyerekeknél 2-4 héttel a vírusfertőzés kiheverése után következik, ahol következik. Vertikális transzmisszió van, méhlepény fertőzöttsége megfigyelhető (pl. vérrögök is vannak ott is), de azért a vertikális transzmisszió így is ritka. Az ARDS-el kezelteknél vérnyomás tekintetében a kihívás jellemzően a vérnyomás felfelé szabályozása, akármit is művel korábban a vérnyomással (a renin-angiotenzin rendszeren keresztül) a SARS-CoV-2. Alább ábra arról, az előadásból, hogy milyen sorrendben, a tünetek jelentkezése után hányadik napon, milyen időkeretben jelentkeznek komplikációk az intenzív osztályokon látottak alapján.

2020.11.09-16.

• Ma este ezt az előadást fogom megnézni (Britt Glaunsinger, koronavírus-biológia). Nagyon érdekes például, amit a replikázkomplexum működéséről elmond. A tipikus RNS-vírus másológépezeténél kevesebb hibát vét, mert rendelkezik javítóképességgel (proofreading mechanism; ExoN-enzim), és így relatíve kevesebb a koronavírus mutációja. Alább megtekinthető, mennyi különböző fehérje alkotja a komplexumot az RdRp-vel együtt (ábra: B. Glaunsinger).
• 
• Ezzel a komplexitással összhangban a SARS-CoV-2 (és a koronavírusok) jóval több bázisból állnak. Emlékeztetőül (ábra: B. Glaunsinger):
• 
• Odabent, a sejt belsejében a SARS-CoV-2 nem-strukturális fehérjéi (nsp3 és nsp4) ezek után fogják az endoplazmatikus retikulumot, kinyújtják és feltekerik, és csinálnak belőle dupla membrános kis privát tereket, ahol a vírusreplikáció végbemehet. Ez is hozzájárul a virális fertőzés detekciójának elkerüléséhez a sejten belüli receptorok által (pl. ha máskülönben dupla szálú RNS jelenlétét észlelnék). A Glaunsinger előadásában szereplő ábrán:
• 
• Így néz ki ez krioelektron-mikroszkópia segítségével leképezve és 3D-modellezve (ugyanonnan). Látszik, hogy a sejt megtelt a dupla membrános kis breakout roomokkal.
• 
• Ezek után még könnyebben érthető, miért őrül meg annyira az immunrendszer sokaknál, és miért kezd a fertőzött sejtek támadásának részeként autoreaktív antitestek bevetésébe.
• Az Egyesült Államokban közben csúnyán elszabadulóban a harmadik hullám. Trumpika közben játszik a kis homokozójában, Biden pedig még csak a leendő koronavírus-csapatának az összeállításával foglalkozik. Utóbbival kapcsolatban fogadjunk, hogy Eric Feigl-Ding (Harvard) benne lesz. Veszek magamnak egy túró rudit, ha igen. Akkor is, ha nem.
• Egy amerikai őslakos ("indián") család lesújtó története.
• A koronavírus az idiótákat sem kíméli. Ez a televangelista pl. a házasság előtti szexszel hozta összefüggésbe a járványt.
• Poszt-COVID mentális zavarok és betegségek gyakorisága (69 millió ember, köztük 62 ezer COVID-beteg adatai alapján). Jelentős relatív kockázat a kontrollokhoz képest új mentális kondíció diagnosztizálásának tekintetében.
• Anekdotikus információ, nyilván, de... 12 éves vesztette el fogát (nem tejfogat) a COVID során az ereit ért károsodás miatt, kilenc hónappal a betegség után.
• A Sinovac-vakcina (attenuált vírusos) brazíliai tesztelésének felfüggesztése kivizsgálandó eset kapcsán. A linkelt cikkből kiderül, hogy a Sinovac III. fázisos vizsgálatot csinál jelenleg Törökországban és Indonéziában is. Kieg.: már folytatódik is a program. Közben egy másik cikkben olvastam, hogy Bolsonaro a felfüggesztésnek örült, mert ő az oxfordi vakcinát (ORG/AstraZeneca) szeretné befutónak (ezen kicsit meg is lepődtem).
• November 11. Tegnap este hallottam egy étterem-tulajdonost az egyik híradóban mesélni, hogy mivel hirtelen jött a kormány bejelentéscunamija, már berendeltek egy csomó élelmiszert, mivel ők csakis frissből dolgoznak. Magyarul, ha nem rajtütésből zajlana ez a kormányzás nevű izé, és például két hétre előre megmondták volna, hogy a kórházba kerülők számának növekedése esetén ez és ez következik, akkor jóval kisebb lenne az érintettek közvetlen vesztesége. Fel tudtak volna készülni. Ezek után döbbenetes, hogy a népet kényszeresen meglepetésekkel lerohanó kormány még a döntéseiről szóló jogszabályokat sem szállította észszerű időben. Ezért jelenik meg róluk most ilyen cikk, meg ilyen cikk, meg ilyen cikk például, teljesen indokoltan. És akkor még nem tettük hozzá, hogy a járványügyi intézkedések nagy részét nem is ők találták ki, mivel — miután az ITM tanácsadó csapatától megszabadultak — alapvetően megelégedtek az osztrák intézkedések copy-paste jellegű megközelítésével, néhány apróságot leszámítva. De a kőbe vésett alkotmányunk kétezerötszázadik módosítására napi politikai szempontok alapján persze jutott idő. És a helyi iparűzési adó elvételének gondolatával játszani Parragh "Javaslattevő" László kezdeményezésére szintén jut energia (vesd össze, blast from the past márciusból: "a vírus elleni küzdelemnek anyagi gátja nem lesz Magyarországon").
• Jöhetnek nem sokára a T-sejt alapú immunitást tesztelő eszközök. Az ilyen jellegű immunitás tovább élhet, illetve tovább lehet kimutatható, mint a hanyatló antitest-titerekből származó. Így a múltbéli fertőzés kimutatására is alkalmasabbak lesznek, még ha az újrafertőződés lehetőségének megítélésére csak empirikus adatok fényében lehet is majd következtetni.
• Dániában meggondolták magukat. Azért azt érdemes tisztázni, hogy a nyérceket sajnálom, de a populációjukat ember hozta létre mindenféle nem-nélkülözhetetlen dolgokra, és ha most itt kitermelünk új mutációkat növekvő számban, az előbb-utóbb tényleg rossz lesz. Hiába relatíve stabilak a koronavírusok, ha plusz x millió egyedben terjednek.
• A koronavírus-genom igen sajátosan kódol géneket, mint arról fentebb Dr. Glaunsinger is beszámol előadásában (egy gén poliproteineket kódol, és ezeket aztán a saját RNS-dependens RNS-polimerázával darabolja a szükséges elemekre + szub-genomikus RNS-szekvenciákat replikál sajátos, lottószerű rendszerben, és mellesleg így árasztja el a virális RNS-sel a sejteket). Most egy újabb releváns, génként proteineket kódoló szakaszt sikerült kiolvasni, mely sajátos módon más gének szekvenciájával átfedésben van ott, és az Open Reading Frame 3d (ORF3d) nevet kapta.
• Tanulmány kórházba kerültekről. "Of 1648 patients with COVID-19 admitted to 38 hospitals, 398 (24.2%) died during hospitalization and 1250 (75.8%) survived. Of 1250 patients discharged alive, 975 (78.0%) went home whereas 158 (12.6%) were discharged to a skilled nursing or rehabilitation facility (Table 1). By 60 days after discharge, an additional 84 patients (6.7% of hospital survivors and 10.4% of intensive care unit [ICU]-treated hospital survivors) had died, bringing the overall mortality rate for the cohort to 29.2%, and 63.5% for the 405 patients who received treatment in an ICU." Tehát a kórházból elengedés után is figyelni kell, pláne ahol a kórházakból rákényszerülnek helyhiány miatt idejekorán elengedni az embereket.
• Három orosz medikus/medika, akik a Sputnik V. ellenére elkapták a fertőzést. A vakcinafejlesző előbb bekamuzta, hogy placebósok voltak, aztán Altaj régió közigazgatása részéről szólt valaki közbe, hogy "nem volt ideje az immunrendszerüknek felépítenie a választ, azért kaphatták el a fertőzést". (A Sputnikból kell ismétlőoltás három hét után, és az után három héttel él elvileg a védettség, vagyis az első oltás után hat héttel, úgyhogy ez alapján kell ellenőrizni a második verziót).
• A vakcinája előállításához és terítéséhez a Pfizerrel partnerségre lépett BioNTech sztorija... Török-német házaspár alapította 2008-ban, Özlem Türeci és Ugur Sahin. Gastarbeiterek gyermekei, Sahin még Törökországban született.
• A láma-nanotestek után jönnek a csirke-antitestek is (IgY) mint fejlesztés alatt álló terápiás alkalmazás. Kinyerés tojás sárgájából, bevetés intranazálisan, teszt egyelőre hörcsögökön. Kérdés: védenek-e? meddig tartanak? reagál-e ellenük a megvédendő gazda immunrendszere?
• Az Európai Unió nem kívánja tolerálni a játékot az orosz vakcinával (a 2001-es, szükséghelyezektre vonatkozó irányelv ide vagy oda), és erről majd sok politikus vitatkozik úgy, mint a viccbeli lóról: ha lenne lovam, nekem adnád? már mi az, hogy nem adnád nekem? Az orosz vakcinát ugyanis tömeges gyártani is tudni kellene, olyan apróbb kihívások mellett, mint a biztonságosság és a hatásosság. És pontosan ez az, amiért az EU-nak a GSK-Sanofi és a J/J vakcina a választása az AstraZeneca mellé. Mert végül az előbbi kettő, bár később érkeznek, könnyebben tömegtermelhető és teríthető lehet, utóbbit (teríthetőség) pl. vakcinatárolási hőmérséklet szempontjából nézve. A GSK-Sanofi, a J/J és a Novavax mind fridzsiderben tárolható vakcinával remélnek előállni. A III. fázist a J/J az év vége előtt reméli csak kezdeni, tehát "lemaradásban" van, csak éppen a praktikum szempontjából mégsem feltétlenül. A J/J vakcina Ad26-ot (humán adenovírus, 26-os szerotípus) használ vektornak koronafehérjék bejuttatásához, a GSK-Sanofi rekombináns fehérje (vírusszerű részecskékké összeállított antigén) alapú vakcinán dolgozik (a Sanofi emellett külön egy mRNS-alapút is fejleszt).
• Kiegészítésként ehhez, kontextusnak: az EU-nak a GSK-Sanofival (300 millió dózis), az AstraZenecával (300 m dózis) és a J/J-nal (200 m dózis) van előzetes vásárlási szerződése (Advance Purchase Agreement).
• Kiegészítésként korábbiakhoz: a Sputnik V. vakcina is Ad26-ot használ az első dózishoz, és Ad5-öt a másodikhoz.
• Republikánus tagállami szenátusi tag: “The anti-MAGA media clearly knows that the presidential race is far from over. Look for a lot of news about COVID-19 outbreaks as they try to distract people from the election.” Az a helyzet, hogy itt a retardáció sajnos tényleg elért egy kritikus szintet. Ugyanebből a cikkből egy idahói közegészségügyi testületi tag beszél orvosokhoz: “The question I’d be asking myself if I were you is, something is making these people sick – and I’m pretty sure it’s not coronavirus – so the question you should be asking is, what is making them sick?” Mint említettem. Retardáció.
• Trump "dolgozik" tovább. Most éppen New Yorkot zárná ki a vakcinaterítésből, mert saját maga is bevizsgálná a szövetségi kormány által biztosított vakcinákat, több más szövetségi államhoz hasonlóan. Itt írtam az "álnök" személyiségéről.
• A héten volt újabb biztosra dokumentált, genomszekvenált újrafertőződéses eset. Megszámoltam, a 25 ismert esetből 40%-nál (10 eset) járt súlyosabb második lefolyással, 20%-nál (5 eset) a lefolyásról nincs adat, 20%-nál (5 eset) enyhébb volt a lefolyás, 20%-nál pedig (5 eset) változatlan volt a lefolyás jellege. Feltételezve, hogy a "nincs adat" nem súlyos lefolyásról szól, vagy éppen elfogadva, hogy ott is lehetett súlyosabb a lefolyás a második alkalommal, arra jutunk, hogy 40-60%-nál volt súlyosabb a második lefolyás. Persze a dokumentált újrafertőződések közé jóval nagyobb valószínűséggel kerül súlyos lefolyással járó eset, így a 40-60% inkább felfelé tévedés.
• Némi hasznos vakcinamatematika, és adatok pl. a Pfizer tesztprogramjából: 86 megbetegedés volt a placebósok és csak 8 a valóban oltottak között, ami relatív kockázat szempontjából nyilván elég jóra jön ki. Mindez megfigyelt súlyos mellékhatások nélkül.
• A helyzet El Pasóban, Texas. Közegészségügyi káosz. A túlcsorduló járvány kapcsán máshogyan dönt a városi, a megyei és a szövetségi tagállami hatóság, és máshogyan a bíróság.
• A favipiravir hazai gyártásával kapcsolatos várakozásokról. Kritikus rész: "a kórházi kapacitások szűkülésével egyre fontosabb, hogy a gyógyszert a vírusfertőzöttségre utaló tünetek megjelenése után minél hamarabb, akár már az alapellátásban megkapják a betegek". Kár, hogy százezerből kb. ha egy érti jelen állás szerint, hogy ebben az egy mondatban mennyi alvó akna hever szerteszét.

2020.11.16-22.

• Oroszország, Szamara. Egy orosz modell elhunyt édesapját keresve a hivatalos statisztikák kulisszái mögé nézett.
• Boris Johnson ismét karanténre szorul, bár egyelőre csak kontakt miatt.
• Az Egyesült Államokban (is) ott van az emberekben a fatalizmus tömegesen (poll). Az ünnepi szezonra, ami először is a Hálaadással érkezik, az emberek nagy része laza szocializálódásra készül. Közben Biden egyelőre a tranzíciós kormányzati finanszírozáshoz sem fér hozzá (Trump elzárta előle), és hírszerzési felkészítést sem kap.
• Eset. Autoimmun beteg, immunoszuppresszív kezeléssel. A vírusszáma újra és újra nőtt, visszatérő jelleggel (Ct érték mozgott le és fel), és a 154. napon halt meg ARDS és sokk hatása alatt. Nem újrafertőződött, ugyanaz a vírus perszisztált és mutálódott benne folyamatosan, számos változással a spike, illetve a receptorkötő domén aminosav-szekvenciájában.
• Ez a tanulmány pedig az N439K (a receptorkötő motívumot, RBM) érintő mutációt találja a humán ACE2 (hACE2) receptorhoz jobban kötődőnek, és azon felül antitestek (köztük monoklonális antitestként gyártottak) jó elkerülőjének.
• Szigorú svéd intézkedések.
• A múltkor idéztem egy tweetet, ahol egy szülő a 12 éves gyermeke fogvesztéséről számolt be COVID nyomán, erek károsodásának következtében. Úgy tűnik, nem egyedi eset.
• A magyar egészségügyben elérhető különszobákról, ahol olyanok helyezhetők el, akiknek a kórtermi jelenléte zavarhatná a megszokott működést... pl. celebritásoké... Forrás: Majka.
• Dél-Dakota: páciensek tagadják a vírus létezését a végsőkig.
• DW-doku, meg lehet benne nézni, hogyan lehet PCR-tesztet csinálni egy denevéren. Plusz betekintés egy illegális település életébe őslakos-földeken. Egészségügyi ellátás nincs az illegalitás miatt, evangélikus keresztény templomok vannak. Alább pedig Manaus, az amazóniai metropolisz — időzített ökológiai bomba?
• 
• A Moderna közben az előzetes adatai alapján 94,5%-os hatásosságot jelent.
• Klaszter a genfi WHO-központban.
• Salát Gergely kollégám igen találóan fogalmazta meg a lényeget az ázsiai és a nyugati megközelítés különbségéről a pandémiával kapcsolatban, pl. hogy Ázsiában "az általános értékrend szerint a szépkorúak nem a liability, hanem az asset rovatban szerepelnek". Ha valaki megkérdez, mi dühít/aggaszt a legjobban a jelenlegi járvány kontextusában, az egyebek mellett az alig bujkáló nihilizmus, ami az "elhunyt x többségében idős, krónikus beteg" mantrában ott van. 
• Az immunmemóriát vizsgáló  kutatás (preprint). A spike-ot és az RBD-t kötő érett IgG antitestek titerét stabilnak találták 6+ hónap után (feleződés egy hónap alatt, majd hosszú plató hónapokon át), a memória B-sejtek számában még növekedés is volt 6 hónap elteltével (mind az RBD-re, mind a nukleokapszidra érzékeny B-sejteknél), a CD4+ és CD8+ T-sejtek feleződési ideje viszont 3-5 hónap körül van; a nyálkahártyánkat védő IgA-ban gyorsabb hanyatlás, detektálható szint alá 90 napon belül.
• Olasz kutatók hype-olják erősen hihetetlen eredményeiket. Amiket a saját folyóiratukban hoztak le. Ellentmond mindennek, amit az elmúlt tíz hónapban láttunk, de azért hajrá. Hülyeségből soha nem elég.
  
• Egy korábbi állás szerint (amit itt említenek) a Pfizer programjában 8 átoltott lett fertőzött, szemben 86 kontrollal. Az alapján volt anno 90%-os hatásosság jelentve. Most ez felment 94%-ra, és a kontrollok között már 162 fertőzöttet említenek, miközben az átoltottak közül senki új nem lett fertőzött. A kontrollok bátrabban viselkedtek a kelleténél a hatásosságról szóló korábbi hírek hallatán? Csak hogy egy jóhiszemű magyarázatot említsek arra vonatkozóan, hogyan léphet fel torzítás ebben. A puszta lehetőség is mutatja, hogy ezért nem célszerű előzetes adatjelentésekkel szórakozni.
• 1109 kórház jelent személyzethiányt az Egyesült Államokban (megbetegedő eü. személyzet + beözönlő-ellátandó betegek miatt). Az ottani kórházak 22%-a, vagyis akkor 5009 kórházuk van, ezek szerint.
• Hét entitás, ahol nyérceknél mutálódott SARS-CoV-2-es átkerült emberekre: Utah (USA), Feröer-szigetek, Svájc, Dél-Afrikai Köztársaság, Dánia, Hollandia, Oroszország.
• Ez egy érdekes YouTube-csatorna, már korábban is idéztem (RUN-DMC). Itt pl. arról közöl felmérési adatokat (megszólalni kész long-haulerek self-reported adatain alapul, úgyhogy óvatosan kell kezelni), miszerint az influenzaoltással a COVID-tünetek elhúzódása valamivel valószínűbbé válhat. Ez a videó pedig a long COVID okairól spekulál: enter the Mast Cell Activation Syndrome. Továbbá: virális perszisztencia a vékonybélben. Fennmaradó antigén-jelenlét: tán csak nem a vírus által breakout roomnak feltekert endoplazmatikus retikulum buborékainak visszamaradásával (?), kérdem én. És persze a tartósan megmaradó autoreaktív antitesteknek is lehet szerepe.
• A sziráki mAb-gyárról, Lukács Noémi cégéről (English & Scientific Consulting (SciCons)), mely a szintén magyar inputtal (Katalin Karikó) dolgozó BioNTech-nek is beszállítója.
• DW-tudósítás a nyérchelyzetről Dániában. Meg lehet nézni, hogyan zajlik a leölés: CO2-vel, speciális tartályokban, utána pedig elégetik a tetemeket, tehát a szőrmét sem hasznosíthatja a tenyésztő. Anders Fromsgaard dán kutató mondja: "a vírus úgy mutálódik a nyércek között, ahogy ezt az embereknél nem látjuk". Hát igen. Ez a vírus a kezdetektől a hACE2-re volt optimalizálódva, mint azt már korábban is megállapíthattuk.
• Tanulmány: eredményei szerint a pandémia előttről származó, az OC43-as koronavírusra válaszul megjelent, és akár a SARS-CoV-2-re is kimondottak reagáló antitestek nem bizonyultak a SARS-CoV-2-t hatékonyan neutralizálónak, és nem biztosítanak immunitást úgy, ahogyan abban egyesek reménykedtek.
• A CNN kicsit zagyva beszámolója a Sinopharma vakcinájáról, melyet már némi sikerrel használtak, részben tesztjelleggel, részben külföldre készülők átoltátásra. A Huawei mexikói irodájában pl. 99-ből 81 átoltott nem lett beteg, tíz átoltatlan viszont igen. Kis utánajárással és dedukcióval az is kiderül, hogy inaktivált vírusos vakcináról van szó.
• Az ilyen történetek kapcsán látszik, hogy ami számos nyugati országban történik az a védelemre szoruló populációk nem-teljesen tudatos döntés általi meg-nem-védése mindenféle egyéb érdekek és érdeklődések folytán. Az angliai kontaktkutató és mintatesztelő (test and trace) programot kiszervezték, és az NHS szinte teljes kihagyásával mindenféle cégekre bízták, köztük totál kóklerekre is. Alább ábra arról, ki mindenkinek jutott falat (BBC).

• Az amerikai Hálaadás ünnepe vegyes előjelekkel szolgál. Emberek özönlenek tesztekért, így sok fertőzött kiszűrhető lesz. Viszont azért özönlenek, mert amúgy alig várják, hogy vegyülhessenek. Szóval... :(
• Gyors körülnézés a vírusok világában a koronán túl. A madárinfluenza fenyegetése fokozódik a baromfiállományok szempontjából Európában. Egy tavalyi bolíviai Chapare-vírus-kitörés nyomán megerősítve, hogy volt átadás emberről emberre — ez VVL, azaz vírusos vérzéses láz, és az ilyesmiről tájékozott embernek a cocoliztli-járványokra illik gondolnia, hogy ne vegye a dolgot fél vállról. Végül: algákban komplett makrovírus-genomokat találtak beépülve a gazda DNS-ébe. Az ilyen genom a gazdasejt számára fontos géneket is kódol érdekes módon, nem is keveset, a teljes együttélésre van tehát berendezkedve. Mindez a vírusok eredetét illetően is érdekes spekulációknak teremt alapot.
• A Roche/SD Biosensor-féle antigén-gyorstesztek egyáltalán nem is olyan rosszak, pláne ha magas vírusszámmal (Ct <30) nevez valaki tesztelésre, vagy pl. a tünetek jelentkezésétől 7 napon belül. (Blast from the past: amikor az NNK ennek az ellenkezőjét hirdette.)

Új bejegyzésben folytatom.